8q2f

Cytochrome P450 BM3 aMOx-A heme domain

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 240.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8q2f
沉积日期 deposition_date	2023-08-02
最后修订 last_revision	2025-01-15
结构标题 title	Cytochrome P450 BM3 aMOx-A heme domain
关键词 keywords	Cytochrome P450 monooxygenase, Anti-Markovnikov oxygenase, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	64.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	65.33 Å
零角强度 I(0) i0	1447400000.00
分子量 molecular_weight	322770.0 kDa
排除体积 excluded_volume	405200 Å³
包络体积 envelope_volume	604550 Å³
水化壳体积 shell_volume	83780 Å³
包络直径 envelope_diameter	229.1 Å
壳层 Rg shell_rg	56.66 Å
包络 Rg envelope_rg	64.05 Å
形状 Rg shape_rg	65.32 Å
总 Rg total_rg	65.15 Å
总原子数 total_atoms	22690
残基数 n_residues	2757
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	240.9 Å
Rg (实空间) rg_real	65.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4480e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1270e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	64.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1444000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8105
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	80.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.439
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.400
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0076
最高正则化参数 α highest_alpha	46480000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.662; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.790; Smooth: 0.758

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
分子量 formula_weight	54253.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.14.1,1.6.2.4
突变 mutation	;A44M, S72H, M77E, A78I, A82C, A87A, T88L, S89V, P142A, I174V, T175I, A184V, M212F, S226R, D232C, H236Q, E252G, Y256D, T269L, A290V, G315D, A328S, L353V, I366V, T372M, T436H ;
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	22710

MTIKEMPQPKTFGELKNLPLLNTDKPVQALMKIADELGEIFKFEMPGRVTRYLSSQRLIKEACDESRFDKNLHQALKEIRDFCGDGLALVWTHEKNWKKAHNILLPSFSQQAMKGYHAMMVDIAVQLVQKWERLNADEHIEVAEDMTRLTLDTIGLCGFNYRFNSFYRDQPHPFVISMVRALDEVMNKLQRANPDDPAYDENKRQFQEDIKVFNDLVDKIIADRKARGEQSDCLLTQMLNGKDPETGEPLDDGNIRDQIITFLIAGHETLSGLLSFALYFLVKNPHVLQKVAEEAARVLVDPVPSYKQVKQLKYVDMVLNEALRLWPMSPAFSLYAKEDTVLGGEYPLEKGDEVMVLIPQLHRDKTVWGDDVEEFRPERFENPSAIPQHAFKPFGNGQRACIGQQFALHEATLVLGMMLKHFDFEDHTNYELDIKEHLTLKPEGFVVKAKSKKIPLGGIPSPSTLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Priestia megaterium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1404
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	167.440 Å
晶胞边长 b length_b	167.440 Å
晶胞边长 c length_c	364.743 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	3.430 Å
最低分辨率 resolution_low	123.340 Å
R 因子 r_factor	0.1774
R_work r_work	0.1749
R_free r_free	0.2257

fit	/app/data/saxs_computation/q2/8q2f/8q2f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/q2/8q2f/8q2f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/q2/8q2f/8q2f.dat

Cytochrome P450 BM3 aMOx-A heme domain

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction