8qmk

Enzymatically-produced complex-B bound TmHydE structure

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 82.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qmk
沉积日期 deposition_date	2023-09-22
结构标题 title	Enzymatically-produced complex-B bound TmHydE structure
关键词 keywords	[FeFe]-hydrogenase, H-cluster, Complex-B, Maturase, HydE, Iron-Sulfur cluster, Radical SAM protein, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.31 Å
零角强度 I(0) i0	29615900.00
分子量 molecular_weight	41878.0 kDa
排除体积 excluded_volume	52400 Å³
包络体积 envelope_volume	59929 Å³
水化壳体积 shell_volume	24086 Å³
包络直径 envelope_diameter	84.1 Å
壳层 Rg shell_rg	27.54 Å
包络 Rg envelope_rg	21.19 Å
形状 Rg shape_rg	20.37 Å
总 Rg total_rg	21.02 Å
总原子数 total_atoms	3252
残基数 n_residues	356
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.5 Å
Rg (实空间) rg_real	21.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9620e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4570e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	29620000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7800
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.482
峰度 Kurtosis kurtosis	0.350
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10040000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.434; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.853; Smooth: 0.982

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

描述 description	[FeFe] hydrogenase maturase subunit HydE
分子量 formula_weight	40991.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.8.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3991

MWSHPQFEKASTGREILEKLERREFTREVLKEALSINDRGFNEALFKLADEIRRKYVGDEVHIRAIIEFSNVCRKNCLYCGLRRDNKNLKRYRMTPEEIVERARLAVQFGAKTIVLQSGEDPYYMPDVISDIVKEIKKMGVAVTLSLGEWPREYYEKWKEAGADRYLLRHETANPVLHRKLRPDTSFENRLNCLLTLKELGYETGAGSMVGLPGQTIDDLVDDLLFLKEHDFDMVGIGPFIPHPDTPLANEKKGDFTLTLKMVALTRILLPDSNIPATTAMGTIVPGGREITLRCGANVIIPNWTPSPYRQLYQLYPGKISVFEKDTASIPSVMKMIELLGRKPGRDWGGRKRVFETV

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima MSB8
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	CARBON MONOXIDE
分子量 formula_weight	28.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	CYANIDE ION
分子量 formula_weight	26.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE
分子量 formula_weight	614.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 non-polymer

描述 description	CYSTEINE
分子量 formula_weight	121.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	482

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	63.830 Å
晶胞边长 b length_b	83.560 Å
晶胞边长 c length_c	70.840 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.300 Å
最低分辨率 resolution_low	34.960 Å
R 因子 r_factor	0.1440
R_work r_work	0.1427
R_free r_free	0.1678

fit	/app/data/saxs_computation/qm/8qmk/8qmk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qm/8qmk/8qmk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qm/8qmk/8qmk.dat