SAXSdb — 8ov5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peridinin-chlorophyll a-binding protein 1, chloroplastic

Amphidinium carterae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	CHLOROPHYLL A × 6 PERIDININ × 24 ;[(2~{S})-3-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-[[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxymethyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-2-[(6~{Z},9~{Z},12~{Z},15~{Z})-octadeca-6,9,12,15-tetraenoyl]oxy-propyl] (5~{Z},8~{Z},11~{Z},14~{Z},17~{Z})-icosa-5,8,11,14,17-pentaenoate ; × 6 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PCP1_AMPCA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–312； UniProt 58–369 作者链 N； PDB构建体 1–312； UniProt 58–369 作者链 O； PDB构建体 1–312； UniProt 58–369

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ov5
沉积日期 deposition_date	2023-04-25
结构标题 title	PERIDININ-CHLOROPHYLL-PROTEIN OF AMPHIDINIUM CARTERAE, 100K
关键词 keywords	Light Harvesting, Carotenoid, Chlorophyll, Lipid, Dinoflagellates, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8ov5__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8ov5__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8ov5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.98 Å
Rg（电子密度）	33.34 Å
总 Rg	34.07 Å
原子数	17793
残基数	936
排除体积	162600 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8ov5__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Peridinin-chlorophyll a-binding protein 1, chloroplastic
分子量 formula_weight	32521.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O
原子数 atom_count	20859

DEIGDAAKKLGDASYAFAKEVDWNNGIFLQAPGKLQPLEALKAIDKMIVMGAAADPKLLKAAAEAHHKAIGSVSGPNGVTSRADWDNVNAALGRVIASVPENMVMDVYDSVSKITDPKVPAYMKSLVNGADAEKAYEGFLAFKDVVKKSQVTSAAGPATVPSGDKIGVAAQQLSEASYPFLKEIDWLSDVYMKPLPGVSAQQSLKAIDKMIVMGAQADGNALKAAAEAHHKAIGSIDATGVTSAADYAAVNAALGRVIASVPKSTVMDVYNAMAGVTDTSIPLNMFSKVNPLDANAAAKAFYTFKDVVQAAQ

来源 Source

来源生物 organism	Amphidinium carterae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2961
宿主生物 host_organism	Amphidinium carterae

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PERIDININ
分子量 formula_weight	630.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;[(2~{S})-3-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-[[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxymethyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-2-[(6~{Z},9~{Z},12~{Z},15~{Z})-octadeca-6,9,12,15-tetraenoyl]oxy-propyl] (5~{Z},8~{Z},11~{Z},14~{Z},17~{Z})-icosa-5,8,11,14,17-pentaenoate ;
分子量 formula_weight	959.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1792

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晶胞边长 a length_a	197.140 Å
晶胞边长 b length_b	115.610 Å
晶胞边长 c length_c	65.880 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.97 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.150 Å
最低分辨率 resolution_low	43.380 Å
R 因子 r_factor	0.1414
R_work r_work	0.1407
R_free r_free	0.1547

PERIDININ-CHLOROPHYLL-PROTEIN OF AMPHIDINIUM CARTERAE, 100K

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peridinin-chlorophyll a-binding protein 1, chloroplastic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8ov5__assembly_1__model_1

8ov5__assembly_1__model_1 | I(q)

8ov5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

PERIDININ-CHLOROPHYLL-PROTEIN OF AMPHIDINIUM CARTERAE, 100K

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peridinin-chlorophyll a-binding protein 1, chloroplastic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8ov5__assembly_1__model_1

8ov5__assembly_1__model_1 | I(q)

8ov5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)