SAXSdb — 8i8x

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane porin C

Escherichia coli K-12

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 22–367 链 B； UniProt 22–367 链 C； UniProt 22–367	未记录	Intermembrane phospholipid transport system lipoprotein MlaA × 1 （P76506） Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaC × 1 （P0ADV7） KDL (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-carboxy-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(3~{R})-3-dodecanoyloxytetradecanoyl]amino]-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-3-oxidanyl-5-[[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]amino]-4-[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-3-phosphonooxy-4-[(3~{R})-3-tetradecanoyloxytetradecanoyl]oxy-oxan-2-yl]methoxy]-5-oxidanyl-oxan-4-yl]oxy-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8；Tris-buffered saline (TBS) buffer (20 mM Tris HCl pH 8.0, 150 mM NaCl) cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.25 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8I8X	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2J1N osmoporin OmpC 提交 2006-08-15	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 22–367（346 aa）链 B 22–367（346 aa）链 C 22–367（346 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 D12 DODECANE × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 25 MG/ML OMPC IN 25 MM TRIS-HCL (PH 8.0), 0.5 M NACL, 1.8 % (W/W) N-OCTYL-2- HYDROXYETHYLSULFOXIDE (C8HESO), 0.3 % (V/V) OCTYL-POLYOXYETHYLENE (OCTYL-POE) WERE EQUILIBRATED AGAINST A RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 25 MM TRIS-HCL (PH 8.0), 0.5 M NACL AND 28% PEG2000.	分辨率 2.00 Å R-free 0.214
2J4U E.coli OmpC - camel Lactoferrin complex 提交 2006-09-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 P 22–367（346 aa）片段：RESIDUES 22-367 链 Q 22–367（346 aa）片段：RESIDUES 22-367 链 R 22–367（346 aa）片段：RESIDUES 22-367	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.99 Å R-free 0.282
2J4U E.coli OmpC - camel Lactoferrin complex 提交 2006-09-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 U 22–367（346 aa）片段：RESIDUES 22-367 链 V 22–367（346 aa）片段：RESIDUES 22-367 链 W 22–367（346 aa）片段：RESIDUES 22-367	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.99 Å R-free 0.282
2ZLE Cryo-EM structure of DegP12/OMP 提交 2008-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 D 22–367（346 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Embedded in vitreous ice using C-flat holey carbon grids (CF-2/2-4C-100, Protochip) and a Vitrobot (FEI) at 20 temperature and 100% relative humidity	分辨率 28.00 Å
3NB3 The host outer membrane proteins OmpA and OmpC are packed at specific sites in the Shigella phage Sf6 virion as structural components 提交 2010-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 240 PDB 声明：240-MERIC	链 D 22–367（346 aa）片段：outer membrane protein C	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2；pH 7.4；10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out with a standard cryoEM method. The sample of 4 microlitres was applied to a holey EM grid, blotted for 3-4 seconds with a Whatman #2 filter paper, and plunged into ethane slush incubated in liquid nitrogen. The grid was stored in liquid nitrogen.	分辨率 19.00 Å
3NB3 The host outer membrane proteins OmpA and OmpC are packed at specific sites in the Shigella phage Sf6 virion as structural components 提交 2010-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 22–367（346 aa）片段：outer membrane protein C	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2；pH 7.4；10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out with a standard cryoEM method. The sample of 4 microlitres was applied to a holey EM grid, blotted for 3-4 seconds with a Whatman #2 filter paper, and plunged into ethane slush incubated in liquid nitrogen. The grid was stored in liquid nitrogen.	分辨率 19.00 Å
3NB3 The host outer membrane proteins OmpA and OmpC are packed at specific sites in the Shigella phage Sf6 virion as structural components 提交 2010-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 D 22–367（346 aa）片段：outer membrane protein C	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2；pH 7.4；10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out with a standard cryoEM method. The sample of 4 microlitres was applied to a holey EM grid, blotted for 3-4 seconds with a Whatman #2 filter paper, and plunged into ethane slush incubated in liquid nitrogen. The grid was stored in liquid nitrogen.	分辨率 19.00 Å
3NB3 The host outer membrane proteins OmpA and OmpC are packed at specific sites in the Shigella phage Sf6 virion as structural components 提交 2010-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 D 22–367（346 aa）片段：outer membrane protein C	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2；pH 7.4；10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out with a standard cryoEM method. The sample of 4 microlitres was applied to a holey EM grid, blotted for 3-4 seconds with a Whatman #2 filter paper, and plunged into ethane slush incubated in liquid nitrogen. The grid was stored in liquid nitrogen.	分辨率 19.00 Å
3NB3 The host outer membrane proteins OmpA and OmpC are packed at specific sites in the Shigella phage Sf6 virion as structural components 提交 2010-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 22–367（346 aa）片段：outer membrane protein C	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2；pH 7.4；10 mM Tris-HCl, pH 7.4, 10 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification was carried out with a standard cryoEM method. The sample of 4 microlitres was applied to a holey EM grid, blotted for 3-4 seconds with a Whatman #2 filter paper, and plunged into ethane slush incubated in liquid nitrogen. The grid was stored in liquid nitrogen.	分辨率 19.00 Å
4A8D DegP dodecamer with bound OMP 提交 2011-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 M 22–367（346 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 300MM NACL, 50MM HEPES- NAOH；pH 8；300MM NACL, 50MM HEPES- NAOH cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；EMBEDDED IN VITREOUS ICE USING C-FLAT HOLEY CARBON GRIDS AND A VITROBOT AT 20C.	分辨率 28.00 Å
8I8R Cryo-EM Structure of OmpC3-MlaA Complex in MSP2N2 Nanodiscs 提交 2023-02-05	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 22–367（346 aa）链 B 22–367（346 aa）链 C 22–367（346 aa）	未记录	KDL (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-carboxy-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(3~{R})-3-dodecanoyloxytetradecanoyl]amino]-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-3-oxidanyl-5-[[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]amino]-4-[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-3-phosphonooxy-4-[(3~{R})-3-tetradecanoyloxytetradecanoyl]oxy-oxan-2-yl]methoxy]-5-oxidanyl-oxan-4-yl]oxy-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；Tris-buffered saline (TBS) buffer (20 mM Tris HCl pH 8.0, 150 mM NaCl) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.93 Å

