8jc4

Crystal structure of the P450 BM3 heme domain mutant F87A-T268V in complex with Pyd-Pid-Phe and hydroxylamine

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 98.8 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jc4
沉积日期 deposition_date	2023-05-10
最后修订 last_revision	2023-12-27
结构标题 title	Crystal structure of the P450 BM3 heme domain mutant F87A-T268V in complex with Pyd-Pid-Phe and hydroxylamine
关键词 keywords	Dual-functional small molecule, P450 heme domain, Complex, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.25 Å
零角强度 I(0) i0	158135000.00
分子量 molecular_weight	102080.0 kDa
排除体积 excluded_volume	128460 Å³
包络体积 envelope_volume	155810 Å³
水化壳体积 shell_volume	41996 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.2 Å
壳层 Rg shell_rg	38.31 Å
包络 Rg envelope_rg	30.18 Å
形状 Rg shape_rg	30.28 Å
总 Rg total_rg	30.87 Å
总原子数 total_atoms	7198
残基数 n_residues	895
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.8 Å
Rg (实空间) rg_real	31.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5810e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5500e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	158100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9019
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	36.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.265
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.469
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	48030000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.926; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.945

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
分子量 formula_weight	53350.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.14.1,1.6.2.4
突变 mutation	F87A,T268V
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7503

GMTIKEMPQPKTFGELKNLPLLNTDKPVQALMKIADELGEIFKFEAPGRVTRYLSSQRLIKEACDESRFDKNLSQALKFVRDFAGDGLATSWTHEKNWKKAHNILLPSFSQQAMKGYHAMMVDIAVQLVQKWERLNADEHIEVPEDMTRLTLDTIGLCGFNYRFNSFYRDQPHPFITSMVRALDEAMNKLQRANPDDPAYDENKRQFQEDIKVMNDLVDKIIADRKASGEQSDDLLTHMLNGKDPETGEPLDDENIRYQIITFLIAGHEVTSGLLSFALYFLVKNPHVLQKAAEEAARVLVDPVPSYKQVKQLKYVGMVLNEALRLWPTAPAFSLYAKEDTVLGGEYPLEKGDELMVLIPQLHRDKTIWGDDVEEFRPERFENPSAIPQHAFKPFGNGQRACIGQQFALHEATLVLGMMLKHFDFEDHTNYELDIKETLTLKPEGFVVKAKSKKIPLLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Priestia megaterium NBRC 15308 = ATCC 14581
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1348623
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	HYDROXYAMINE
分子量 formula_weight	33.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	1-pyridin-4-ylpiperidine-4-carboxylic acid
分子量 formula_weight	206.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	PHENYLALANINE
分子量 formula_weight	165.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	253

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	58.839 Å
晶胞边长 b length_b	148.287 Å
晶胞边长 c length_c	64.925 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.38 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.640 Å
最低分辨率 resolution_low	19.890 Å
R 因子 r_factor	0.2462
R_work r_work	0.2448
R_free r_free	0.2803

fit	/app/data/saxs_computation/jc/8jc4/8jc4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jc/8jc4/8jc4.pr.out
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