8plf

Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 16.

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 168.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8plf
沉积日期 deposition_date	2023-06-27
结构标题 title	Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 16.
关键词 keywords	Bi-functional, Oxidoreductase, Homodimer, FLAVOPROTEIN; FLAVOPROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.64 Å
零角强度 I(0) i0	244001000.00
分子量 molecular_weight	129940.0 kDa
排除体积 excluded_volume	163040 Å³
包络体积 envelope_volume	249200 Å³
水化壳体积 shell_volume	42298 Å³
包络直径 envelope_diameter	176.2 Å
壳层 Rg shell_rg	49.98 Å
包络 Rg envelope_rg	51.61 Å
形状 Rg shape_rg	52.64 Å
总 Rg total_rg	52.54 Å
总原子数 total_atoms	9130
残基数 n_residues	1174
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	168.8 Å
Rg (实空间) rg_real	52.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.98 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4400e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1190e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	243600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7206
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.510
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.667
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10150000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.584; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.601; Smooth: 0.010

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Thioredoxin glutathione reductase
分子量 formula_weight	64923.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.4.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10244

GPPPADGTSQWLRKTVDSAAVILFSKTTCPYCKKVKDVLAEAKIKHATIELDQLSNGSAIQKCLASFSKIETVPQMFVRGKFIGDSQTVLKYYSNDELAGIVNESKYDYDLIVIGGGSGGLAAGKEAAKYGAKTAVLDYVEPTPIGTTWGLGGTCVNVGCIPKKLMHQAGLLSHALEDAEHFGWSLDRSKISHNWSTMVEGVQSHIGSLNWGYKVALRDNQVTYLNAKGRLISPHEVQITDKNQKVSTITGNKIILATGERPKYPEIPGAVEYGITSDDLFSLPYFPGKTLVIGASYVALECAGFLASLGGDVTVMVRSILLRGFDQQMAEKVGDYMENHGVKFAKLCVPDEIKQLKVVDTENNKPGLLLVKGHYTDGKKFEEEFETVIFAVGREPQLSKVLCETVGVKLDKNGRVVCTDDEQTTVSNVYAIGDINAGKPQLTPVAIQAGRYLARRLFAGATELTDYSNVATTVFTPLEYGACGLSEEDAIEKYGDKDIEVYHSNFKPLEWTVAHREDNVCYMKLVCRKSDNMRVLGLHVLGPNAGEITQGYAVAIKMGATKADFDRTIGIHPTCSETFTTLHVTKKSGVSPIVSGC

来源 Source

来源生物 organism	Schistosoma mansoni
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6183
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	5-methoxy-1,3-benzothiazol-2-amine
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1114

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	62.240 Å
晶胞边长 b length_b	103.472 Å
晶胞边长 c length_c	133.568 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.02 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.950 Å
最低分辨率 resolution_low	29.530 Å
R 因子 r_factor	0.2027
R_work r_work	0.2012
R_free r_free	0.2301

fit	/app/data/saxs_computation/pl/8plf/8plf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pl/8plf/8plf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pl/8plf/8plf.dat

Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 16.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction