8otl

;structure of InhA from Mycobacterium tuberculosis in complex with 5-(((4-(2-hydroxyphenoxy)benzyl)(octyl)amino)methyl)-2-phenoxyphenol ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 126.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8otl
沉积日期 deposition_date	2023-04-21
最后修订 last_revision	2024-01-24
结构标题 title	;structure of InhA from Mycobacterium tuberculosis in complex with 5-(((4-(2-hydroxyphenoxy)benzyl)(octyl)amino)methyl)-2-phenoxyphenol ;
关键词 keywords	enoyl-ACP-reductase type II fatty acid synthase mycolic acids tuberculosis therapeutic target, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.33 Å
零角强度 I(0) i0	433799000.00
分子量 molecular_weight	169570.0 kDa
排除体积 excluded_volume	211990 Å³
包络体积 envelope_volume	264250 Å³
水化壳体积 shell_volume	56992 Å³
包络直径 envelope_diameter	130.9 Å
壳层 Rg shell_rg	44.60 Å
包络 Rg envelope_rg	38.36 Å
形状 Rg shape_rg	38.35 Å
总 Rg total_rg	38.61 Å
总原子数 total_atoms	11915
残基数 n_residues	1597
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	126.6 Å
Rg (实空间) rg_real	38.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.3380e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.8120e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	433800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8891
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.317
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.552
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	157400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.896; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.875

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
分子量 formula_weight	28837.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.1.9
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	12589

GSHMTGLLDGKRILVSGIITDSSIAFHIARVAQEQGAQLVLTGFDRLRLIQRITDRLPAKAPLLELDVQNEEHLASLAGRVTEAIGAGNKLDGVVHSIGFMPQTGMGINPFFDAPYADVSKGIHISAYSYASMAKALLPIMNPGGSIVGMDFDPSRAMPAYNWMTVAKSALESVNRFVAREAGKYGVRSNLVAAGPIRTLAMSAIVGGALGEEAGAQIQLLEEGWDQRAPIGWNMKDATPVAKTVCALLSDWLPATTGDIIYADGGAHTQLL

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	5-[[octyl-[[4-(2-oxidanylphenoxy)phenyl]methyl]amino]methyl]-2-phenoxy-phenol
分子量 formula_weight	525.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	496

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	80.850 Å
晶胞边长 b length_b	100.875 Å
晶胞边长 c length_c	376.071 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.108 Å
最低分辨率 resolution_low	30.650 Å
R 因子 r_factor	0.2018
R_work r_work	0.1998
R_free r_free	0.2373

fit	/app/data/saxs_computation/ot/8otl/8otl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ot/8otl/8otl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ot/8otl/8otl.dat