8rdz

Crystal Structure of Human ADP-ribose Pyrophosphatase NUDT5 In complex with Ibrutinib

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 103.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rdz
沉积日期 deposition_date	2023-12-09
结构标题 title	Crystal Structure of Human ADP-ribose Pyrophosphatase NUDT5 In complex with Ibrutinib
关键词 keywords	Nudix domain, ADPR, ADP-ribose pyrophosphatase, NUDt5, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.53 Å
零角强度 I(0) i0	116670000.00
分子量 molecular_weight	86323.0 kDa
排除体积 excluded_volume	108180 Å³
包络体积 envelope_volume	133080 Å³
水化壳体积 shell_volume	35724 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.8 Å
壳层 Rg shell_rg	37.75 Å
包络 Rg envelope_rg	31.48 Å
形状 Rg shape_rg	31.54 Å
总 Rg total_rg	32.02 Å
总原子数 total_atoms	6062
残基数 n_residues	761
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.0 Å
Rg (实空间) rg_real	32.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1670e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8120e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	116700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8102
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.398
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.514
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	38250000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.863; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.951; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	ADP-sugar pyrophosphatase
分子量 formula_weight	24355.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.13,3.6.1.58,2.7.7.96
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	6189

MESQEPTESSQNGKQYIISEELISEGKWVKLEKTTYMDPTGKTRTWESVKRTTRKEQTADGVAVIPVLQRTLHYECIVLVKQFRPPMGGYCIEFPAGLIDDGETPEAAALRELEEETGYKGDIAECSPAVCMDPGLSNCTIHIVTVTINGDDAENARPKPKPGDGEFVEVISLPKNDLLQRLDALVAEEHLTVDARVYSYALALKHANAKPFEVPFLKF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 3 non-polymer

描述 description	Ibrutinib (unbound form)
分子量 formula_weight	440.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	119

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	47.710 Å
晶胞边长 b length_b	59.200 Å
晶胞边长 c length_c	79.431 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	80.65 °
晶胞夹角 β angle_beta	82.96 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	77.03 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.020 Å
最低分辨率 resolution_low	49.557 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2207
R_free r_free	0.2890

fit	/app/data/saxs_computation/rd/8rdz/8rdz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rd/8rdz/8rdz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rd/8rdz/8rdz.dat

Crystal Structure of Human ADP-ribose Pyrophosphatase NUDT5 In complex with Ibrutinib

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction