8paw

Crystal structure of MST1 with a MAP4K1 SMOL inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 82.0 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8paw
沉积日期 deposition_date	2023-06-08
结构标题 title	Crystal structure of MST1 with a MAP4K1 SMOL inhibitor
关键词 keywords	kinase, inhibitor, drug discovery, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.93 Å
零角强度 I(0) i0	66594800.00
分子量 molecular_weight	64708.0 kDa
排除体积 excluded_volume	81467 Å³
包络体积 envelope_volume	101650 Å³
水化壳体积 shell_volume	32201 Å³
包络直径 envelope_diameter	86.2 Å
壳层 Rg shell_rg	33.77 Å
包络 Rg envelope_rg	25.65 Å
形状 Rg shape_rg	25.94 Å
总 Rg total_rg	26.77 Å
总原子数 total_atoms	4539
残基数 n_residues	553
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.0 Å
Rg (实空间) rg_real	26.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.6590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.9920e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	66600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9138
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.130
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.591
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21040000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.968; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.972

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein kinase 4 37kDa subunit
分子量 formula_weight	35595.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4844

GMETVQLRNPPRRQLKKLDEDSLTKQPEEVFDVLEKLGEGSYGSVYKAIHKETGQIVAIKQVPVESDLQEIIKEISIMQQCDSPHVVKYYGSYFKNTDLWIVMEYCGAGSVSDIIRLRNKTLTEDEIATILQSTLKGLEYLHFMRKIHRDIKAGNILLNTEGHAKLADFGVAGQLTDTMAKRNTVIGTPFWMAPEVIQEIGYNCVADIWSLGITAIEMAEGKPPYADIHPMRAIFMIPTNPPPTFRKPELWSDNFTDFVKQCLVKSPEQRATATQLLQHPFVRSAKGVSILRDLINEAMDVKLKRQESQQRE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 non-polymer

描述 description	ASPARTIC ACID
分子量 formula_weight	133.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	1-[3,5-bis(fluoranyl)-4-[[3-(1-propan-2-ylpyrazol-3-yl)-1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-yl]oxy]phenyl]-3-(2-methoxyethyl)urea
分子量 formula_weight	470.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID
分子量 formula_weight	221.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	305

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	75.447 Å
晶胞边长 b length_b	105.627 Å
晶胞边长 c length_c	110.563 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.140 Å
最低分辨率 resolution_low	48.980 Å
R 因子 r_factor	0.1959
R_work r_work	0.1946
R_free r_free	0.2258

fit	/app/data/saxs_computation/pa/8paw/8paw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pa/8paw/8paw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pa/8paw/8paw.dat