8pec

OXA-48_Q5-CAZ. Epistasis Arises from Shifting the Rate-Limiting Step during Enzyme Evolution

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 124.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pec
沉积日期 deposition_date	2023-06-13
结构标题 title	OXA-48_Q5-CAZ. Epistasis Arises from Shifting the Rate-Limiting Step during Enzyme Evolution
关键词 keywords	Protein evolution. Antibiotic resistance. OXA-48. HYDROLASE. Serine-Beta-lactamase., HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.90 Å
零角强度 I(0) i0	177413000.00
分子量 molecular_weight	107510.0 kDa
排除体积 excluded_volume	134490 Å³
包络体积 envelope_volume	172870 Å³
水化壳体积 shell_volume	40797 Å³
包络直径 envelope_diameter	131.9 Å
壳层 Rg shell_rg	41.12 Å
包络 Rg envelope_rg	36.57 Å
形状 Rg shape_rg	36.89 Å
总 Rg total_rg	37.20 Å
总原子数 total_atoms	7652
残基数 n_residues	912
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	124.4 Å
Rg (实空间) rg_real	37.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7740e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2190e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	177400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8542
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	34.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.404
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.586
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	35100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.821; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.792; Smooth: 0.845

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Beta-lactamase
分子量 formula_weight	28002.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.2.6
突变 mutation	A33V, K51E, F72L, S212A, T213A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7736

EWQENKSWNVHFTEHKSQGVVVLWNENEQQGFTNNLKRANQAFLPASTLKIPNSLIALDLGVVKDEHQVFKWDGQTRDIATWNRDHNLITAMKYSVVPVYQEFARQIGEARMSKMLHAFDYGNEDISGNVDSFWLDGGIRISATEQISFLRKLYHNKLHVSERSQRIVKQAMLTEANGDYIIRAKTGYAARIEPKIGWWVGWVELDDNVWFFAMNMDMPTSDGLGLRQAITKEVLKQEKIIP

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	573
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	;1-({(2R)-2-[(1R)-1-{[(2Z)-2-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)-2-{[(2-carboxypropan-2-yl)oxy]imino}acetyl]amino}-2-oxoethyl]-4-carboxy-3,6-dihydro-2H-1,3-thiazin-5-yl}methyl)pyridinium ;
分子量 formula_weight	549.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	84

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	202.147 Å
晶胞边长 b length_b	202.147 Å
晶胞边长 c length_c	55.699 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	2.660 Å
最低分辨率 resolution_low	24.390 Å
R 因子 r_factor	0.2055
R_work r_work	0.2023
R_free r_free	0.2707

fit	/app/data/saxs_computation/pe/8pec/8pec.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pe/8pec/8pec.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pe/8pec/8pec.dat

OXA-48_Q5-CAZ. Epistasis Arises from Shifting the Rate-Limiting Step during Enzyme Evolution

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction