SAXSdb — 8hqa

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD

Escherichia coli K-12

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 29–183 链 B； UniProt 29–183 链 C； UniProt 29–183	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：MICROBATCH；pH 8.5；293 K；0.01 M nickel(II) chloride hexahydrate, 0.1 M tris pH 8.5, 20% (w/v) PEG monoethyl ether 2000	分辨率 3.20 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8HQA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8HPZ Crystal structure of the MlaD domain of the MlaD protein from Escherichia coli (Form I) 提交 2022-12-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 29–183（155 aa）链 B 29–183（155 aa）链 C 29–183（155 aa）	未记录	CO2 CARBON DIOXIDE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 5；293 K；1.8 M sodium phosphate monobasic monohydrate, potassium phosphate dibasic pH 5.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.273
8HQ9 Crystal structure of the MlaD domain of the MlaD protein from Escherichia coli (Form II) 提交 2022-12-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 29–183（155 aa）链 B 29–183（155 aa）链 C 29–183（155 aa）链 D 29–183（155 aa）链 E 29–183（155 aa）链 F 29–183（155 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 CO2 CARBON DIOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 5；293 K；0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihyrate pH 5.0, 10% (w/v) PEG 20000	分辨率 2.70 Å R-free 0.261
8OJ4 Structure of the MlaCD complex (1:6 stoichiometry) 提交 2023-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–183（183 aa）链 B 1–183（183 aa）链 C 1–183（183 aa）链 D 1–183（183 aa）链 E 1–183（183 aa）链 F 1–183（183 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.35 Å
8OJG Structure of the MlaCD complex (2:6 stoichiometry) 提交 2023-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–183（183 aa）链 B 1–183（183 aa）链 C 1–183（183 aa）链 D 1–183（183 aa）链 E 1–183（183 aa）链 F 1–183（183 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.38 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MLAD_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–162； UniProt 29–183 作者链 B； PDB构建体 8–162； UniProt 29–183 作者链 C； PDB构建体 8–162； UniProt 29–183

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hqa
沉积日期 deposition_date	2022-12-13
结构标题 title	Crystal structure of the ectodomain of the MlaD protein from Escherichia coli in the resting state
关键词 keywords	ABC transporter, Asymmetric protomer movement, Central channel, Gram-negative bacteria, Mla system, Transport, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.58 Å
零角强度 I(0) i0	23188100.00
分子量 molecular_weight	37479.0 kDa
排除体积 excluded_volume	47380 Å³
包络体积 envelope_volume	61714 Å³
水化壳体积 shell_volume	22595 Å³
包络直径 envelope_diameter	88.3 Å
壳层 Rg shell_rg	29.44 Å
包络 Rg envelope_rg	23.95 Å
形状 Rg shape_rg	23.60 Å
总 Rg total_rg	24.33 Å
总原子数 total_atoms	2645
残基数 n_residues	343
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.6 Å
Rg (实空间) rg_real	24.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3190e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3600e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	23190000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5914
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	26.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.356
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.239
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5770000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.812; Stabil: 0.996; Sysdev: 0.101; Positv: 1.000; Valcen: 0.959; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	64.280 Å
晶胞边长 b length_b	64.280 Å
晶胞边长 c length_c	231.060 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	61.930 Å
R 因子 r_factor	0.2101
R_work r_work	0.2064
R_free r_free	0.2754

描述 description	Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD
分子量 formula_weight	17462.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	2673

Crystal structure of the ectodomain of the MlaD protein from Escherichia coli in the resting state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	22

fit	/app/data/saxs_computation/hq/8hqa/8hqa.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hq/8hqa/8hqa.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hq/8hqa/8hqa.dat