8rbp

;Crystal structure of chimeric human carbonic anhydrase IX with 4-chloro-2-(cyclohexylsulfanyl)-N-(2-hydroxyethyl)-5-sulfamoylbenzamide ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 59.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rbp
沉积日期 deposition_date	2023-12-04
最后修订 last_revision	2024-10-16
结构标题 title	;Crystal structure of chimeric human carbonic anhydrase IX with 4-chloro-2-(cyclohexylsulfanyl)-N-(2-hydroxyethyl)-5-sulfamoylbenzamide ;
关键词 keywords	DRUG DESIGN, CARBONIC ANHYDRASE, BENZENESULFONAMIDE, LYASE-LYASE INHIBITOR COMPLEX, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.29 Å
零角强度 I(0) i0	15267000.00
分子量 molecular_weight	29653.0 kDa
排除体积 excluded_volume	37167 Å³
包络体积 envelope_volume	41052 Å³
水化壳体积 shell_volume	19216 Å³
包络直径 envelope_diameter	59.5 Å
壳层 Rg shell_rg	24.18 Å
包络 Rg envelope_rg	17.71 Å
形状 Rg shape_rg	17.26 Å
总 Rg total_rg	18.37 Å
总原子数 total_atoms	2090
残基数 n_residues	257
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.8 Å
Rg (实空间) rg_real	18.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7240e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15270000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7138
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.085
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.458
角度范围 angular_range	— – 0.4300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2875000.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.842; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.259; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.982

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Carbonic anhydrase 2
分子量 formula_weight	29243.0 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.1
突变 mutation	S65A,Q67N,L91I,V130F,L134V,A203L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2581

MSHHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHSFQVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLLQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDVGKALQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLAECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	4-chloranyl-2-cyclohexylsulfanyl-~{N}-(2-hydroxyethyl)-5-sulfamoyl-benzamide
分子量 formula_weight	392.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	309

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	42.122 Å
晶胞边长 b length_b	41.305 Å
晶胞边长 c length_c	72.116 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.29 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.150 Å
最低分辨率 resolution_low	69.880 Å
R 因子 r_factor	0.1205
R_work r_work	0.1177
R_free r_free	0.1457

fit	/app/data/saxs_computation/rb/8rbp/8rbp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rb/8rbp/8rbp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rb/8rbp/8rbp.dat