8qt3

Crystal structure of human Sirt2 in complex with the super-slow substrate TNFn-5 and NAD+

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 68.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qt3
沉积日期 deposition_date	2023-10-12
最后修订 last_revision	2024-10-23
结构标题 title	Crystal structure of human Sirt2 in complex with the super-slow substrate TNFn-5 and NAD+
关键词 keywords	Pseudo-Inhibitor, Sirtuin 2, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.88 Å
零角强度 I(0) i0	20992000.00
分子量 molecular_weight	35192.0 kDa
排除体积 excluded_volume	44194 Å³
包络体积 envelope_volume	50711 Å³
水化壳体积 shell_volume	21306 Å³
包络直径 envelope_diameter	70.2 Å
壳层 Rg shell_rg	26.43 Å
包络 Rg envelope_rg	20.22 Å
形状 Rg shape_rg	19.87 Å
总 Rg total_rg	20.80 Å
总原子数 total_atoms	2483
残基数 n_residues	298
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.7 Å
Rg (实空间) rg_real	20.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0990e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5710e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20990000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8751
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.320
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.255
角度范围 angular_range	— – 0.3800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3427000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.831; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.879

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
分子量 formula_weight	34416.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2782

GHMERLLDELTLEGVARYMQSERCRRVICLVGAGISTSAGIPDFRSPSTGLYDNLEKYHLPYPEAIFEISYFKKHPEPFFALAKELYPGQFKPTICHYFMRLLKDKGLLLRCYTQNIDTLERIAGLEQEDLVEAHGTFYTSHCVSASCRHEYPLSWMKEKIFSEVTPKCEDCQSLVKPDIVFFGESLPARFFSCMQSDFLKVDLLLVMGTSLQVQPFASLISKAPLSTPRLLINKEKAGQSDPFLGMIMGLGGGMDFDSKKAYRDVAWLGECDQGCLALAELLGWKKELEDLVRREHASIDAQS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Peptide-based super-slow substrate TNFn-5
分子量 formula_weight	1009.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

EALPKKYGG

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	(2S)-2-dodecylsulfanylpropanoic acid
分子量 formula_weight	274.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	250

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	38.357 Å
晶胞边长 b length_b	74.466 Å
晶胞边长 c length_c	56.211 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.30 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	44.630 Å
R 因子 r_factor	0.1783
R_work r_work	0.1771
R_free r_free	0.2009

fit	/app/data/saxs_computation/qt/8qt3/8qt3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qt/8qt3/8qt3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qt/8qt3/8qt3.dat

Crystal structure of human Sirt2 in complex with the super-slow substrate TNFn-5 and NAD+

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)