SAXSdb — 8hxq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–54 链 D； UniProt 1–54	未记录	Nanobody1 × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；293 K；0.2 M Ammonium sulfate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350, pH6.1	分辨率 2.40 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8HXQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1OQD Crystal structure of sTALL-1 and BCMA 提交 2003-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 108 PDB 声明：108-meric	链 K 8–46（39 aa）片段：extracellular domain 链 L 8–46（39 aa）片段：extracellular domain 链 M 8–46（39 aa）片段：extracellular domain 链 N 8–46（39 aa）片段：extracellular domain 链 O 8–46（39 aa）片段：extracellular domain 链 P 8–46（39 aa）片段：extracellular domain 链 Q 8–46（39 aa）片段：extracellular domain 链 R 8–46（39 aa）片段：extracellular domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；277 K；dioxane, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
1XU2 The crystal structure of APRIL bound to BCMA 提交 2004-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 5–51（47 aa）片段：BCMA ECD 链 S 5–51（47 aa）片段：BCMA ECD 链 T 5–51（47 aa）片段：BCMA ECD	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；292 K；well solution: 0.1M MES, 5% Peg 8000, 10% Peg 1000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.35 Å R-free 0.213
2KN1 Solution NMR Structure of BCMA 提交 2009-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–50（49 aa）片段：residues 2-50	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 ambient NMR样品组成 900 uM BCMA, 10 mM sodium phosphate, 0.02 % sodium azide, 95% H2O, 5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
4ZFO J22.9-xi: chimeric mouse/human antibody against human BCMA (CD269) 提交 2015-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 1–54（54 aa）片段：Extracellular (N-terminal) domain, UNP residues 1-54	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；1 microliter of the complex at 8 mg/ml with 2 microliters of 21% PEG 3350, 0.1 M BisTris pH 6.5 and 5 mM CuCl2	分辨率 1.90 Å R-free 0.209
4ZFO J22.9-xi: chimeric mouse/human antibody against human BCMA (CD269) 提交 2015-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 1–54（54 aa）片段：Extracellular (N-terminal) domain, UNP residues 1-54	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；1 microliter of the complex at 8 mg/ml with 2 microliters of 21% PEG 3350, 0.1 M BisTris pH 6.5 and 5 mM CuCl2	分辨率 1.90 Å R-free 0.209
6J7W Crystal Structure of Human BCMA in complex with UniAb(TM) VH 提交 2019-01-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 6–44（39 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；0.2M sodium malonate pH 4.0 and 20% PEG 3350	分辨率 2.60 Å R-free 0.271
6J7W Crystal Structure of Human BCMA in complex with UniAb(TM) VH 提交 2019-01-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 6–44（39 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；0.2M sodium malonate pH 4.0 and 20% PEG 3350	分辨率 2.60 Å R-free 0.271
8HXR Nanobody2 in complex with human BCMA ECD 提交 2023-01-05	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–54（54 aa）链 D 1–54（54 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.8 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Bis-Tris Propane pH7.0	分辨率 2.70 Å R-free 0.287
8QY9 J22.9-H, fully humanized Fab Fragment based on chimeric J22.9-xi IgG against BCMA 提交 2023-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 7–41（35 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；14% PEG 3350 100 mM BisTris 7.5 mM Cu(II)	分辨率 3.10 Å R-free 0.301
8QYA J22.9-FNY, fully humanized, CDR optimized Fab Fragment based on chimeric J22.9-xi IgG against BCMA; with VH CDR2 glycosylation 提交 2023-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 6–41（36 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 3350 CuCl2 BisTris	分辨率 2.72 Å R-free 0.299
8QYB J22.9-ISY, fully humanized and CDR optimized Fab Fragment based on chimeric J22.9-xi IgG against BCMA 提交 2023-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 7–41（35 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；14% PEG 3350 7.5 mM CuCl2 BisTris	分辨率 3.09 Å R-free 0.288
9MQO Crystal structure of BCMA in complex with CA10v2 Fab 提交 2025-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric	链 A 1–54（54 aa）链 D 1–54（54 aa）链 G 1–54（54 aa）链 J 1–54（54 aa）链 M 1–54（54 aa）链 P 1–54（54 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.18 M Sodium Chloride, 0.09 M Phosphate/citrate pH 4.2, 20 % w/v PEG 8000, 0.1M Sodium Malonate	分辨率 3.18 Å R-free 0.272

共 10 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TNR17_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–54； UniProt 1–54 作者链 D； PDB构建体 1–54； UniProt 1–54

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hxq
沉积日期 deposition_date	2023-01-05
结构标题 title	Nanobody1 in complex with human BCMA ECD
关键词 keywords	complex, Nanobody, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.64 Å
零角强度 I(0) i0	25237400.00
分子量 molecular_weight	36022.0 kDa
排除体积 excluded_volume	44140 Å³
包络体积 envelope_volume	54267 Å³
水化壳体积 shell_volume	22016 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.3 Å
壳层 Rg shell_rg	27.21 Å
包络 Rg envelope_rg	20.86 Å
形状 Rg shape_rg	20.60 Å
总 Rg total_rg	21.58 Å
总原子数 total_atoms	2518
残基数 n_residues	327
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.8 Å
Rg (实空间) rg_real	21.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5240e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1190e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	25240000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8670
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.134
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.374
角度范围 angular_range	— – 0.3650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3529000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.762; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.991

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nanobody1
分子量 formula_weight	13927.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2540

QVKLEESGGGLVQAGRSLRLSCAASEHTFSSHVMGWFRQAPGKERESVAVIGWRDISTSYADSVKGRFTISRDNAKKTLYLQMNSLKPEDTAVYYCAARRIDAADFDSWGQGTQVTVSSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17
分子量 formula_weight	5903.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MLQMAGQCSQNEYFDSLLHACIPCQLRCSSNTPPLTCQRYCNASVTNSVKGTNA

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	22

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	66.773 Å
晶胞边长 b length_b	66.773 Å
晶胞边长 c length_c	174.237 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	47.220 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2270
R_free r_free	0.2735

fit	/app/data/saxs_computation/hx/8hxq/8hxq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hx/8hxq/8hxq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hx/8hxq/8hxq.dat

Nanobody1 in complex with human BCMA ECD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)