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8oj4

Structure of the MlaCD complex (1:6 stoichiometry)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 108.8 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaC

Escherichia coli

UniProt P0ADV7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白拷贝数一致 链 H； UniProt 1–211 未记录 Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD × 6 （P64604） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.35 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8OJ4 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5UWA Structure of E. coli phospholipid binding protein MlaC 提交 2017-02-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–211（190 aa）
未记录 8ND (2S)-3-(2-aminoethoxy)propane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M citric acid pH 3.5 and 1.6 M ammonium sulfate
分辨率 1.50 Å R-free 0.168
5UWA Structure of E. coli phospholipid binding protein MlaC 提交 2017-02-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 22–211（190 aa）
未记录 8ND (2S)-3-(2-aminoethoxy)propane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M citric acid pH 3.5 and 1.6 M ammonium sulfate
分辨率 1.50 Å R-free 0.168
6GKI Structure of E coli MlaC in Variously Loaded States 提交 2018-05-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–211（190 aa）
未记录 BR BROMIDE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；289 K；seed grown in (0.1M Na Cacodylate pH 6.5, 2M ammonium sulphate, 0.2M NaCl) seed transferred to drop of (0.09M NaF/Br/I, 0.1M Tris/bicine pH 8.5, 20% glycerol, 10% PEG 4000)
分辨率 2.23 Å R-free 0.236
6GKI Structure of E coli MlaC in Variously Loaded States 提交 2018-05-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 22–211（190 aa）
未记录 BR BROMIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；289 K；seed grown in (0.1M Na Cacodylate pH 6.5, 2M ammonium sulphate, 0.2M NaCl) seed transferred to drop of (0.09M NaF/Br/I, 0.1M Tris/bicine pH 8.5, 20% glycerol, 10% PEG 4000)
分辨率 2.23 Å R-free 0.236
7VR6 Crystal structure of MlaC from Escherichia coli in quasi-open state 提交 2021-10-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–211（190 aa）
未记录 PEF DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.7 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.0
分辨率 2.50 Å R-free 0.217
8I8X Cryo-EM Structure of OmpC3-MlaA-MlaC Complex in MSP2N2 Nanodiscs 提交 2023-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 F 21–211（191 aa）
突变：V171C KDL (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[(2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-carboxy-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(3~{R})-3-dodecanoyloxytetradecanoyl]amino]-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-3-oxidanyl-5-[[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]amino]-4-[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-3-phosphonooxy-4-[(3~{R})-3-tetradecanoyloxytetradecanoyl]oxy-oxan-2-yl]methoxy]-5-oxidanyl-oxan-4-yl]oxy-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；Tris-buffered saline (TBS) buffer (20 mM Tris HCl pH 8.0, 150 mM NaCl)
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.25 Å
8OJG Structure of the MlaCD complex (2:6 stoichiometry) 提交 2023-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 G 1–211（211 aa）
链 H 1–211（211 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.38 Å

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MLAC_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 H； PDB构建体 1–211； UniProt 1–211

Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD

Escherichia coli

UniProt P64604

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–183 链 B； UniProt 1–183 链 C； UniProt 1–183 链 D； UniProt 1–183 链 E； UniProt 1–183 链 F； UniProt 1–183 未记录 Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaC × 1 （P0ADV7） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.35 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8OJ4 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8HPZ Crystal structure of the MlaD domain of the MlaD protein from Escherichia coli (Form I) 提交 2022-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 29–183（155 aa）
链 B 29–183（155 aa）
链 C 29–183（155 aa）
未记录 CO2 CARBON DIOXIDE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 5；293 K；1.8 M sodium phosphate monobasic monohydrate, potassium phosphate dibasic pH 5.0
分辨率 2.30 Å R-free 0.273
8HQ9 Crystal structure of the MlaD domain of the MlaD protein from Escherichia coli (Form II) 提交 2022-12-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 29–183（155 aa）
链 B 29–183（155 aa）
链 C 29–183（155 aa）
链 D 29–183（155 aa）
链 E 29–183（155 aa）
链 F 29–183（155 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 CO2 CARBON DIOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 5；293 K；0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihyrate pH 5.0, 10% (w/v) PEG 20000
分辨率 2.70 Å R-free 0.261
8HQA Crystal structure of the ectodomain of the MlaD protein from Escherichia coli in the resting state 提交 2022-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 29–183（155 aa）
链 B 29–183（155 aa）
链 C 29–183（155 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 8.5；293 K；0.01 M nickel(II) chloride hexahydrate, 0.1 M tris pH 8.5, 20% (w/v) PEG monoethyl ether 2000
分辨率 3.20 Å R-free 0.275
8OJG Structure of the MlaCD complex (2:6 stoichiometry) 提交 2023-03-24 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–183（183 aa）
链 B 1–183（183 aa）
链 C 1–183（183 aa）
链 D 1–183（183 aa）
链 E 1–183（183 aa）
链 F 1–183（183 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.38 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MLAD_ECOLI
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–183； UniProt 1–183 作者链 B； PDB构建体 1–183； UniProt 1–183 作者链 C； PDB构建体 1–183； UniProt 1–183 作者链 D； PDB构建体 1–183； UniProt 1–183 作者链 E； PDB构建体 1–183； UniProt 1–183 作者链 F； PDB构建体 1–183； UniProt 1–183

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8oj4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8oj4
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8oj4
沉积日期 deposition_date2023-03-23
结构标题 titleStructure of the MlaCD complex (1:6 stoichiometry)
关键词 keywordsOuter membrane; gram-negative bacteria; lipid transfer; antibiotic resistance, LIPID BINDING PROTEIN; LIPID BINDING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron34.92 Å
零角强度 I(0) i0147329000.00
分子量 molecular_weight98469.0 kDa
排除体积 excluded_volume124340 ų
包络体积 envelope_volume196760 ų
水化壳体积 shell_volume47330 ų
包络直径 envelope_diameter107.1 Å
壳层 Rg shell_rg41.45 Å
包络 Rg envelope_rg33.69 Å
形状 Rg shape_rg34.95 Å
总 Rg total_rg35.42 Å
总原子数 total_atoms6949
残基数 n_residues894
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax108.8 Å
Rg (实空间) rg_real35.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real1.4730e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1500e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal147300000.0000
解质量估计 total_estimate0.9126
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary49.5 Å
偏度 Skewness skewness0.064
峰度 Kurtosis kurtosis-0.717
角度范围 angular_range— – 0.2200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha40320000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.974; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.945
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)