SAXSdb — 8itx

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Galectin-3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	CHLORIDE ION × 2 ;2-[(2S,3R,4S,5R,6R)-2-[2-[2,5-bis(chloranyl)phenyl]-5-methyl-1,2,4-triazol-3-yl]-4-[4-[4-chloranyl-3,5-bis(fluoranyl)phenyl]-1,2,3-triazol-1-yl]-6-(hydroxymethyl)-5-oxidanyl-oxan-3-yl]oxyethanoic acid ; × 2 piperazine × 1 water × 2	待复核
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	CHLORIDE ION × 2 ;2-[(2S,3R,4S,5R,6R)-2-[2-[2,5-bis(chloranyl)phenyl]-5-methyl-1,2,4-triazol-3-yl]-4-[4-[4-chloranyl-3,5-bis(fluoranyl)phenyl]-1,2,3-triazol-1-yl]-6-(hydroxymethyl)-5-oxidanyl-oxan-3-yl]oxyethanoic acid ; × 2 piperazine × 1 water × 2	待复核

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LEG3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–182； UniProt 72–250 作者链 B； PDB构建体 1–182； UniProt 72–250

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8itx
沉积日期 deposition_date	2023-03-23
最后修订 last_revision	2024-03-27
结构标题 title	Crystal structure of human Galectin-3 in complex with small molecule inhibitor
关键词 keywords	Fibrosis, Galactose, SUGAR BINDING PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX; SUGAR BINDING PROTEIN/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8itx__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8itx__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8itx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.15 Å
Rg（电子密度）	19.32 Å
总 Rg	20.25 Å
原子数	2351
残基数	276
排除体积	41006 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8itx__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`8itx__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Galectin-3
分子量 formula_weight	19665.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2628

GAPAPGVYPGPPSGPGAYPSSGQPSATGAYPATGHMGPYGAPAGPLIVPYNLPLPGGVVPRMLITILGTVKPNANRIALDFQRGNDVAFHFNPRFNENNRRVIVCNTKLDNNWGREERQSVFPFESGKPFKIQVLVEPDHFKVAVNDAHLLQYNHRVKKLNEISKLGISGDIDLTSASYTMI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;2-[(2S,3R,4S,5R,6R)-2-[2-[2,5-bis(chloranyl)phenyl]-5-methyl-1,2,4-triazol-3-yl]-4-[4-[4-chloranyl-3,5-bis(fluoranyl)phenyl]-1,2,3-triazol-1-yl]-6-(hydroxymethyl)-5-oxidanyl-oxan-3-yl]oxyethanoic acid ;
分子量 formula_weight	645.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	piperazine
分子量 formula_weight	86.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	254

▶

晶胞边长 a length_a	34.350 Å
晶胞边长 b length_b	43.340 Å
晶胞边长 c length_c	48.150 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	111.12 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.87 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.42 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.120 Å
最低分辨率 resolution_low	37.110 Å
R 因子 r_factor	0.1941
R_work r_work	0.1932
R_free r_free	0.2110

Crystal structure of human Galectin-3 in complex with small molecule inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Galectin-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8itx__assembly_1__model_1

8itx__assembly_1__model_1 | I(q)

8itx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of human Galectin-3 in complex with small molecule inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Galectin-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8itx__assembly_1__model_1

8itx__assembly_1__model_1 | I(q)

8itx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)