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8ka2

Crystal structure of the RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) from Vibrio vulnificus

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 115.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RDTND-RID CBD

Vibrio vulnificus

UniProt A0A2S3R7M0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1959–2374 片段：MARTX toxin DUF1-RIDcbd region 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；22% (w/v) PEG 3350 and 4% (v/v) Tacsimate (pH 6.0) 分辨率 3.38 Å R-free 0.322
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1959–2374 片段：MARTX toxin DUF1-RIDcbd region 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；22% (w/v) PEG 3350 and 4% (v/v) Tacsimate (pH 6.0) 分辨率 3.38 Å R-free 0.322

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8KA2 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8K9Z Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-bound calmodulin 提交 2023-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1967–2371（405 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；17% (w/v) PEG 3350 and 0.18 M magnesium acetate
分辨率 2.90 Å R-free 0.304
8K9Z Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-bound calmodulin 提交 2023-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1967–2371（405 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；17% (w/v) PEG 3350 and 0.18 M magnesium acetate
分辨率 2.90 Å R-free 0.304
8KA0 Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-bound calmodulin and a nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+) 提交 2023-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1959–2374（416 aa） 片段：DUF1-RIDcbd (residues, 1959-2374)
突变：E2186Q NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 32.5% (w/v) PEG 4000 and 0.15 M sodium acetate. 10 mM NAD+ soaking
分辨率 2.35 Å R-free 0.263
8KA0 Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-bound calmodulin and a nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+) 提交 2023-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1959–2374（416 aa） 片段：DUF1-RIDcbd (residues, 1959-2374)
突变：E2186Q NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 32.5% (w/v) PEG 4000 and 0.15 M sodium acetate. 10 mM NAD+ soaking
分辨率 2.35 Å R-free 0.263
8KA0 Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-bound calmodulin and a nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+) 提交 2023-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1959–2374（416 aa） 片段：DUF1-RIDcbd (residues, 1959-2374)
突变：E2186Q NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 32.5% (w/v) PEG 4000 and 0.15 M sodium acetate. 10 mM NAD+ soaking
分辨率 2.35 Å R-free 0.263
8KA0 Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-bound calmodulin and a nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+) 提交 2023-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1959–2374（416 aa） 片段：DUF1-RIDcbd (residues, 1959-2374)
突变：E2186Q NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 32.5% (w/v) PEG 4000 and 0.15 M sodium acetate. 10 mM NAD+ soaking
分辨率 2.35 Å R-free 0.263
8KA1 Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-free calmodulin 提交 2023-08-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1959–2374（416 aa） 片段：MARTX toxin DUF1-RIDcbd region
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES-NaOH (pH 7.5), 0.28 M MgCl2, and 6 mM MnCl2
分辨率 2.82 Å R-free 0.342
8KA1 Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-free calmodulin 提交 2023-08-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1959–2374（416 aa） 片段：MARTX toxin DUF1-RIDcbd region
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES-NaOH (pH 7.5), 0.28 M MgCl2, and 6 mM MnCl2
分辨率 2.82 Å R-free 0.342
8KA1 Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-free calmodulin 提交 2023-08-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1959–2374（416 aa） 片段：MARTX toxin DUF1-RIDcbd region
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES-NaOH (pH 7.5), 0.28 M MgCl2, and 6 mM MnCl2
分辨率 2.82 Å R-free 0.342
8KA1 Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-free calmodulin 提交 2023-08-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1959–2374（416 aa） 片段：MARTX toxin DUF1-RIDcbd region
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES-NaOH (pH 7.5), 0.28 M MgCl2, and 6 mM MnCl2
分辨率 2.82 Å R-free 0.342

共 3 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MARTX_VIBVL
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–419； UniProt 1959–2374 作者链 B； PDB构建体 4–419； UniProt 1959–2374

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8ka2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8ka2
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8ka2
沉积日期 deposition_date2023-08-02
结构标题 titleCrystal structure of the RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) from Vibrio vulnificus
关键词 keywordsMARTX toxin, RDTND-RID, NADase, TOXIN; TOXIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.31 Å
零角强度 I(0) i0114027000.00
分子量 molecular_weight83188.0 kDa
排除体积 excluded_volume103230 ų
包络体积 envelope_volume138300 ų
水化壳体积 shell_volume36783 ų
包络直径 envelope_diameter123.0 Å
壳层 Rg shell_rg37.97 Å
包络 Rg envelope_rg32.33 Å
形状 Rg shape_rg32.31 Å
总 Rg total_rg32.78 Å
总原子数 total_atoms5848
残基数 n_residues719
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax115.4 Å
Rg (实空间) rg_real32.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.10 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1400e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0210e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal114000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8656
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary38.5 Å
偏度 Skewness skewness0.426
峰度 Kurtosis kurtosis-0.228
角度范围 angular_range— – 0.2400 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha26970000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.792; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.910; Smooth: 0.961
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)