SAXSdb — 8rkv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TnsB

Scytonema hofmannii

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 4 DNA 6 PDB 声明：decameric（10）与全部聚合物数一致	链 R； UniProt 2–584 链 S； UniProt 2–584 链 T； UniProt 2–584 链 U； UniProt 2–584	未记录	Non-target strand - LE × 1 Target strand - LE × 1 LE × 1 RE × 1 Non-target strand - RE × 1 Target strand × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.11 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8RKV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8RDU Conformational Landscape of the Type V-K CRISPR-associated TransposonIntegration Assembly CAST V-K composite map 提交 2023-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：32-meric	链 R 2–584（583 aa）链 S 2–584（583 aa）链 T 2–584（583 aa）链 U 2–584（583 aa）链 r 2–584（583 aa）链 s 2–584（583 aa）链 t 2–584（583 aa）链 u 2–584（583 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 17 ZN ZINC ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.30 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A979HMQ2_9CYAN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 2–584； UniProt 2–584 作者链 S； PDB构建体 2–584； UniProt 2–584 作者链 T； PDB构建体 2–584； UniProt 2–584 作者链 U； PDB构建体 2–584； UniProt 2–584

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rkv
沉积日期 deposition_date	2023-12-30
结构标题 title	Conformational Landscape of the Type V-K CRISPR-associated TransposonIntegration Assembly CAST V-K TnsB domain local-refinement map
关键词 keywords	CRISPR-associated Transposon genome editing transposition, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.46 Å
零角强度 I(0) i0	1130480000.00
分子量 molecular_weight	237130.0 kDa
排除体积 excluded_volume	279970 Å³
包络体积 envelope_volume	417650 Å³
水化壳体积 shell_volume	76742 Å³
包络直径 envelope_diameter	162.5 Å
壳层 Rg shell_rg	49.59 Å
包络 Rg envelope_rg	44.79 Å
形状 Rg shape_rg	45.45 Å
总 Rg total_rg	45.63 Å
总原子数 total_atoms	16466
残基数 n_residues	1776
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	146.9 Å
Rg (实空间) rg_real	45.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1300e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1390e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1130000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5953
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	51.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.360
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.260
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	60930000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.893; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.021; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Non-target strand - LE
分子量 formula_weight	20961.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	2
原子数 atom_count	16466

GTGAAGGTTCTCTTCAGTATTAATAAGGCCACTGTTAAAACGTACTATATAGACATCTCCACAAAAGG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Target strand - LE
分子量 formula_weight	40822.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	3

AATTAAATAGTCACAATGACATTAATCTGTCACCGACGACAGATAATTTGTCACTGTACACTACGCCTTTTGTGGAGATGTCTAATATCTACGTTTTAACAGTGGCCTTATTAAATGACTTCTCAACCTTCAC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	LE
分子量 formula_weight	23238.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	4

AAAAAAAAAAAAAAATGTACAGTGACAAATTATCTGTCGTCGGTGACAGATTAATGTCATTGTGACTATTTAATT

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	RE
分子量 formula_weight	22876.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	5

AAAAAAAAAAAAAAATGTACAGTGACTAATTATATGTCGTTGTGACAAATTATTGTCATCAGTAAAATCCTTAT

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Non-target strand - RE
分子量 formula_weight	24402.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	6

ATAAGGATTTTACTGATGACAATAATTTGTCACAACGACATATAATTAGTCACTGTACACGTAGAGACGTAGCAATGCT

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Target strand
分子量 formula_weight	4560.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	7

AGCATTGCTACGTCT

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	TnsB
分子量 formula_weight	66592.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R,S,T,U

SNSQQNPDLAVHPLAIPMEGLLGESATTLEKNVIATQLSEEAQVKLEVIQSLLEPCDRTTYGQKLREAAEKLNVSLRTVQRLVKNWEQDGLVGLTQTSRADKGKHRIGEFWENFITKTYKEGNKGSKRMTPKQVALRVEAKARELKDSKPPNYKTVLRVLAPILEKQQKAKSIRSPGWRGTTLSVKTREGKDLSVDYSNHVWQCDHTRVDVLLVDQHGEILSRPWLTTVIDTYSRCIMGINLGFDAPSSGVVALALRHAILPKRYGSEYKLHCEWGTYGKPEHFYTDGGKDFRSNHLSQIGAQLGFVCHLRDRPSEGGVVERPFKTLNDQLFSTLPGYTGSNVQERPEDAEKDARLTLRELEQLLVRYIVDRYNQSIDARMGDQTRFERWEAGLPTVPVPIPERDLDICLMKQSRRTVQRGGCLQFQNLMYRGEYLAGYAGETVNLRFDPRDITTILVYRQENNQEVFLTRAHAQGLETEQLALDEAEAASRRLRTAGKTISNQSLLQEVVDRDALVATKKSRKERQKLEQTVLRSAAVDESNRESLPSQIVEPDEVESTETVHSQYEDIEVWDYEQLREEYGF

来源 Source

来源生物 organism	Scytonema hofmannii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	34078
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.11 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	154000

fit	/app/data/saxs_computation/rk/8rkv/8rkv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rk/8rkv/8rkv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rk/8rkv/8rkv.dat

Conformational Landscape of the Type V-K CRISPR-associated TransposonIntegration Assembly CAST V-K TnsB domain local-refinement map

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TnsB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)