8jbk

Crystal structure of Na+,K+-ATPase in the E1.3Na+ state

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 2	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 × 1 （P05027） FXYD domain-containing ion transport regulator × 1 （Q58K79） ;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 MANGANESE (II) ION × 1 SODIUM ION × 4 CHOLESTEROL × 3 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 7 water × 1	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 1	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 × 1 （P05027） FXYD domain-containing ion transport regulator × 1 （Q58K79） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MANGANESE (II) ION × 1 SODIUM ION × 4 CHOLESTEROL × 3 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 8 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D2WKD6_PIG
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1021； UniProt 1–1021 作者链 C； PDB构建体 1–1021； UniProt 1–1021

Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1

物种未注明

UniProt P05027

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 2	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha × 1 （D2WKD6） FXYD domain-containing ion transport regulator × 1 （Q58K79） ;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 MANGANESE (II) ION × 1 SODIUM ION × 4 CHOLESTEROL × 3 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 7 water × 1	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 1	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha × 1 （D2WKD6） FXYD domain-containing ion transport regulator × 1 （Q58K79） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MANGANESE (II) ION × 1 SODIUM ION × 4 CHOLESTEROL × 3 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 8 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AT1B1_PIG
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 D； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303

FXYD domain-containing ion transport regulator

物种未注明

UniProt Q58K79

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 2	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha × 1 （D2WKD6） Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 × 1 （P05027） ;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 MANGANESE (II) ION × 1 SODIUM ION × 4 CHOLESTEROL × 3 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 7 water × 1	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 1	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha × 1 （D2WKD6） Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 × 1 （P05027） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MANGANESE (II) ION × 1 SODIUM ION × 4 CHOLESTEROL × 3 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 8 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q58K79_PIG
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–65； UniProt 1–65 作者链 G； PDB构建体 1–65； UniProt 1–65

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jbk
沉积日期 deposition_date	2023-05-09
结构标题 title	Crystal structure of Na+,K+-ATPase in the E1.3Na+ state
关键词 keywords	ion pump, P-type ATPase, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8jbk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8jbk__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8jbk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	47.34 Å
Rg（电子密度）	47.30 Å
总 Rg	47.02 Å
原子数	10939
残基数	1322
排除体积	198050 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8jbk__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`8jbk__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha
分子量 formula_weight	112872.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	21682

MGKGVGRDKYEPAAVSEHGDKKKAKKERDMDELKKEVSMDDHKLSLDELHRKYGTDLSRGLTPARAAEILARDGPNALTPPPTTPEWVKFCRQLFGGFSMLLWIGAILCFLAYGIQAATEEEPQNDNLYLGVVLSAVVIITGCFSYYQEAKSSKIMESFKNMVPQQALVIRNGEKMSINAEEVVVGDLVEVKGGDRIPADLRIISANGCKVDNSSLTGESEPQTRSPDFTNENPLETRNIAFFSTNCVEGTARGIVVYTGDRTVMGRIATLASGLEGGQTPIAAEIEHFIHIITGVAVFLGVSFFILSLILEYTWLEAVIFLIGIIVANVPEGLLATVTVCLTLTAKRMARKNCLVKNLEAVETLGSTSTICSDKTGTLTQNRMTVAHMWFDNQIHEADTTENQSGVSFDKTSATWLALSRIAGLCNRAVFQANQENLPILKRAVAGDASESALLKCIELCCGSVKEMRERYTKIVEIPFNSTNKYQLSIHKNPNTAEPRHLLVMKGAPERILDRCSSILIHGKEQPLDEELKDAFQNAYLELGGLGERVLGFCHLFLPDEQFPEGFQFDTDDVNFPLDNLCFVGLISMIDPPRAAVPDAVGKCRSAGIKVIMVTGDHPITAKAIAKGVGIISEGNETVEDIAARLNIPVSQVNPRDAKACVVHGSDLKDMTSEQLDDILKYHTEIVFARTSPQQKLIIVEGCQRQGAIVAVTGDGVNDSPALKKADIGVAMGIAGSDVSKQAADMILLDDNFASIVTGVEEGRLIFDNLKKSIAYTLTSNIPEITPFLIFIIANIPLPLGTVTILCIDLGTDMVPAISLAYEQAESDIMKRQPRNPKTDKLVNERLISMAYGQIGMIQALGGFFTYFVILAENGFLPIHLLGLRVNWDDRWINDVEDSYGQQWTYEQRKIVEFTCHTAFFVSIVVVQWADLVICKTRRNSVFQQGMKNKILIFGLFEETALAAFLSYCPGMGVALRMYPLKPTWWFCAFPYSLLIFVYDEVRKLIIRRRPGGWVEKETYY

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
分子量 formula_weight	35204.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MARGKAKEEGSWKKFIWNSEKKEFLGRTGGSWFKILLFYVIFYGCLAGIFIGTIQVMLLTISEFKPTYQDRVAPPGLTQIPQSQKTEISFRPNDPQSYESYVVSIVRFLEKYKDLAQKDDMIFEDCGNVPSELKERGEYNNERGERKVCRFRLEWLGNCSGLNDETYGYKDGKPCVIIKLNRVLGFKPKPPKNESLETYPVMKYNPYVLPVHCTGKRDEDKEKVGTMEYFGLGGYPGFPLQYYPYYGKLLQPKYLQPLMAVQFTNLTMDTEIRIECKAYGENIGYSEKDRFQGRFDVKIEVKS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	FXYD domain-containing ion transport regulator
分子量 formula_weight	7094.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,E

MAGLSTDDGGSPKGDVDPFYYDYETVRNGGLIFAALAFIVGLIIILSKRLRCGGKKHRPINEDEL

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1073.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL
分子量 formula_weight	386.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子量 formula_weight	790.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子量 formula_weight	787.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE
分子量 formula_weight	482.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 14 Entity 14 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	32

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晶胞边长 a length_a	193.740 Å
晶胞边长 b length_b	74.490 Å
晶胞边长 c length_c	162.560 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	115.72 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.2306
R_work r_work	0.2285
R_free r_free	0.2704

Crystal structure of Na+,K+-ATPase in the E1.3Na+ state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

FXYD domain-containing ion transport regulator

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8jbk__assembly_1__model_1

8jbk__assembly_1__model_1 | I(q)

8jbk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Na+,K+-ATPase in the E1.3Na+ state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

FXYD domain-containing ion transport regulator

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8jbk__assembly_1__model_1

8jbk__assembly_1__model_1 | I(q)

8jbk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 water

7. 引用文献 (1)