8ox6

Cryo-EM structure of ATP8B1-CDC50A in E1P conformation

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phospholipid-transporting ATPase IC

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	Cell cycle control protein 50A × 1 （Q9NV96） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MAGNESIUM ION × 1 TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AT8B1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1185； UniProt 1–1185

Cell cycle control protein 50A

Homo sapiens

UniProt Q9NV96

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	Phospholipid-transporting ATPase IC × 1 （O43520） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MAGNESIUM ION × 1 TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CC50A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–365； UniProt 1–361

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ox6
沉积日期 deposition_date	2023-05-01
结构标题 title	Cryo-EM structure of ATP8B1-CDC50A in E1P conformation
关键词 keywords	lipid transporter autoinhibition P-type ATPase P4-ATPase CDC50A, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8ox6__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8ox6__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8ox6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.95 Å
Rg（电子密度）	34.17 Å
总 Rg	34.83 Å
原子数	7358
残基数	903
排除体积	133000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8ox6__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phospholipid-transporting ATPase IC
分子量 formula_weight	136283.5 kDa
EC 编号 ec_number	7.6.2.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7359

MSTERDSETTFDEDSQPNDEVVPYSDDETEDELDDQGSAVEPEQNRVNREAEENREPFRKECTWQVKANDRKYHEQPHFMNTKFLCIKESKYANNAIKTYKYNAFTFIPMNLFEQFKRAANLYFLALLILQAVPQISTLAWYTTLVPLLVVLGVTAIKDLVDDVARHKMDKEINNRTCEVIKDGRFKVAKWKEIQVGDVIRLKKNDFVPADILLLSSSEPNSLCYVETAELDGETNLKFKMSLEITDQYLQREDTLATFDGFIECEEPNNRLDKFTGTLFWRNTSFPLDADKILLRGCVIRNTDFCHGLVIFAGADTKIMKNSGKTRFKRTKIDYLMNYMVYTIFVVLILLSAGLAIGHAYWEAQVGNSSWYLYDGEDDTPSYRGFLIFWGYIIVLNTMVPISLYVSVEVIRLGQSHFINWDLQMYYAEKDTPAKARTTTLNEQLGQIHYIFSDKTGTLTQNIMTFKKCCINGQIYGDHRDASQHNHNKIEQVDFSWNTYADGKLAFYDHYLIEQIQSGKEPEVRQFFFLLAVCHTVMVDRTDGQLNYQAASPDEGALVNAARNFGFAFLARTQNTITISELGTERTYNVLAILDFNSDRKRMSIIVRTPEGNIKLYCKGADTVIYERLHRMNPTKQETQDALDIFANETLRTLCLCYKEIEEKEFTEWNKKFMAASVASTNRDEALDKVYEEIEKDLILLGATAIEDKLQDGVPETISKLAKADIKIWVLTGDKKETAENIGFACELLTEDTTICYGEDINSLLHARMENQRNRGGVYAKFAPPVQESFFPPGGNRALIITGSWLNEILLEKKTKRNKILKLKFPRTEEERRMRTQSKRRLEAKKEQRQKNFVDLACECSAVICCRVTPKQKAMVVDLVKRYKKAITLAIGDGANDVNMIKTAHIGVGISGQEGMQAVMSSDYSFAQFRYLQRLLLVHGRWSYIRMCKFLRYFFYKNFAFTLVHFWYSFFNGYSAQTAYEDWFITLYNVLYTSLPVLLMGLLDQDVSDKLSLRFPGLYIVGQRDLLFNYKRFFVSLLHGVLTSMILFFIPLGAYLQTVGQDGEAPSDYQSFAVTIASALVITVNFQIGLDTSYWTFVNAFSIFGSIALYFGIMFDFHSAGIHVLFPSAFQFTGTASNALRQPYIWLTIILTVAVCLLPVVAIRFLSMTIWPSESDKIQKHRKRL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cell cycle control protein 50A
分子量 formula_weight	41086.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MLGGMAMNYNAKDEVDGGPPCAPGGTAKTRRPDNTAFKQQRLPAWQPILTAGTVLPIFFIIGLIFIPIGIGIFVTSNNIREIEIDYTGTEPSSPCNKCLSPDVTPCFCTINFTLEKSFEGNVFMYYGLSNFYQNHRRYVKSRDDSQLNGDSSALLNPSKECEPYRRNEDKPIAPCGAIANSMFNDTLELFLIGNDSYPIPIALKKKGIAWWTDKNVKFRNPPGGDNLEERFKGTTKPVNWLKPVYMLDSDPDNNGFINEDFIVWMRTAALPTFRKLYRLIERKSDLHPTLPAGRYSLNVTYNYPVHYFDGRKRMILSTISWMGGKNPFLGIAYIAVGSISFLLGVVLLVINHKYRNSSNTADITI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	TETRAFLUOROALUMINATE ION
分子量 formula_weight	103.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.39 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	813354

Cryo-EM structure of ATP8B1-CDC50A in E1P conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phospholipid-transporting ATPase IC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cell cycle control protein 50A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8ox6__assembly_1__model_1

8ox6__assembly_1__model_1 | I(q)

8ox6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of ATP8B1-CDC50A in E1P conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phospholipid-transporting ATPase IC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cell cycle control protein 50A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8ox6__assembly_1__model_1

8ox6__assembly_1__model_1 | I(q)

8ox6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)