SAXSdb — 8p1q

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 149–458 链 A； UniProt 529–707 链 B； UniProt 149–458 链 B； UniProt 529–707	未记录	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 WFT 3-azanyl-N-[(2S)-6-[(1S,5R)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-2-yl]-6-methyl-thieno[2,3-b]pyridine-2-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.5 M Na-malonate, pH6.0 0.1M Na-citrate, pH 5.0	分辨率 2.79 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8P1Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2LVA NMR solution structure of the N-terminal domain of human USP28, Northeast structural genomics consortium target HT8470A 提交 2012-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–132（111 aa）片段：UIM domain residues 22-132	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）450；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] protein, 10 mM mops, 450 mM sodium chloride, 10 uM ZnSO4, 1 mM DTT, 0.01 % NaN3, 1 mM benzamidine, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2MUU The Proteolytic Activity of Ubiquitin-specific Protease 28 Is Modulated by the N-terminal Domain 提交 2014-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）片段：N-terminal Domain (UNP residues 1-120)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298.2 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 1 NMR样品组成 10 % D20, 90 % H20, 0.8-1.0 mM [U-15N] USP, 20 mM Na2HPO4/NaH2PO4, 100 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.02 % NaNH3, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 10 % D20, 90 % H20, 0.8-1.0 mM [U-15N; U-13C] USP, 20 mM Na2HPO4/NaH2PO4, 100 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.02 % NaNH3, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 100 % D20, 0.8-1.0 mM [U-15N; U-13C] USP, 20 mM Na2HPO4/NaH2PO4, 100 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.02 % NaNH3, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6H4H Usp28 catalytic domain variant E593D in complex with UbPA 提交 2018-07-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 149–707（559 aa）链 B 149–707（559 aa）	突变：E593D 突变：E593D	SO4 SULFATE ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；273 K；0.1 M Citrate pH 5.0 0.8 M Ammonium Sulfate	分辨率 3.50 Å R-free 0.280
6H4I Usp28 catalytic domain apo 提交 2018-07-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 148–707（560 aa）链 C 148–707（560 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1 M citric acid pH 5.0 0.8 M Ammonium Sulfate	分辨率 3.22 Å R-free 0.196
6HEH Structure of the catalytic domain of USP28 (insertion deleted) 提交 2018-08-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 149–399（251 aa）链 A 580–703（124 aa）	突变：;residues 400-579 replaced by GSGSGS,residues 400-579 replaced by GSGSGS,residues 400-579 replaced by GSGSGS,residues 400-579 replaced by GSGSGS ; 突变：;residues 400-579 replaced by GSGSGS,residues 400-579 replaced by GSGSGS,residues 400-579 replaced by GSGSGS,residues 400-579 replaced by GSGSGS ;	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；291 K；12% (w/v) PEG 8000, 100 mM sodium chloride, 200 mM lithium sulfate, 100 mM MES pH 6.6	分辨率 2.26 Å R-free 0.216
6HEI Structure of the catalytic domain of USP28 (insertion deleted) bound to Ubiquitin-PA 提交 2018-08-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 149–399（251 aa）链 A 580–703（124 aa）	突变：;residues 400-579 replaced by GSGSGS,residues 400-579 replaced by GSGSGS,residues 400-579 replaced by GSGSGS,residues 400-579 replaced by GSGSGS ; 突变：;residues 400-579 replaced by GSGSGS,residues 400-579 replaced by GSGSGS,residues 400-579 replaced by GSGSGS,residues 400-579 replaced by GSGSGS ;	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；22% (w/v) PEG 3350, 300 mM potassium sodium tartrate	分辨率 1.64 Å R-free 0.214
6HEJ Structure of human USP28 提交 2018-08-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 149–703（555 aa）链 B 149–703（555 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；0.8 M ammonium sulfate, 100 mM sodium citrate pH 5.5	分辨率 2.79 Å R-free 0.286
6HEK Structure of human USP28 bound to Ubiquitin-PA 提交 2018-08-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 149–703（555 aa）链 C 149–703（555 aa）	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；291 K；8% (w/v) PEG 3350, 200 mM ammonium acetate and 100 mM sodium citrate pH 5.4	分辨率 3.03 Å R-free 0.237
7TUO Crystal structure analysis of human USP28 complex with a compound 提交 2022-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 149–399（251 aa）链 A 580–703（124 aa）	未记录	KL9 7-amino-N-(2-{4-[(1R,3s,5S)-8-azabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]phenyl}ethyl)-3-methylthieno[2,3-b]pyrazine-6-carboxamide × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.4M Sodium maleic acid, pH 8.0	分辨率 1.96 Å R-free 0.203
8HJE Vismodegib binds to the catalytical domain of human Ubiquitin-Specific Protease 28 提交 2022-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 150–399（250 aa）链 A 580–703（124 aa）	未记录	VIS 2-chloranyl-~{N}-(4-chloranyl-3-pyridin-2-yl-phenyl)-4-methylsulfonyl-benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；291 K；0.1 M Bis-tris propane pH 6.4, 0.2 M potassium thiocyanate, 20% PEG3350 and 3% sucrose	分辨率 2.85 Å R-free 0.254
8P14 USP28 USP domain in complex with Vismodegib 提交 2023-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 149–399（251 aa）链 A 580–698（119 aa）	未记录	VIS 2-chloranyl-~{N}-(4-chloranyl-3-pyridin-2-yl-phenyl)-4-methylsulfonyl-benzamide × 1 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.05 M NaCl 0.1 M Li2SO4 0.1 M MES pH 6.4 14% PEG4000	分辨率 2.57 Å R-free 0.218
8P19 USP28 USP domain apo 提交 2023-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 149–399（251 aa）链 A 580–698（119 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.05M NaCl 0.1M Li2SO4 0.1M MES pH 6.4 14% PEG4000	分辨率 2.45 Å R-free 0.222
8P1P USP28 in complex with AZ1 提交 2023-05-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 149–458（310 aa）链 A 529–707（179 aa）链 B 149–458（310 aa）链 B 529–707（179 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 WF0 2-[[5-bromanyl-2-[[4-fluoranyl-3-(trifluoromethyl)phenyl]methoxy]phenyl]methylamino]ethanol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.5 M sodium malonate pH 6.0 0.1 M sodium citrate pH 5.0	分辨率 2.76 Å R-free 0.241
9SUU USP28 USP domain in complex with T-10531 提交 2025-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 149–399（251 aa）链 A 580–698（119 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 A1JQP ~{N}-[3-[[4-bromanyl-5-fluoranyl-2-[[(3~{S})-3-oxidanylpyrrolidin-1-yl]methyl]phenoxy]methyl]-2,4,5-tris(fluoranyl)phenyl]-2-chloranyl-4-methylsulfonyl-benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；293 K；0.05 M sodium chloride, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M MES pH 6.4, 14 % PEG6000	分辨率 2.75 Å R-free 0.245

