8imy

Cryo-EM structure of GPI-T (inactive mutant) with GPI and proULBP2, a proprotein substrate

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484

Clavularia sp.

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 6 其他聚合物 1	GPI-anchor transamidase,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 × 1 （Q92643,Q9U6Y3） Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 × 1 （Q9H490,Q9U6Y3） GPI transamidase component PIG-T,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 × 1 （Q969N2,Q9U6Y3） GPI transamidase component PIG-S,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 × 1 （Q96S52,Q9U6Y3） UL16-binding protein 2 × 1 （Q9BZM5） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 Digitonin × 1 [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 6 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 19 MAGNESIUM ION × 1 2-azanylethyl [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] hydrogen phosphate × 1 2-azanylethyl [(2R,3S,4S,5S,6S)-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 2 CALCIUM ION × 1 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;[(2R)-1-[[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2-hexadecanoyloxy-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3-octadecoxy-propan-2-yl] (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate ; × 1 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 ;[(2R)-1-hexadecanoyloxy-3-[[3-[[(2R)-3-hexadecanoyloxy-2-[(Z)-octadec-9-enoyl]oxy-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (Z)-octadec-9-enoate ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GPAA1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 4–623； UniProt 2–621

Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484

Clavularia sp.

UniProt Q9U6Y3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 6 其他聚合物 1	UL16-binding protein 2 × 1 （Q9BZM5） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 Digitonin × 1 [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 6 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 19 MAGNESIUM ION × 1 2-azanylethyl [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] hydrogen phosphate × 1 2-azanylethyl [(2R,3S,4S,5S,6S)-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 2 CALCIUM ION × 1 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;[(2R)-1-[[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2-hexadecanoyloxy-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3-octadecoxy-propan-2-yl] (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate ; × 1 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 ;[(2R)-1-hexadecanoyloxy-3-[[3-[[(2R)-3-hexadecanoyloxy-2-[(Z)-octadec-9-enoyl]oxy-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (Z)-octadec-9-enoate ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	GFPL_CLASP
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3, 4, 5
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 642–857； UniProt 45–260 作者链 K； PDB构建体 416–631； UniProt 45–260 作者链 U； PDB构建体 456–671； UniProt 45–260 作者链 T； PDB构建体 599–814； UniProt 45–260 作者链 S； PDB构建体 576–791； UniProt 45–260

GPI-anchor transamidase,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484

Clavularia sp.

UniProt Q92643

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 6 其他聚合物 1	Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 × 1 （O43292,Q9U6Y3） Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 × 1 （Q9H490,Q9U6Y3） GPI transamidase component PIG-T,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 × 1 （Q969N2,Q9U6Y3） GPI transamidase component PIG-S,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 × 1 （Q96S52,Q9U6Y3） UL16-binding protein 2 × 1 （Q9BZM5） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 Digitonin × 1 [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 6 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 19 MAGNESIUM ION × 1 2-azanylethyl [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] hydrogen phosphate × 1 2-azanylethyl [(2R,3S,4S,5S,6S)-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 2 CALCIUM ION × 1 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;[(2R)-1-[[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2-hexadecanoyloxy-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3-octadecoxy-propan-2-yl] (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate ; × 1 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 ;[(2R)-1-hexadecanoyloxy-3-[[3-[[(2R)-3-hexadecanoyloxy-2-[(Z)-octadec-9-enoyl]oxy-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (Z)-octadec-9-enoate ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	GPI8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 4–397； UniProt 2–395

Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484

Clavularia sp.

UniProt Q9H490

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 6 其他聚合物 1	Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 × 1 （O43292,Q9U6Y3） GPI-anchor transamidase,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 × 1 （Q92643,Q9U6Y3） GPI transamidase component PIG-T,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 × 1 （Q969N2,Q9U6Y3） GPI transamidase component PIG-S,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 × 1 （Q96S52,Q9U6Y3） UL16-binding protein 2 × 1 （Q9BZM5） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 Digitonin × 1 [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 6 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 19 MAGNESIUM ION × 1 2-azanylethyl [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] hydrogen phosphate × 1 2-azanylethyl [(2R,3S,4S,5S,6S)-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 2 CALCIUM ION × 1 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;[(2R)-1-[[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2-hexadecanoyloxy-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3-octadecoxy-propan-2-yl] (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate ; × 1 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 ;[(2R)-1-hexadecanoyloxy-3-[[3-[[(2R)-3-hexadecanoyloxy-2-[(Z)-octadec-9-enoyl]oxy-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (Z)-octadec-9-enoate ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PIGU_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 4–437； UniProt 2–435

GPI transamidase component PIG-T,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484

Clavularia sp.

