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8p7c

CryoEM structure of METTL6 tRNA SerRS complex in a 2:2:2 stoichiometry

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 178.5 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine--tRNA ligase, cytoplasmic

Homo sapiens

UniProt P49591

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 4 RNA 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物数一致 链 B； UniProt 1–514 链 D； UniProt 1–514 未记录 tRNA N(3)-methylcytidine methyltransferase METTL6 × 2 （Q8TCB7） Serine tRNA × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8P7C Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3VBB Crystal Structure of Seryl-tRNA Synthetase from Human at 2.9 angstroms 提交 2012-01-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–514（514 aa）
链 B 1–514（514 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；20% PEG 3350, 0.2 M tri-sodium citrate pH 7.0, 5mM ATP, 10mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.89 Å R-free 0.250
3VBB Crystal Structure of Seryl-tRNA Synthetase from Human at 2.9 angstroms 提交 2012-01-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–514（514 aa）
链 D 1–514（514 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；20% PEG 3350, 0.2 M tri-sodium citrate pH 7.0, 5mM ATP, 10mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.89 Å R-free 0.250
3VBB Crystal Structure of Seryl-tRNA Synthetase from Human at 2.9 angstroms 提交 2012-01-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–514（514 aa）
链 F 1–514（514 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；20% PEG 3350, 0.2 M tri-sodium citrate pH 7.0, 5mM ATP, 10mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.89 Å R-free 0.250
4L87 Crystal structure of the human seryl-tRNA synthetase in complex with Ser-SA at 2.9 Angstrom resolution 提交 2013-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–477（476 aa） 片段：UNP residues 2-477
未记录 SSA 5'-O-(N-(L-SERYL)-SULFAMOYL)ADENOSINE × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；20% PEG3350, 0.2 M ammonium fluoride or ammonium formate, 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.268
4RQE human Seryl-tRNA synthetase dimer complexed with two molecules of tRNAsec 提交 2014-11-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–514（514 aa）
链 C 1–514（514 aa）
突变：E156T, R157S 突变：E156T, R157S SER SERINE × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；298 K；18%(m/v) PEG3350, 0.1M NaCl, 0.1M Tris-HCl (pH8.0), 0.1M Sodium malonate pH7.0. , VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 4.00 Å R-free 0.322
4RQF human Seryl-tRNA synthetase dimer complexed with one molecule of tRNAsec 提交 2014-11-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 A 1–514（514 aa）
链 B 1–514（514 aa）
突变：E447K 突变：E447K ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 SER SERINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；298 K；18%(m/v) PEG3350, 0.1M NaCl, 0.1M Tris-HCl (pH8.0), 0.1M Sodium malonate pH7.0., VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 3.50 Å R-free 0.314
8P7B CryoEM structure of METTL6 tRNA SerRS complex in a 1:2:2 stoichiometry 提交 2023-05-30 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–514（514 aa）
链 D 1–514（514 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.42 Å
8P7D CryoEM structure of METTL6 tRNA SerRS complex in a 1:1:2 stoichiometry 提交 2023-05-30 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–514（514 aa）
链 D 1–514（514 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
9DPD Cryo-EM structure of SerRS dimer in complex with one SIRT2 提交 2024-09-21 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–514（514 aa）
链 D 1–514（514 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.87 Å
9DPI Cryo-EM structure of SerRS dimer in complex with two SIRT2 提交 2024-09-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–514（514 aa）
链 F 1–514（514 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；in 25mM HEPES-Na pH7.5, 150mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å

共 8 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SYSC_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–514； UniProt 1–514 作者链 D； PDB构建体 1–514； UniProt 1–514

tRNA N(3)-methylcytidine methyltransferase METTL6

Homo sapiens

UniProt Q8TCB7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 4 RNA 2 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 1–284 链 C； UniProt 1–284 未记录 Serine--tRNA ligase, cytoplasmic × 2 （P49591） Serine tRNA × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8P7C Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7EZG The structure of the human METTL6 enzyme in complex with SAH 提交 2021-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–284（284 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；298 K；PEGRX F7?25% PEG1500?0.1M BIS-Tris pH9.0?0.1M NaCl
分辨率 1.90 Å R-free 0.201
7F1E Structure of METTL6 bound with SAM 提交 2021-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–284（284 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M Sodium acetate pH5.2, 2.0M sodium formate
分辨率 2.59 Å R-free 0.227
7F1E Structure of METTL6 bound with SAM 提交 2021-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–284（284 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M Sodium acetate pH5.2, 2.0M sodium formate
分辨率 2.59 Å R-free 0.227
8OWX Crystal Structure of METTL6 bound to SAH 提交 2023-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–271（271 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；0.1 M BisTRIS propane pH 6.5, 0.2 M sodium sulfate, 20 % PEG3350
分辨率 2.60 Å R-free 0.250
8OWX Crystal Structure of METTL6 bound to SAH 提交 2023-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–271（271 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；0.1 M BisTRIS propane pH 6.5, 0.2 M sodium sulfate, 20 % PEG3350
分辨率 2.60 Å R-free 0.250
8OWY Crystal structure of METTL6 mutant 40-269 bound to SAH 提交 2023-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 40–269（230 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M BisTRIS, 0.2 M ammonium sulfate and 25% PEG3350
分辨率 3.20 Å R-free 0.300
8OWY Crystal structure of METTL6 mutant 40-269 bound to SAH 提交 2023-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 40–269（230 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M BisTRIS, 0.2 M ammonium sulfate and 25% PEG3350
分辨率 3.20 Å R-free 0.300
8P7B CryoEM structure of METTL6 tRNA SerRS complex in a 1:2:2 stoichiometry 提交 2023-05-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–284（284 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.42 Å
8P7D CryoEM structure of METTL6 tRNA SerRS complex in a 1:1:2 stoichiometry 提交 2023-05-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–284（284 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å

共 6 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 METL6_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–284； UniProt 1–284 作者链 C； PDB构建体 1–284； UniProt 1–284

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8p7c

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8p7c
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8p7c
沉积日期 deposition_date2023-05-30
结构标题 titleCryoEM structure of METTL6 tRNA SerRS complex in a 2:2:2 stoichiometry
关键词 keywordsMETTL6, tRNA, SerRS, Serine tRNA, 3-Methylcytosine, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier48.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron49.76 Å
零角强度 I(0) i0864508000.00
分子量 molecular_weight205890.0 kDa
排除体积 excluded_volume241870 ų
包络体积 envelope_volume350160 ų
水化壳体积 shell_volume65255 ų
包络直径 envelope_diameter192.4 Å
壳层 Rg shell_rg46.79 Å
包络 Rg envelope_rg49.22 Å
形状 Rg shape_rg49.81 Å
总 Rg total_rg49.52 Å
总原子数 total_atoms14273
残基数 n_residues1503
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax178.5 Å
Rg (实空间) rg_real51.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.12 Å
I(0) (实空间) i0_real8.7200e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5890e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal48.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal863700000.0000
解质量估计 total_estimate0.6098
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary48.7 Å
偏度 Skewness skewness0.678
峰度 Kurtosis kurtosis-0.073
角度范围 angular_range— – 0.1650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha1.2310
最高正则化参数 α highest_alpha47220000.0000
实空间数据点数 n_real_points34
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.669; Stabil: 0.864; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.784; Smooth: 0.576
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)