8jr3

Crystal structure of Hendra Virus attachment(G) glycoprotein mutant S586N in complex with neutralizing antibody 14F8

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycoprotein G

Hendra virus (isolate Horse/Autralia/Hendra/1994)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 5	Heavy chain of neutralizing antibody 14F8 × 1 Light chain of neutralizing antibody 14F8 × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 4	Heavy chain of neutralizing antibody 14F8 × 1 Light chain of neutralizing antibody 14F8 × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GLYCP_HENDH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–416； UniProt 188–603 作者链 F； PDB构建体 1–416； UniProt 188–603

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jr3
沉积日期 deposition_date	2023-06-16
结构标题 title	Crystal structure of Hendra Virus attachment(G) glycoprotein mutant S586N in complex with neutralizing antibody 14F8
关键词 keywords	Hendra virus, Nipah virus, Attachment protein, VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8jr3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8jr3__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8jr3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.77 Å
Rg（电子密度）	33.66 Å
总 Rg	34.16 Å
原子数	6733
残基数	845
排除体积	119940 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8jr3__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`8jr3__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glycoprotein G
分子量 formula_weight	46807.1 kDa
突变 mutation	S586N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F
原子数 atom_count	13414

ICLQKTTSTILKPRLISYTLPINTREGVCITDPLLAVDNGFFAYSHLEKIGSCTRGIAKQRIIGVGEVLDRGDKVPSMFMTNVWTPPNPSTIHHCSSTYHEDFYYTLCAVSHVGDPILNSTSWTESLSLIRLAVRPKSDSGDYNQKYIAITKVERGKYDKVMPYGPSGIKQGDTLYFPAVGFLPRTEFQYNDSNCPIIHCKYSKAENCRLSMGVNSKSHYILRSGLLKYNLSLGGDIILQFIEIADNRLTIGSPSKIYNSLGQPVFYQASYSWDTMIKLGDVDTVDPLRVQWRNNSVISRPGQSQCPRFNVCPEVCWEGTYNDAFLIDRLNWVSAGVYLNSNQTAENPVFAVFKDNEILYQVPLAEDDTNAQKTITDCFLLENVIWCISLVEIYDTGDNVIRPKLFAVKIPAQCSE

来源 Source

来源生物 organism	Hendra virus (isolate Horse/Autralia/Hendra/1994)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	928303
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Heavy chain of neutralizing antibody 14F8
分子量 formula_weight	23066.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

QVQLKESGPGLVAPSQSLSITCTVSGFSLTSYDISWIRQPPGKGLEWLGVIWTGGVTNYNSAFLSRLSISKDNSKSQVFLKMNSLQTDDTAIYYCVREGDWFFDVWGAGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Light chain of neutralizing antibody 14F8
分子量 formula_weight	23287.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,C

DVLMTQTPLSLPVSLGDQASISCRSSQSIVHSNGNTYLEWYLQKPGQSPQLLIYKVSNRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKINRVEAEDLGLYYCFQASHVPYTFGGGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKLYACEVTHQGLSSPVTK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 branched

描述 description	;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	732.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	110.843 Å
晶胞边长 b length_b	257.014 Å
晶胞边长 c length_c	193.518 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.220 Å
最低分辨率 resolution_low	37.790 Å
R 因子 r_factor	0.2167
R_work r_work	0.2155
R_free r_free	0.2413

Crystal structure of Hendra Virus attachment(G) glycoprotein mutant S586N in complex with neutralizing antibody 14F8

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycoprotein G

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8jr3__assembly_1__model_1

8jr3__assembly_1__model_1 | I(q)

8jr3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 branched

实体 8 Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Hendra Virus attachment(G) glycoprotein mutant S586N in complex with neutralizing antibody 14F8

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycoprotein G

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8jr3__assembly_1__model_1

8jr3__assembly_1__model_1 | I(q)

8jr3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 branched

实体 8 Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)