8rgd

;High pH (8.0) nitrite-bound MSOX movie series dataset 15 of the copper nitrite reductase from Bradyrhizobium sp. ORS375 (two-domain) [10.2 MGy] ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 87.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rgd
沉积日期 deposition_date	2023-12-13
结构标题 title	;High pH (8.0) nitrite-bound MSOX movie series dataset 15 of the copper nitrite reductase from Bradyrhizobium sp. ORS375 (two-domain) [10.2 MGy] ;
关键词 keywords	Copper nitrite reductase, Copper-containing nitrite reductase, Br2DNiR, high pH, nitrite-bound, MSOX, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.87 Å
零角强度 I(0) i0	28774200.00
分子量 molecular_weight	39122.0 kDa
排除体积 excluded_volume	48077 Å³
包络体积 envelope_volume	60248 Å³
水化壳体积 shell_volume	23170 Å³
包络直径 envelope_diameter	91.2 Å
壳层 Rg shell_rg	28.54 Å
包络 Rg envelope_rg	23.15 Å
形状 Rg shape_rg	21.79 Å
总 Rg total_rg	22.91 Å
总原子数 total_atoms	2732
残基数 n_residues	337
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.9 Å
Rg (实空间) rg_real	23.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.79 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8770e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5830e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	28770000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8077
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.510
峰度 Kurtosis kurtosis	0.135
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6771000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.570; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.821; Smooth: 0.965

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Copper-containing nitrite reductase
分子量 formula_weight	38144.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3080

MDDLKLPRQRVDLVAPPFVHVHEQATKQGPKIMEFKLVVQEKKMVIDEKGTTFQAMTFNGSMPGPLMVVHEGDYVEVTLVNPATNTMPHNIDFHSATGALGGGALTLINPGEQVVLRWKATRTGVFVYHCAPGGPMIPWHVVSGMNGAVMVLPRDGLNDGHGHSLRYDRIYYIGEQDLYVPRDEKGNFKSYDSPGEAYSDTEEVMRKLTPTHVVFNGKAGALTGKNALNANVGENVLIVHSQANRDSRPHLIGGHGDYVWETGKFSNAPETGLETWFIRGGSAGAALYKFLQPGIYAYVTHNLIEAANLGATAHFKVEGKWNDDLMTQVKAPADIPTGSTNENLYFQG

来源 Source

来源生物 organism	Bradyrhizobium sp. ORS 375
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	566679
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 branched

描述 description	beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	NITRITE ION
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	NITRIC OXIDE
分子量 formula_weight	30.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	CARBON DIOXIDE
分子量 formula_weight	44.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	255

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	107.330 Å
晶胞边长 b length_b	107.330 Å
晶胞边长 c length_c	107.330 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 3
空间群编号 int_tables_number	198
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.710 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1576
R_work r_work	0.1558
R_free r_free	0.1890

fit	/app/data/saxs_computation/rg/8rgd/8rgd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rg/8rgd/8rgd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rg/8rgd/8rgd.dat