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBP28_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–311； UniProt 149–458 作者链 A； PDB构建体 316–494； UniProt 529–707 作者链 B； PDB构建体 2–311； UniProt 149–458 作者链 B； PDB构建体 316–494； UniProt 529–707

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8p1q
沉积日期 deposition_date	2023-05-12
结构标题 title	USP28 in complex with FT206
关键词 keywords	USP28, DUB, Ubiquitin, cancer, ONCOPROTEIN; ONCOPROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.95 Å
零角强度 I(0) i0	140822000.00
分子量 molecular_weight	95079.0 kDa
排除体积 excluded_volume	118970 Å³
包络体积 envelope_volume	169630 Å³
水化壳体积 shell_volume	42128 Å³
包络直径 envelope_diameter	118.0 Å
壳层 Rg shell_rg	39.72 Å
包络 Rg envelope_rg	34.25 Å
形状 Rg shape_rg	33.94 Å
总 Rg total_rg	34.48 Å
总原子数 total_atoms	6706
残基数 n_residues	844
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.3 Å
Rg (实空间) rg_real	34.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4080e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0920e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	140800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7006
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.227
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.502
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.960; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.122; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.857

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28
分子量 formula_weight	57883.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6782

GPNPNDWRRVDGWPVGLKNVGNTCWFSAVIQSLFQLPEFRRLVLSYSLPQNVLENCRSHTEKRNIMFMQELQYLFALMMGSNRKFVDPSAALDLLKGAFRSSEEQQQDVSEFTHKLLDWLEDAFQLAVNVNSPRNKSENPMVQLFYGTFLTEGVREGKPFCNNETFGQYPLQVNGYRNLDECLEGAMVEGDVELLPSDHSVKYGQERWFTKLPPVLTFELSRFEFNQSLGQPEKIHNKLEFPQIIYMDRYMYRSKELIRNKRECIRKLKEEIKILQQKLERYVKYGSGPARFPLPDMLKYVIEFASTKPASSGSGAPRTVTDEEINFVKTCLQRWRSEIEQDIQDLKTCIASTTQTIEQMYCDPLLRQVPYRLHAVLVHEGQANAGHYWAYIYNQPRQSWLKYNDISVTESSWEEVERDSYGGLRNVSAYCLMYINDKLPYFNAEAAPTESDQMSEVEALSVELKHYIQEDNWRFEQEVEEWEEEQSCKIPQME

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;3-azanyl-N-[(2S)-6-[(1S,5R)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-2-yl]-6-methyl-thieno[2,3-b]pyridine-2-carboxamide ;
分子量 formula_weight	447.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	55

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	100.444 Å
晶胞边长 b length_b	105.541 Å
晶胞边长 c length_c	178.708 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 2 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.790 Å
最低分辨率 resolution_low	46.090 Å
R 因子 r_factor	0.2132
R_work r_work	0.2124
R_free r_free	0.2355

fit	/app/data/saxs_computation/p1/8p1q/8p1q.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p1/8p1q/8p1q.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p1/8p1q/8p1q.dat

USP28 in complex with FT206

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction