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8q7o

Crystal structure of the FZD3 cysteine-rich domain in complex with a nanobody (14478)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 92.2 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Frizzled-3

Homo sapiens

UniProt Q9NPG1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 26–138 链 D； UniProt 26–138 未记录 Nanobody 14478 × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 GOL GLYCEROL × 3 CIT CITRIC ACID × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；100 mM citric acid, pH 3.6; 690 mM ammonium sulphate 分辨率 1.76 Å R-free 0.222

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8Q7O Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8JHC FZD3 in inactive state 提交 2023-05-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 R 22–399（378 aa）
链 R 410–514（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8JHI FZD3-Gs complex 提交 2023-05-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 R 23–542（520 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8QW4 FZD3 in complex with nanobody 9 提交 2023-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–517（517 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FZD3_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 4–116； UniProt 26–138 作者链 D； PDB构建体 4–116； UniProt 26–138

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8q7o

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8q7o
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8q7o
沉积日期 deposition_date2023-08-16
结构标题 titleCrystal structure of the FZD3 cysteine-rich domain in complex with a nanobody (14478)
关键词 keywordsFrizzled, WNT, GPCR, Nanobody, Complex, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.93 Å
零角强度 I(0) i054119200.00
分子量 molecular_weight55570.0 kDa
排除体积 excluded_volume68529 ų
包络体积 envelope_volume93479 ų
水化壳体积 shell_volume26212 ų
包络直径 envelope_diameter93.0 Å
壳层 Rg shell_rg36.80 Å
包络 Rg envelope_rg29.35 Å
形状 Rg shape_rg29.95 Å
总 Rg total_rg30.52 Å
总原子数 total_atoms3874
残基数 n_residues486
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax92.2 Å
Rg (实空间) rg_real30.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real5.4120e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.6450e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal54120000.0000
解质量估计 total_estimate0.6755
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.8 Å
偏度 Skewness skewness0.091
峰度 Kurtosis kurtosis-0.904
角度范围 angular_range— – 0.2600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8816000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.945; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.025; Positv: 1.000; Valcen: 0.940; Smooth: 0.928
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)