8pnb

HRV empty capsid

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 100.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP1

rhinovirus B14

UniProt P03303

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 180 PDB 声明:trimeric(180) 与蛋白拷贝数一致 链 1; UniProt 627–856 链 2; UniProt 76–331 链 3; UniProt 332–567 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、240 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLG_HRV14
Isoform
PDB实体 1, 2, 3
链与序列区间 作者链 1; PDB构建体 1–230; UniProt 627–856 作者链 2; PDB构建体 1–256; UniProt 76–331 作者链 3; PDB构建体 1–236; UniProt 332–567

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8pnb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8pnb
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8pnb
沉积日期 deposition_date2023-06-30
结构标题 titleHRV empty capsid
关键词 keywordscryo-EM, HRV-B14, SsRNA virus, capsid, VIRUS; VIRUS
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.97
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.99
零角强度 I(0) i0102327000.00
分子量 molecular_weight80238.0 kDa
排除体积 excluded_volume100570 ų
包络体积 envelope_volume128230 ų
水化壳体积 shell_volume37081 ų
包络直径 envelope_diameter104.9
壳层 Rg shell_rg35.95
包络 Rg envelope_rg29.45
形状 Rg shape_rg28.99
总 Rg total_rg29.66
总原子数 total_atoms5656
残基数 n_residues722
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax100.4
Rg (实空间) rg_real29.97
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.58
I(0) (实空间) i0_real1.0230e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4310e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.97
I(0) (倒空间) i0_reciprocal102300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8868
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary98.5
偏度 Skewness skewness0.366
峰度 Kurtosis kurtosis-0.303
角度范围 angular_range— – 0.2650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha28730000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.850; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.984

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)