Envelope glycoprotein B
Human alphaherpesvirus 1
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 | 链 A; UniProt 1–903 链 B; UniProt 1–903 链 C; UniProt 1–903 | 未记录 | HDIT102 Fab heavy chain × 3 HDIT102 Fab heavy chain × 3 | ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE | 分辨率 3.44 Å |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 8RH0 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1RJY Mhc Class I Natural Mutant H-2Kbm8 Heavy Chain Complexed With beta-2 Microglobulin and Herpes Simplex Virus Glycoprotein B Peptide 提交 2003-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 P
498–505(8 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;PEG 8000, ca Acetate, sodium chloride, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.257 |
| 1RJY Mhc Class I Natural Mutant H-2Kbm8 Heavy Chain Complexed With beta-2 Microglobulin and Herpes Simplex Virus Glycoprotein B Peptide 提交 2003-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 Q
498–505(8 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;PEG 8000, ca Acetate, sodium chloride, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.257 |
| 1RJZ Mhc Class I Natural Mutant H-2Kbm8 Heavy Chain Complexed With beta-2 Microglobulin and Herpies Simplex Virus Mutant Glycoprotein B Peptide 提交 2003-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 P
498–505(8 aa)
|
突变:S2E | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;PEG 8000, ca Acetate, sodium chloride, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.288 |
| 1RJZ Mhc Class I Natural Mutant H-2Kbm8 Heavy Chain Complexed With beta-2 Microglobulin and Herpies Simplex Virus Mutant Glycoprotein B Peptide 提交 2003-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 Q
498–505(8 aa)
|
突变:S2E | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;PEG 8000, ca Acetate, sodium chloride, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.288 |
| 1RK0 Mhc Class I H-2Kb Heavy Chain Complexed With beta-2 Microglobulin and Herpes Simplex Virus Glycoprotein B peptide 提交 2003-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 P
498–505(8 aa)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;K/NA PHOSPHATE, MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.61 Å R-free 0.238 |
| 1RK1 Mhc Class I Natural H-2Kb Heavy Chain Complexed With beta-2 Microglobulin and Herpes Simplex Virus Mutant Glycoprotein B Peptide 提交 2003-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 P
498–505(8 aa)
|
突变:S2E | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;K/NA PHOSPHATE, MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.230 |
| 1T0M Conformational switch in polymorphic H-2K molecules containing an HSV peptide 提交 2004-04-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 P
498–505(8 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;PEG 8000, calcium acetate, sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.271 |
| 1T0M Conformational switch in polymorphic H-2K molecules containing an HSV peptide 提交 2004-04-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 Q
498–505(8 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;PEG 8000, calcium acetate, sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.271 |
| 1T0N Conformational switch in polymorphic H-2K molecules containing an HSV peptide 提交 2004-04-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 P
498–505(8 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;PEG 8000, calcium acetate, sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.232 |
| 1T0N Conformational switch in polymorphic H-2K molecules containing an HSV peptide 提交 2004-04-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 Q
498–505(8 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;PEG 8000, calcium acetate, sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.232 |
| 8RGZ Trimeric HSV-1F gB ectodomain in postfusion conformation with three bound HDIT101 Fab molecules. 提交 2023-12-14 | 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric |
链 A
1–903(903 aa)
链 B
1–903(903 aa)
链 C
1–903(903 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.27 Å |
| 9E5N The primed conformation of herpes simplex virus type 1 (HSV-1) glycoprotein B (gB) mutant H534F 提交 2024-10-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
30–903(874 aa)
链 B
30–903(874 aa)
链 C
30–903(874 aa)
|
突变:H534F 突变:H534F 突变:H534F | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.20 Å |
| 9E5U The primed conformation of herpes simplex virus type 1 (HSV-1) glycoprotein B (gB) mutant N511P 提交 2024-10-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
30–903(874 aa)
链 B
30–903(874 aa)
链 C
30–903(874 aa)
|
突变:N511P 突变:N511P 突变:N511P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.46 Å |
| 9E5X The prefusion conformation of herpes simplex virus type 1 (HSV-1) glycoprotein B (gB) mutant S392C and A527C 提交 2024-10-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
30–903(874 aa)
链 B
30–903(874 aa)
链 C
30–903(874 aa)
|
突变:S392C, A527C 突变:S392C, A527C 突变:S392C, A527C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.55 Å |
| 9E7I The deep-primed conformation of herpes simplex virus type 1 (HSV-1) glycoprotein B (gB) mutant R131F L97E and L101E 提交 2024-11-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
30–903(874 aa)
链 B
30–903(874 aa)
链 C
30–903(874 aa)
|
突变:L97E, L101E, R131F 突变:L97E, L101E, R131F 突变:L97E, L101E, R131F | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 9EFH The prefusion conformation of herpes simplex virus type 1 (HSV-1) glycoprotein B (gB) mutant R131F 提交 2024-11-20 | 构建体不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
30–903(874 aa)
链 B
30–903(874 aa)
链 C
30–903(874 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 9EFS The primed conformation of herpes simplex virus type 1 (HSV-1) glycoprotein B (gB) mutant R131F 提交 2024-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
30–903(874 aa)
链 B
30–903(874 aa)
链 C
30–903(874 aa)
|
突变:R131F 突变:R131F 突变:R131F | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 9EFT The primed conformation of herpes simplex virus type 1 (HSV-1) glycoprotein B (gB) mutant H516P 提交 2024-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
30–903(874 aa)
链 B
30–903(874 aa)
链 C
30–903(874 aa)
|
突变:H516P 突变:H516P 突变:H516P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 9EGG The deep-primed conformation of herpes simplex virus type 1 (HSV-1) glycoprotein B (gB) mutant R131F 提交 2024-11-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
30–903(874 aa)
链 B
30–903(874 aa)
链 C
30–903(874 aa)
|
突变:R131F 突变:R131F 突变:R131F | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.65 Å |
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| UniProt名称 | GB_HHV1F |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 1–904; UniProt 1–903 作者链 B; PDB构建体 1–904; UniProt 1–903 作者链 C; PDB构建体 1–904; UniProt 1–903 |