共 6 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OMPC_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–346； UniProt 22–367 作者链 B； PDB构建体 1–346； UniProt 22–367 作者链 C； PDB构建体 1–346； UniProt 22–367

Intermembrane phospholipid transport system lipoprotein MlaA

Escherichia coli K-12

UniProt P76506

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 18–251	突变：Q205C	Outer membrane porin C × 3 （P06996） Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaC × 1 （P0ADV7） KDL (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-carboxy-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(3~{R})-3-dodecanoyloxytetradecanoyl]amino]-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-3-oxidanyl-5-[[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]amino]-4-[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-3-phosphonooxy-4-[(3~{R})-3-tetradecanoyloxytetradecanoyl]oxy-oxan-2-yl]methoxy]-5-oxidanyl-oxan-4-yl]oxy-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8；Tris-buffered saline (TBS) buffer (20 mM Tris HCl pH 8.0, 150 mM NaCl) cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.25 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8I8X	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8I8R Cryo-EM Structure of OmpC3-MlaA Complex in MSP2N2 Nanodiscs 提交 2023-02-05	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 18–251（234 aa）	突变：Q205C	KDL (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-carboxy-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(3~{R})-3-dodecanoyloxytetradecanoyl]amino]-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-3-oxidanyl-5-[[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]amino]-4-[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-3-phosphonooxy-4-[(3~{R})-3-tetradecanoyloxytetradecanoyl]oxy-oxan-2-yl]methoxy]-5-oxidanyl-oxan-4-yl]oxy-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；Tris-buffered saline (TBS) buffer (20 mM Tris HCl pH 8.0, 150 mM NaCl) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.93 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MLAA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–234； UniProt 18–251

Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaC

Escherichia coli K-12

UniProt P0ADV7

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 21–211	突变：V171C	Outer membrane porin C × 3 （P06996） Intermembrane phospholipid transport system lipoprotein MlaA × 1 （P76506） KDL (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-carboxy-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(3~{R})-3-dodecanoyloxytetradecanoyl]amino]-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-3-oxidanyl-5-[[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]amino]-4-[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-3-phosphonooxy-4-[(3~{R})-3-tetradecanoyloxytetradecanoyl]oxy-oxan-2-yl]methoxy]-5-oxidanyl-oxan-4-yl]oxy-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8；Tris-buffered saline (TBS) buffer (20 mM Tris HCl pH 8.0, 150 mM NaCl) cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.25 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8I8X	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5UWA Structure of E. coli phospholipid binding protein MlaC 提交 2017-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–211（190 aa）	未记录	8ND (2S)-3-(2-aminoethoxy)propane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M citric acid pH 3.5 and 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 1.50 Å R-free 0.168
5UWA Structure of E. coli phospholipid binding protein MlaC 提交 2017-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 22–211（190 aa）	未记录	8ND (2S)-3-(2-aminoethoxy)propane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M citric acid pH 3.5 and 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 1.50 Å R-free 0.168
6GKI Structure of E coli MlaC in Variously Loaded States 提交 2018-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–211（190 aa）	未记录	BR BROMIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；289 K；seed grown in (0.1M Na Cacodylate pH 6.5, 2M ammonium sulphate, 0.2M NaCl) seed transferred to drop of (0.09M NaF/Br/I, 0.1M Tris/bicine pH 8.5, 20% glycerol, 10% PEG 4000)	分辨率 2.23 Å R-free 0.236
6GKI Structure of E coli MlaC in Variously Loaded States 提交 2018-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 22–211（190 aa）	未记录	BR BROMIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；289 K；seed grown in (0.1M Na Cacodylate pH 6.5, 2M ammonium sulphate, 0.2M NaCl) seed transferred to drop of (0.09M NaF/Br/I, 0.1M Tris/bicine pH 8.5, 20% glycerol, 10% PEG 4000)	分辨率 2.23 Å R-free 0.236
7VR6 Crystal structure of MlaC from Escherichia coli in quasi-open state 提交 2021-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–211（190 aa）	未记录	PEF DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.7 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.217
8OJ4 Structure of the MlaCD complex (1:6 stoichiometry) 提交 2023-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 H 1–211（211 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.35 Å
8OJG Structure of the MlaCD complex (2:6 stoichiometry) 提交 2023-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 G 1–211（211 aa）链 H 1–211（211 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.38 Å

