SAXSdb — 8jgb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Conorfamide-Tx2

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 （P59768） Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 × 1 （P63096） Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 （P62873） Mas-related G-protein coupled receptor member X1 × 1 （Q96LB2） scFv16 × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CRFA2_CONTE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–18； UniProt 26–43

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Homo sapiens

UniProt P59768

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Conorfamide-Tx2 × 1 （P0DM27） Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 × 1 （P63096） Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 （P62873） Mas-related G-protein coupled receptor member X1 × 1 （Q96LB2） scFv16 × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GBG2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–60； UniProt 5–64

Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

Homo sapiens

UniProt P63096

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Conorfamide-Tx2 × 1 （P0DM27） Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 （P59768） Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 （P62873） Mas-related G-protein coupled receptor member X1 × 1 （Q96LB2） scFv16 × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GNAI1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–354； UniProt 1–354

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Homo sapiens

UniProt P62873

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Conorfamide-Tx2 × 1 （P0DM27） Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 （P59768） Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 × 1 （P63096） Mas-related G-protein coupled receptor member X1 × 1 （Q96LB2） scFv16 × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GBB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 20–358； UniProt 2–340

Mas-related G-protein coupled receptor member X1

Homo sapiens

UniProt Q96LB2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Conorfamide-Tx2 × 1 （P0DM27） Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 （P59768） Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 × 1 （P63096） Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 （P62873） scFv16 × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MRGX1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–319； UniProt 1–319

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jgb
沉积日期 deposition_date	2023-05-20
结构标题 title	CryoEM structure of Gi-coupled MRGPRX1 with peptide agonist CNF-Tx2
关键词 keywords	itch receptor, Mas-related GPCRs, MGPRX1, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8jgb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8jgb__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8jgb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.47 Å
Rg（电子密度）	36.28 Å
总 Rg	36.60 Å
原子数	7796
残基数	1062
排除体积	138590 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8jgb__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Conorfamide-Tx2
分子量 formula_weight	2083.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	7796

HSGILLAWSGPRNRFVRI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子量 formula_weight	6633.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

NTASIAQARKLVEQLKMEANIDRIKVSKAAADLMAYCEAHAKEDPLLTPVPASENPFREK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
分子量 formula_weight	40415.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MGCTLSAEDKAAVERSKMIDRNLREDGEKAAREVKLLLLGAGESGKSTIVKQMKIIHEAGYSEEECKQYKAVVYSNTIQSIIAIIRAMGRLKIDFGDSARADDARQLFVLAGAAEEGFMTAELAGVIKRLWKDSGVQACFNRSREYQLNDSAAYYLNDLDRIAQPNYIPTQQDVLRTRVKTTGIVETHFTFKDLHFKMFDVGGQRSERKKWIHCFEGVTAIIFCVALSDYDLVLAEDEEMNRMHESMKLFDSICNNKWFTDTSIILFLNKKDLFEEKIKKSPLTICYPEYAGSNTYEEAAAYIQCQFEDLNKRKDTKEIYTHFTCATDTKNVQFVFDAVTDVIIKNNLKDCGLF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子量 formula_weight	39418.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MHHHHHHLEVLFQGPGSSGSELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYAMHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNICSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNAFATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Mas-related G-protein coupled receptor member X1
分子量 formula_weight	35906.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MDPTISTLDTELTPINGTEETLCYKQTLSLTVLTCIVSLVGLTGNAVVLWLLGCRMRRNAFSIYILNLAAADFLFLSGRLIYSLLSFISIPHTISKILYPVMMFSYFAGLSFLSAVSTERCLSVLWPIWYRCHRPTHLSAVVCVLLWALSLLRSILEWMLCGFLFSGADSAWCQTSDFITVAWLIFLCVVLCGSSLVLLIRILCGSRKIPLTRLYVTILLTVLVFLLCGLPFGIQFFLFLWIHVDREVLFCHVHLVSIFLSALNSSANPIIYFFVGSFRQRQNRQNLKLVLQRALQDASEVDEGGGQLPEEILELSGSR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	scFv16
分子量 formula_weight	30363.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MLLVNQSHQGFNKEHTSKMVSAIVLYVLLAAAAHSAFAVQLVESGGGLVQPGGSRKLSCSASGFAFSSFGMHWVRQAPEKGLEWVAYISSGSGTIYYADTVKGRFTISRDDPKNTLFLQMTSLRSEDTAMYYCVRSIYYYGSSPFDFWGQGTTLTVSAGGGGSGGGGSGGGGSADIVMTQATSSVPVTPGESVSISCRSSKSLLHSNGNTYLYWFLQRPGQSPQLLIYRMSNLASGVPDRFSGSGSGTAFTLTISRLEAEDVGVYYCMQHLEYPLTFGAGTKLEL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.84 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	315448

CryoEM structure of Gi-coupled MRGPRX1 with peptide agonist CNF-Tx2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Conorfamide-Tx2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mas-related G-protein coupled receptor member X1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8jgb__assembly_1__model_1

8jgb__assembly_1__model_1 | I(q)

8jgb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)