8k3c

Nipah virus Attachment glycoprotein with 41-6 antibody fragment

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 159.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8k3c
沉积日期 deposition_date	2023-07-15
结构标题 title	Nipah virus Attachment glycoprotein with 41-6 antibody fragment
关键词 keywords	Nipah virus, Attachment glycoprotein, tetramer complex, Neutralizing antibody, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.19 Å
零角强度 I(0) i0	354424000.00
分子量 molecular_weight	153780.0 kDa
排除体积 excluded_volume	192230 Å³
包络体积 envelope_volume	254570 Å³
水化壳体积 shell_volume	51025 Å³
包络直径 envelope_diameter	172.6 Å
壳层 Rg shell_rg	45.10 Å
包络 Rg envelope_rg	44.19 Å
形状 Rg shape_rg	43.13 Å
总 Rg total_rg	43.47 Å
总原子数 total_atoms	10813
残基数 n_residues	1395
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	159.8 Å
Rg (实空间) rg_real	43.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.82 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5440e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.5100e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	354300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8128
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	39.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.519
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.251
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	46360000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.660; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.657; Smooth: 0.925

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Light chain of 41-6 Fab fragment
分子量 formula_weight	22844.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D
原子数 atom_count	10813

QSVVTQPPSVSAAPGQKVTISCSGSSSNIGTNHLSWYQQVPGTAPKLLIYDNNKRPSGIPDRFSGSKSGTSASLAISGLQSEDEADYYCATWDDSLHAWVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Heavy chain of 41-6 Fab fragments
分子量 formula_weight	25312.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

EVQLVQSGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTVSSNYMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDREDIVVVPAPRGYYYYYYMDVWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Glycoprotein G
分子量 formula_weight	52941.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

ISQSTASINENVNEKCKFTLPPLKIHECNISCPNPLPFREYRPQTEGVSNLVGLPNNICLQKTSNQILKPKLISYTLPVVGQSGTCITDPLLAMDEGYFAYSHLERIGSCSRGVSKQRIIGVGEVLDRGDEVPSLFMTNVWTPPNPNTVYHCSAVYNNEFYYVLCAVSTVGDPILNSTYWSGSLMMTRLAVKPKSNGGGYNQHQLALRSIEKGRYDKVMPYGPSGIKQGDTLYFPAVGFLVRTEFKYNDSNCPITKCQYSKPENCRLSMGIRPNSHYILRSGLLKYNLSDGENPKVVFIEISDQRLSIGSPSKIYDSLGQPVFYQASFSWDTMIKFGDVLTVNPLVVNWRNNTVISRPGQSQCPRFNTCPEICWEGVYNDAFLIDRINWISAGVFLDSNQTAENPVFTVFKDNEILYRAQLASEDTNAQKTITNCFLLKNKIWCISLVEIYDTGDNVIRPKLFAVKIPEQC

来源 Source

来源生物 organism	Henipavirus nipahense
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3052225
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.88 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	299497

fit	/app/data/saxs_computation/k3/8k3c/8k3c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k3/8k3c/8k3c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k3/8k3c/8k3c.dat

Nipah virus Attachment glycoprotein with 41-6 antibody fragment

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)