UniProt Q969N2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 6 其他聚合物 1	Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 × 1 （O43292,Q9U6Y3） GPI-anchor transamidase,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 × 1 （Q92643,Q9U6Y3） Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 × 1 （Q9H490,Q9U6Y3） GPI transamidase component PIG-S,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 × 1 （Q96S52,Q9U6Y3） UL16-binding protein 2 × 1 （Q9BZM5） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 Digitonin × 1 [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 6 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 19 MAGNESIUM ION × 1 2-azanylethyl [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] hydrogen phosphate × 1 2-azanylethyl [(2R,3S,4S,5S,6S)-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 2 CALCIUM ION × 1 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;[(2R)-1-[[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2-hexadecanoyloxy-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3-octadecoxy-propan-2-yl] (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate ; × 1 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 ;[(2R)-1-hexadecanoyloxy-3-[[3-[[(2R)-3-hexadecanoyloxy-2-[(Z)-octadec-9-enoyl]oxy-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (Z)-octadec-9-enoate ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PIGT_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 T； PDB构建体 4–580； UniProt 2–578

GPI transamidase component PIG-S,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484

Clavularia sp.

UniProt Q96S52

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 6 其他聚合物 1	Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 × 1 （O43292,Q9U6Y3） GPI-anchor transamidase,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 × 1 （Q92643,Q9U6Y3） Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 × 1 （Q9H490,Q9U6Y3） GPI transamidase component PIG-T,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 × 1 （Q969N2,Q9U6Y3） UL16-binding protein 2 × 1 （Q9BZM5） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 Digitonin × 1 [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 6 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 19 MAGNESIUM ION × 1 2-azanylethyl [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] hydrogen phosphate × 1 2-azanylethyl [(2R,3S,4S,5S,6S)-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 2 CALCIUM ION × 1 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;[(2R)-1-[[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2-hexadecanoyloxy-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3-octadecoxy-propan-2-yl] (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate ; × 1 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 ;[(2R)-1-hexadecanoyloxy-3-[[3-[[(2R)-3-hexadecanoyloxy-2-[(Z)-octadec-9-enoyl]oxy-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (Z)-octadec-9-enoate ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PIGS_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 4–557； UniProt 2–555

UL16-binding protein 2

Homo sapiens

UniProt Q9BZM5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 6 其他聚合物 1	Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 × 1 （O43292,Q9U6Y3） GPI-anchor transamidase,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 × 1 （Q92643,Q9U6Y3） Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 × 1 （Q9H490,Q9U6Y3） GPI transamidase component PIG-T,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 × 1 （Q969N2,Q9U6Y3） GPI transamidase component PIG-S,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 × 1 （Q96S52,Q9U6Y3） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 Digitonin × 1 [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 6 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 19 MAGNESIUM ION × 1 2-azanylethyl [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] hydrogen phosphate × 1 2-azanylethyl [(2R,3S,4S,5S,6S)-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 2 CALCIUM ION × 1 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;[(2R)-1-[[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2-hexadecanoyloxy-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3-octadecoxy-propan-2-yl] (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate ; × 1 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 ;[(2R)-1-hexadecanoyloxy-3-[[3-[[(2R)-3-hexadecanoyloxy-2-[(Z)-octadec-9-enoyl]oxy-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (Z)-octadec-9-enoate ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	ULBP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–258； UniProt 1–246

