8pnf

HRV B14 virion proteins

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 98.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP1

rhinovirus B14

UniProt P03303

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 × 240 RNA 60 PDB 声明:300-meric(300) 与全部聚合物数一致 链 1; UniProt 574–856 链 2; UniProt 76–331 链 3; UniProt 332–567 链 4; UniProt 23–69 未记录 ;RNA (5'-R(P*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3') ; × 60 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、240 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLG_HRV14
Isoform
PDB实体 1, 2, 3, 4
链与序列区间 作者链 1; PDB构建体 1–283; UniProt 574–856 作者链 2; PDB构建体 1–256; UniProt 76–331 作者链 3; PDB构建体 1–236; UniProt 332–567 作者链 4; PDB构建体 1–47; UniProt 23–69

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8pnf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8pnf
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8pnf
沉积日期 deposition_date2023-06-30
结构标题 titleHRV B14 virion proteins
关键词 keywordscryo-EM, HRV B14, dsRNA virus, capsid, VIRUS; VIRUS
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.85
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.38
零角强度 I(0) i0152007000.00
分子量 molecular_weight95369.0 kDa
排除体积 excluded_volume118200 ų
包络体积 envelope_volume151730 ų
水化壳体积 shell_volume41966 ų
包络直径 envelope_diameter101.5
壳层 Rg shell_rg37.34
包络 Rg envelope_rg30.13
形状 Rg shape_rg29.36
总 Rg total_rg30.15
总原子数 total_atoms6695
残基数 n_residues836
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax98.0
Rg (实空间) rg_real30.77
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.67
I(0) (实空间) i0_real1.5200e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1700e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.81
I(0) (倒空间) i0_reciprocal152000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8976
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary36.5
偏度 Skewness skewness0.278
峰度 Kurtosis kurtosis-0.404
角度范围 angular_range— – 0.2550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha26620000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.916

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)