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8hu6

AMP deaminase 2 in complex with AMP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 126.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AMP deaminase 2

Homo sapiens

UniProt Q01433

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 211–879 链 B； UniProt 211–879 链 C； UniProt 211–879 链 D； UniProt 211–879 未记录 ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 4 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；295.15 K；85 mM MES ph 5.9, 20% PEG8000, 170 mM ammonium sulfate, 15% glycerol, 10mM AMP 分辨率 2.33 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8HU6 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4NO3 Crystal structure of AMPD2 phosphopeptide bound to HLA-A2 提交 2013-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 165–173（9 aa） 片段：peptide (UNP residues 165-173)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；12% PEG3350, 8% tacsimate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.70 Å R-free 0.232
4NO5 Crystal structure of non-phosphorylated form of AMPD2 phosphopeptide bound to HLA-A2 提交 2013-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 165–173（9 aa） 片段：peptide (UNP residues 165-173)
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；19% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris propane, 0.1 M sodium tartrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.10 Å R-free 0.237
8HUB AMP deaminase 2 in complex with an inhibitor 提交 2022-12-23 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 211–879（669 aa）
链 B 211–879（669 aa）
链 C 211–879（669 aa）
链 D 211–879（669 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 N4X 3,3-dimethyl-4-(phenylmethyl)-2~{H}-quinoxaline-1-carboxamide × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；295.15 K；85 mM MES ph 5.9, 20% PEG8000, 170 mM ammonium sulfate, 15% glycerol, 10mM compound
分辨率 3.25 Å R-free 0.276

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AMPD2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 10–678； UniProt 211–879 作者链 B； PDB构建体 10–678； UniProt 211–879 作者链 C； PDB构建体 10–678； UniProt 211–879 作者链 D； PDB构建体 10–678； UniProt 211–879

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8hu6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8hu6
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8hu6
沉积日期 deposition_date2022-12-22
结构标题 titleAMP deaminase 2 in complex with AMP
关键词 keywordsComplex, Deaminase, AMP, IMP, Energy metabolism, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.43 Å
零角强度 I(0) i01229200000.00
分子量 molecular_weight289640.0 kDa
排除体积 excluded_volume362270 ų
包络体积 envelope_volume453090 ų
水化壳体积 shell_volume87626 ų
包络直径 envelope_diameter135.5 Å
壳层 Rg shell_rg49.66 Å
包络 Rg envelope_rg40.31 Å
形状 Rg shape_rg40.44 Å
总 Rg total_rg40.81 Å
总原子数 total_atoms40408
残基数 n_residues2483
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax126.8 Å
Rg (实空间) rg_real41.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real1.2290e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0360e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1229000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8848
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary53.4 Å
偏度 Skewness skewness0.159
峰度 Kurtosis kurtosis-0.402
角度范围 angular_range— – 0.1900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha458900000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.915; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.961; Smooth: 0.793
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)