8q4b

;Endothiapepsin in complex with ligand (3R,5R)-3-(2-((methyl(prop-2-yn-1-yl)amino)methyl)thiazol-4-yl)-5-(3-(2-nitrophenyl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl)pyrrolidin-3-ol (CBWS-SE-163.1) ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 64.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8q4b
沉积日期 deposition_date	2023-08-05
结构标题 title	;Endothiapepsin in complex with ligand (3R,5R)-3-(2-((methyl(prop-2-yn-1-yl)amino)methyl)thiazol-4-yl)-5-(3-(2-nitrophenyl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl)pyrrolidin-3-ol (CBWS-SE-163.1) ;
关键词 keywords	Endothiapepsin, ligand complex, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.35 Å
零角强度 I(0) i0	20271400.00
分子量 molecular_weight	34459.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43016 Å³
包络体积 envelope_volume	47840 Å³
水化壳体积 shell_volume	20659 Å³
包络直径 envelope_diameter	65.7 Å
壳层 Rg shell_rg	25.76 Å
包络 Rg envelope_rg	19.54 Å
形状 Rg shape_rg	19.28 Å
总 Rg total_rg	20.38 Å
总原子数 total_atoms	2432
残基数 n_residues	330
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	64.6 Å
Rg (实空间) rg_real	20.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3940e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20270000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8965
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.247
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.385
角度范围 angular_range	— – 0.3900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4143000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.887; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.993

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Endothiapepsin
分子量 formula_weight	33813.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.23.22
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2703

STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

Entity 2 non-polymer

描述 description	(3R,5R)-3-(2-{[ethynyl(methyl)amino]methyl}-1,3-thiazol-4-yl)-5-[3-(2-nitrophenyl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl]pyrrolidin-3-ol
分子量 formula_weight	426.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	248

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	44.755 Å
晶胞边长 b length_b	72.882 Å
晶胞边长 c length_c	51.785 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.47 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.280 Å
最低分辨率 resolution_low	36.680 Å
R 因子 r_factor	0.1928
R_work r_work	0.1920
R_free r_free	0.2071

fit	/app/data/saxs_computation/q4/8q4b/8q4b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/q4/8q4b/8q4b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/q4/8q4b/8q4b.dat