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8imy
沉积日期 deposition_date	2023-03-07
结构标题 title	Cryo-EM structure of GPI-T (inactive mutant) with GPI and proULBP2, a proprotein substrate
关键词 keywords	cryo-EM, glycosylphosphatidylinositol, GPI, GPI anchored protein, GPI-AP, membrane protein complex, proprotein, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8imy__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8imy__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8imy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.18 Å
Rg（电子密度）	43.09 Å
总 Rg	43.46 Å
原子数	19986
残基数	2393
排除体积	366940 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8imy__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (19)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
分子量 formula_weight	96990.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G
原子数 atom_count	19986

MGSGLLSDPVRRRALARLVLRLNAPLCVLSYVAGIAWFLALVFPPLTQRTYMSENAMGSTMVEEQFAGGDRARAFARDFAAHRKKSGALPVAWLERTMRSVGLEVYTQSFSRKLPFPDETHERYMVSGTNVYGILRAPRAASTESLVLTVPCGSDSTNSQAVGLLLALAAHFRGQIYWAKDIVFLVTEHDLLGTEAWLEAYHDVNVTGMQSSPLQGRAGAIQAAVALELSSDVVTSLDVAVEGLNGQLPNLDLLNLFQTFCQKGGLLCTLQGKLQPEDWTSLDGPLQGLQTLLLMVLRQASGRPHGSHGLFLRYRVEALTLRGINSFRQYKYDLVAVGKALEGMFRKLNHLLERLHQSFFLYLLPGLSRFVSIGLYMPAVGFLLLVLGLKALELWMQLHEAGMGLEEPGGAPGPSVPLPPSQGVGLASLVAPLLISQAMGLALYVLPVLGQHVATQHFPVAEAEAVVLTLLAIYAAGLALPHNTHRVVSTQAPDRGWMALKLVALIYLALQLGCIALTNFSLGFLLATTMVPTAALAKPHGPRTLYAALLVLTSPAATLLGSLFLWRELQEAPLSLAEGWQLFLAALAQGVLEHHTYGALLFPLLSLGLYPCWLLFWNVLFWKGTLEVLFQGPGGSGGSASVIKPEMKIKLRMEGAVNGHKFVIEGEGIGKPYEGTQTLDLTVEEGAPLPFSYDILTPAFQYGNRAFTKYPEDIPDYFKQAFPEGYSWERSMTYEDQGICIATSDITMEGDCFFYEIRFDGTNFPPNGPVMQKKTLKWEPSTEKMYVEDGVLKGDVEMALLLEGGGHYRCDFKTTYKAKKDVRLPDAHEVDHRIEILSHDKDYNKVRLYEHAEARYSGGGSGGGGSGGGGDYKDDDDADYKDDDDA

来源 Source

来源生物 organism	Clavularia sp.
通用名 common_name	Brown star polyp
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	86521
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	GPI-anchor transamidase,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
分子量 formula_weight	73427.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.-.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MGSAVTDSLSRAATVLATVLLLSFGSVAASHIEDQAEQFFRSGHTNNWAVLVCTSRFWFNYRHVANTLSVYRSVKRLGIPDSHIVLMLADDMACNPRNPKPATVFSHKNMELNVYGDDVEVDYRSYEVTVENFLRVLTGRIPPSTPRSKRLLSDDRSNILIYMTGHGGNGFLKFQDSEEITNIELADAFEQMWQKRRYNELLFIIDTSQGASMYERFYSPNIMALASSQVGEDSLSHQPDPAIGVHLMDRYTFYVLEFLEEINPASQTNMNDLFQVCPKSLCVSTPGHRTDLFQRDPKNVLITDFFGSVRKVEITTETIKLQQDSEIMESSYKEDQMDEKLMEPLKYAEQLPVAQIIHQKPKLKDWHPPGGFILGLWALIIMVFFKTYGIKHMKFIFGTLEVLFQGPGGSGGSASVIKPEMKIKLRMEGAVNGHKFVIEGEGIGKPYEGTQTLDLTVEEGAPLPFSYDILTPAFQYGNRAFTKYPEDIPDYFKQAFPEGYSWERSMTYEDQGICIATSDITMEGDCFFYEIRFDGTNFPPNGPVMQKKTLKWEPSTEKMYVEDGVLKGDVEMALLLEGGGHYRCDFKTTYKAKKDVRLPDAHEVDHRIEILSHDKDYNKVRLYEHAEARYSGGGSGGGYPYDVPDYA

来源 Source

来源生物 organism	Clavularia sp.
通用名 common_name	Brown star polyp
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	86521
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
分子量 formula_weight	80691.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

MGSAAPLVLVLVVAVTVRAALFRSSLAEFISERVEVVSPLSSWKRVVEGLSLLDLGVSPYSGAVFHETPLIIYLFHFLIDYAELVFMITDALTAIALYFAIQDFNKVVFKKQKLLLELDQYAPDVAELIRTPMEMRYIPLKVALFYLLNPYTILSCVAKSTCAINNTLIAFFILTTIKGSAFLSAIFLALATYQSLYPLTLFVPGLLYLLQRQYIPVKMKSKAFWIFSWEYAMMYVGSLVVIICLSFFLLSSWDFIPAVYGFILSVPDLTPNIGLFWYFFAEMFEHFSLFFVCVFQINVFFYTIPLAIKLKEHPIFFMFIQIAVIAIFKSYPTVGDVALYMAFFPVWNHLYRFLRNIFVLTCIIIVCSLLFPVLWHLWIYAGSANSNFFYAITLTFNVGQILLISDYFYAFLRREYYLTHGLYLTAKDGTEAMLVLKGTLEVLFQGPGGSGGSASVIKPEMKIKLRMEGAVNGHKFVIEGEGIGKPYEGTQTLDLTVEEGAPLPFSYDILTPAFQYGNRAFTKYPEDIPDYFKQAFPEGYSWERSMTYEDQGICIATSDITMEGDCFFYEIRFDGTNFPPNGPVMQKKTLKWEPSTEKMYVEDGVLKGDVEMALLLEGGGHYRCDFKTTYKAKKDVRLPDAHEVDHRIEILSHDKDYNKVRLYEHAEARYSGGGSGGGKLEFSAWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Clavularia sp.
通用名 common_name	Brown star polyp
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	86521
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	GPI transamidase component PIG-T,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
分子量 formula_weight	92825.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

MGSAAAMPLALLVLLLLGPGGWCLAEPPRDSLREELVITPLPSGDVAATFQFRTRWDSELQREGVSHYRLFPKALGQLISKYSLRELHLSFTQGFWRTRYWGPPFLQAPSGAELWVWFQDTVTDVDKSWKELSNVLSGIFCASLNFIDSTNTVTPTASFKPLGLANDTDHYFLRYAVLPREVVCTENLTPWKKLLPCSSKAGLSVLLKADRLFHTSYHSQAVHIRPVCRNARCTSISWELRQTLSVVFDAFITGQGKKDWSLFRMFSRTLTEPCPLASESRVYVDITTYNQDNETLEVHPPPTTTYQDVILGTRKTYAIYDLLDTAMINNSRNLNIQLKWKRPPENEAPPVPFLHAQRYVSGYGLQKGELSTLLYNTHPYRAFPVLLLDTVPWYLRLYVHTLTITSKGKENKPSYIHYQPAQDRLQPHLLEMLIQLPANSVTKVSIQFERALLKWTEYTPDPNHGFYVSPSVLSALVPSMVAAKPVDWEESPLFNSLFPVSDGSNYFVRLYTEPLLVNLPTPDFSMPYNVICLTCTVVAVCYGSFYNLLTRTFHIEEPRTGGLAKRLANLIRRARGVPPLGTLEVLFQGPGGSGGSASVIKPEMKIKLRMEGAVNGHKFVIEGEGIGKPYEGTQTLDLTVEEGAPLPFSYDILTPAFQYGNRAFTKYPEDIPDYFKQAFPEGYSWERSMTYEDQGICIATSDITMEGDCFFYEIRFDGTNFPPNGPVMQKKTLKWEPSTEKMYVEDGVLKGDVEMALLLEGGGHYRCDFKTTYKAKKDVRLPDAHEVDHRIEILSHDKDYNKVRLYEHAEARYSGGGSGGG

