SAXSdb — 8i6v

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8i6v
沉积日期 deposition_date	2023-01-29
结构标题 title	Cryo-EM structure of the polyphosphate polymerase VTC complex(Vtc4/Vtc3/Vtc1)
关键词 keywords	polyphosphate polymerase; VTC complex; coupled synthesis and translocation, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.78 Å
零角强度 I(0) i0	470061000.00
分子量 molecular_weight	186400.0 kDa
排除体积 excluded_volume	236700 Å³
包络体积 envelope_volume	340210 Å³
水化壳体积 shell_volume	62969 Å³
包络直径 envelope_diameter	170.2 Å
壳层 Rg shell_rg	47.24 Å
包络 Rg envelope_rg	48.03 Å
形状 Rg shape_rg	48.77 Å
总 Rg total_rg	48.74 Å
总原子数 total_atoms	13168
残基数 n_residues	1594
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	160.2 Å
Rg (实空间) rg_real	48.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.04 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.7010e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0010e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	469700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8073
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.604
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.170
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	61760000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.798; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.920; Smooth: 0.176

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Vacuolar transporter chaperone complex subunit 1
分子量 formula_weight	14388.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	13172

MSSAPLLQRTPGKKIALPTRVEPKVFFANERTFLSWLNFTVMLGGLGVGLLNFGDKIGRVSAGLFTFVAMGTMIYALVTYHWRAAAIRRRGSGPYDDRLGPTLLCFFLLVAVIINFILRLKYNDANTKL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 2 polymer

描述 description	Vacuolar transporter chaperone 3 complex subunit 3
分子量 formula_weight	96684.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MLFGIKLANDVYPPWKDSYIDYERLKKLLKESVIHDGRSSVDSWSERNESDFVEALDKELEKVYTFQISKYNAVLRKLDDLEENTKSAEKIQKINSEQFKNTLEECLDEAQRLDNFDRLNFTGFIKIVKKHDKLHPNYPSVKSLLQVRLKELPFNNSEEYSPLLYRISYLYEFLRSNYDHPNTVSKSLASTSKLSHFSNLEDASFKSYKFWVHDDNIMEVKARILRHLPALVYASVPNENDDFVDNLESDVRVQPEARLNIGSKSNSLSSDGNSNQDVEIGKSKSVIFPQSYDPTITTLYFDNDFFDLYNNRLLKISGAPTLRLRWIGKLLDKPDIFLEKRTFTENTETGNSSFEEIRLQMKAKFINNFIFKNDPSYKNYLINQLRERGTQKEELEKLSRDFDNIQNFIVEEKLQPVLRATYNRTAFQIPGDQSIRVTIDSNIMYIREDSLDKNRPIRNPENWHRDDIDSNIPNPLRFLRAGEYSKFPYSVMEIKVINQDNSQMPNYEWIKDLTNSHLVNEVPKFSLYLQGVASLFGEDDKYVNILPFWLPDLETDIRKNPQEAYEEEKKTLQKQKSIHDKLDNMRRLSKISVPDGKTTERQGQKDQNTRHVIADLEDHESSDEEGTALPKKSAVKKGKKFKTNAAFLKILAGKNISENGNDPYSDDTDSASSFQLPPGVKKPVHLLKNAGPVKVEAKVWLANERTFNRWLSVTTLLSVLTFSIYNSVQKAEFPQLADLLAYVYFFLTLFCGVWAYRTYLKRLTLIKGRSGKHLDAPVGPILVAVVLIVTLVVNFSVAFKEAARRERGLVNVSSQPSLPRTLKPIQDFIFNLVGE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 3 polymer

描述 description	Vacuolar transporter chaperone complex subunit 4
分子量 formula_weight	83268.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.4.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MKFGEHLSKSLIRQYSYYYISYDDLKTELEDNLSKNNGQWTQELETDFLESLEIELDKVYTFCKVKHSEVFRRVKEVQEQVQHTVRLLDSNNPPTQLDFEILEEELSDIIADVHDLAKFSRLNYTGFQKIIKKHDKKTGFILKPVFQVRLDSKPFFKENYDELVVKISQLYDIARTSGRPIKGDSSAGGKQQNFVRQTTKYWVHPDNITELKLIILKHLPVLVFNTNKEFEREDSAITSIYFDNENLDLYYGRLRKDEGAEAHRLRWYGGMSTDTIFVERKTHREDWTGEKSVKARFALKERHVNDFLKGKYTVDQVFAKMRKEGKKPMNEIENLEALASEIQYVMLKKKLRPVVRSFYNRTAFQLPGDARVRISLDTELTMVREDNFDGVDRTHKNWRRTDIGVDWPFKQLDDKDICRFPYAVLEVKLQTQLGQEPPEWVRELVGSHLVEPVPKFSKFIHGVATLLNDKVDSIPFWLPQMDVDIRKPPLPTNIEITRPGRSDNEDNDFDEDDEDDAALVAAMTNAPGNSLDIEESVGYGATSAPTSNTNHVVESANAAYYQRKIRNAENPISKKYYEIVAFFDHYFNGDQISKIPKGTTFDTQIRAPPGKTICVPVRVEPKVYFATERTYLSWLSISILLGGVSTTLLTYGSPTAMIGSIGFFITSLAVLIRTVMVYAKRVVNIRLKRAVDYEDKIGPGMVSVFLILSILFSFFCNLVAK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 4 non-polymer

描述 description	(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
分子量 formula_weight	760.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	258.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8i6vE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	100 — mRNA Triphosphatase Cet1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — VTC, catalytic tunnel domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.06 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1042873

fit	/app/data/saxs_computation/i6/8i6v/8i6v.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i6/8i6v/8i6v.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i6/8i6v/8i6v.dat

Cryo-EM structure of the polyphosphate polymerase VTC complex(Vtc4/Vtc3/Vtc1)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)