8pbh

Mutant R1617Q of the dihydroorotase domain of human CAD protein bound to the substrate carbamoyl aspartate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 61.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pbh
沉积日期 deposition_date	2023-06-09
结构标题 title	Mutant R1617Q of the dihydroorotase domain of human CAD protein bound to the substrate carbamoyl aspartate
关键词 keywords	;Nucleotide metabolism, de novo pyrimidine synthesis, CAD disease, multienzymatic protein, zinc, carboxylated lysine, BIOSYNTHETIC PROTEIN, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.98 Å
零角强度 I(0) i0	26340100.00
分子量 molecular_weight	39414.0 kDa
排除体积 excluded_volume	49285 Å³
包络体积 envelope_volume	55144 Å³
水化壳体积 shell_volume	23241 Å³
包络直径 envelope_diameter	62.4 Å
壳层 Rg shell_rg	26.32 Å
包络 Rg envelope_rg	19.33 Å
形状 Rg shape_rg	18.99 Å
总 Rg total_rg	19.88 Å
总原子数 total_atoms	5478
残基数 n_residues	361
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.4 Å
Rg (实空间) rg_real	19.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6340e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0180e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	26340000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8971
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.107
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.457
角度范围 angular_range	— – 0.4000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7761000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.900; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.975

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	CAD protein
分子量 formula_weight	39665.4 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.5.5,2.1.3.2,3.5.2.3
突变 mutation	R1617Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5952

KLVRLPGLIDVHVHLREPGGTHKEDFASGTAAALAGGITMVCAMPNTRPPIIDAPALALAQKLAEAGARCDFALFLGASSENAGTLGTVAGSAAGLKLYLNETFSELRLDSVVQWMEHFETWPSHLPIVAHAEQQTVAAVLMVAQLTQRSVHICHVAQKEEILLIKAAKARGLPVTCEVAPHHLFLSHDDLERLGPGKGEVRPELGSRQDVEALWENMAVIDCFASDHAPHTLEEKCGSRPPPGFPGLETMLPLLLTAVSEGRLSLDDLLQRLHHNPRRIFHLPPQEDTYVEVDLEHEWTIPSHMPFSKAHWTPFEGQKVKGTVRRVVLRGEVAYIDGQVLVPPGYGQDVRKWPQGAVPQLP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 non-polymer

描述 description	N-CARBAMOYL-L-ASPARTATE
分子量 formula_weight	176.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	240

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	82.413 Å
晶胞边长 b length_b	159.722 Å
晶胞边长 c length_c	61.575 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.870 Å
最低分辨率 resolution_low	48.760 Å
R 因子 r_factor	0.1546
R_work r_work	0.1526
R_free r_free	0.1922

fit	/app/data/saxs_computation/pb/8pbh/8pbh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pb/8pbh/8pbh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pb/8pbh/8pbh.dat