SAXSdb — 8khu

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein

Hepatitis B virus adw/991

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 7	ISOPROPYL ALCOHOL × 7 ;(6~{S},7~{R})-6,7-dimethyl-3-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)-~{N}-[3,4,5-tris(fluoranyl)phenyl]-6,7-dihydro-4~{H}-pyrazolo[1,5-a]pyrazine-5-carboxamide ; × 6 GLYCEROL × 1 water × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAPSD_HBVD1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 B； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 C； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 D； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 E； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 F； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 G； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8khu
沉积日期 deposition_date	2023-08-22
结构标题 title	Hepatitis B virus core protein Y132A mutant in complex with THPP derivatives 48
关键词 keywords	HBV capsid assembly mudulator, ANTIVIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8khu__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8khu__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8khu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.38 Å
Rg（电子密度）	33.52 Å
总 Rg	34.11 Å
原子数	7213
残基数	882
排除体积	129130 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8khu__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein
分子量 formula_weight	17486.9 kDa
突变 mutation	Y132A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G
原子数 atom_count	7565

MDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTAAALYRDALESPEHCSPHHTALRQAILCWGDLMTLATWVGTNLEDPASRDLVVSYVNTNVGLKFRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAARPPNAPILSTLPETTVVENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Hepatitis B virus adw/991
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10410
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ISOPROPYL ALCOHOL
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;(6~{S},7~{R})-6,7-dimethyl-3-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)-~{N}-[3,4,5-tris(fluoranyl)phenyl]-6,7-dihydro-4~{H}-pyrazolo[1,5-a]pyrazine-5-carboxamide ;
分子量 formula_weight	407.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	301

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晶胞边长 a length_a	66.207 Å
晶胞边长 b length_b	65.983 Å
晶胞边长 c length_c	86.412 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	68.62 °
晶胞夹角 β angle_beta	68.42 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	83.33 °
晶胞分子数 Z z_pdb	7

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	43.040 Å
R 因子 r_factor	0.1800
R_work r_work	0.1792
R_free r_free	0.2131

Hepatitis B virus core protein Y132A mutant in complex with THPP derivatives 48

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8khu__assembly_1__model_1

8khu__assembly_1__model_1 | I(q)

8khu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

Hepatitis B virus core protein Y132A mutant in complex with THPP derivatives 48

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8khu__assembly_1__model_1

8khu__assembly_1__model_1 | I(q)

8khu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)