来源 Source

来源生物 organism	Clavularia sp.
通用名 common_name	Brown star polyp
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	86521
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	GPI transamidase component PIG-S,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
分子量 formula_weight	90421.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MGSAAAGAAATHLEVARGKRAALFFAAVAIVLGLPLWWKTTETYRASLPYSQISGLNALQLRLMVPVTVVFTRESVPLDDQEKLPFTVVHEREIPLKYKMKIKCRFQKAYRRALDHEEEALSSGSVQEAEAMLDEPQEQAEGSLTVYVISEHSSLLPQDMMSYIGPKRTAVVRGIMHREAFNIIGRRIVQVAQAMSLTEDVLAAALADHLPEDKWSAEKRRPLKSSLGYEITFSLLNPDPKSHDVYWDIEGAVRRYVQPFLNALGAAGNFSVDSQILYYAMLGVNPRFDSASSSYYLDMHSLPHVINPVESRLGSSAASLYPVLNFLLYVPELAHSPLYIQDKDGAPVATNAFHSPRWGGIMVYNVDSKTYNASVLPVRVEVDMVRVMEVFLAQLRLLFGIAQPQLPPKCLLSGPTSEGLMTWELDRLLWARSVENLATATTTLTSLAQLLGKISNIVIKDDVASEVYKAVAAVQKSAEELASGHLASAFVASQEAVTSSELAFFDPSLLHLLYFPDDQKFAIYIPLFLPMAVPILLSLVKIFLETRKSWRKPEKTDGTLEVLFQGPGGSGGSASVIKPEMKIKLRMEGAVNGHKFVIEGEGIGKPYEGTQTLDLTVEEGAPLPFSYDILTPAFQYGNRAFTKYPEDIPDYFKQAFPEGYSWERSMTYEDQGICIATSDITMEGDCFFYEIRFDGTNFPPNGPVMQKKTLKWEPSTEKMYVEDGVLKGDVEMALLLEGGGHYRCDFKTTYKAKKDVRLPDAHEVDHRIEILSHDKDYNKVRLYEHAEARYSGGGSGGGGGGGGGGGEQKLISEEDL

来源 Source

来源生物 organism	Clavularia sp.
通用名 common_name	Brown star polyp
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	86521
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	UL16-binding protein 2
分子量 formula_weight	28790.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MAAAAATKILLCLPLLLLLSGWSRAGGSHHHHHHHHGSRADPHSLCYDITVIPKFRPGPRWCAVQGQVDEKTFLHYDCGNKTVTPVSPLGKKLNVTTAWKAQNPVLREVVDILTEQLRDIQLENYTPKEPLTLQARMSCEQKAEGHSSGSWQFSFDGQIFLLFDSEKRMWTTVHPGARKMKEKWENDKVVAMSFHYFSMGDCIGWLEDFLMGMDSTLEPSAGAPLAMSSGTTQLRATATTLILCCLLIILPCFILPGI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 7 Entity 7 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	Digitonin
分子量 formula_weight	1229.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	[(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	718.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子量 formula_weight	486.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	19

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	2-azanylethyl [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] hydrogen phosphate
分子量 formula_weight	303.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	2-azanylethyl [(2R,3S,4S,5S,6S)-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl hydrogen phosphate
分子量 formula_weight	303.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine
分子量 formula_weight	760.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 17 Entity 17 non-polymer

描述 description	;[(2R)-1-[[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2-hexadecanoyloxy-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3-octadecoxy-propan-2-yl] (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate ;
分子量 formula_weight	1111.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 18 Entity 18 non-polymer

描述 description	2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	179.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 19 Entity 19 non-polymer

描述 description	;[(2R)-1-hexadecanoyloxy-3-[[3-[[(2R)-3-hexadecanoyloxy-2-[(Z)-octadec-9-enoyl]oxy-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (Z)-octadec-9-enoate ;
分子量 formula_weight	1405.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.22 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	176889

Cryo-EM structure of GPI-T (inactive mutant) with GPI and proULBP2, a proprotein substrate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GPI-anchor transamidase,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GPI transamidase component PIG-T,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GPI transamidase component PIG-S,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

UL16-binding protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8imy__assembly_1__model_1

8imy__assembly_1__model_1 | I(q)

8imy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (19)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source