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MLAC_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–191； UniProt 21–211

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8i8x
沉积日期 deposition_date	2023-02-05
结构标题 title	Cryo-EM Structure of OmpC3-MlaA-MlaC Complex in MSP2N2 Nanodiscs
关键词 keywords	bacteria, outer membrane, phospholipid, lipid asymmetry, membrane protein, protein complex structure, channel, LIPID TRANSPORT; LIPID TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.74 Å
零角强度 I(0) i0	405048000.00
分子量 molecular_weight	158570.0 kDa
排除体积 excluded_volume	195640 Å³
包络体积 envelope_volume	292220 Å³
水化壳体积 shell_volume	60678 Å³
包络直径 envelope_diameter	155.2 Å
壳层 Rg shell_rg	45.05 Å
包络 Rg envelope_rg	41.90 Å
形状 Rg shape_rg	40.81 Å
总 Rg total_rg	40.79 Å
总原子数 total_atoms	11226
残基数 n_residues	1450
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	145.3 Å
Rg (实空间) rg_real	41.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0500e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.4440e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	404900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8294
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.608
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.056
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	53860000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.671; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.802

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Outer membrane porin C
分子量 formula_weight	38336.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	11226

AEVYNKDGNKLDLYGKVDGLHYFSDNKDVDGDQTYMRLGFKGETQVTDQLTGYGQWEYQIQGNSAENENNSWTRVAFAGLKFQDVGSFDYGRNYGVVYDVTSWTDVLPEFGGDTYGSDNFMQQRGNGFATYRNTDFFGLVDGLNFAVQYQGKNGNPSGEGFTSGVTNNGRDALRQNGDGVGGSITYDYEGFGIGGAISSSKRTDAQNTAAYIGNGDRAETYTGGLKYDANNIYLAAQYTQTYNATRVGSLGWANKAQNFEAVAQYQFDFGLRPSLAYLQSKGKNLGRGYDDEDILKYVDVGATYYFNKNMSTYVDYKINLLDDNQFTRDAGINTDNIVALGLVYQF

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Intermembrane phospholipid transport system lipoprotein MlaA
分子量 formula_weight	26298.3 kDa
突变 mutation	Q205C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

CASSGTDQQGRSDPLEGFNRTMYNFNFNVLDPYIVRPVAVAWRDYVPQPARNGLSNFTGNLEEPAVMVNYFLQGDPYQGMVHFTRFFLNTILGMGGFIDVAGMANPKLQRTEPHRFGSTLGHYGVGYGPYVQLPFYGSFTLRDDGGDMADGFYPVLSWLTWPMSVGKWTLEGIETRAQLLDSDGLLRCSSDPYIMVREAYFQRHDFIANGGELKPQENPNAQAIQDDLKDIDSE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaC
分子量 formula_weight	22903.9 kDa
突变 mutation	V171C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

AADQTNPYKLMDEAAQKTFDRLKNEQPQIRANPDYLRTIVDQELLPYVQVKYAGALVLGQYYKSATPAQREAYFAAFREYLKQAYGQALAMYHGQTYQIAPEQPLGDKTIVPIRVTIIDPNGRPPVRLDFQWRKNSQTGNWQAYDMIAEGCSMITTKQNEWGTLLRTKGIDGLTAQLKSISQQKITLEEKKLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-carboxy-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(3~{R})-3-dodecanoyloxytetradecanoyl]amino]-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-3-oxidanyl-5-[[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]amino]-4-[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-3-phosphonooxy-4-[(3~{R})-3-tetradecanoyloxytetradecanoyl]oxy-oxan-2-yl]methoxy]-5-oxidanyl-oxan-4-yl]oxy-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid ;
分子量 formula_weight	2238.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.25 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	76463

fit	/app/data/saxs_computation/i8/8i8x/8i8x.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i8/8i8x/8i8x.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i8/8i8x/8i8x.dat

Cryo-EM Structure of OmpC3-MlaA-MlaC Complex in MSP2N2 Nanodiscs

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane porin C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Intermembrane phospholipid transport system lipoprotein MlaA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)