SAXSdb — 8rve

Vimentin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 78 PDB 声明：78-meric（78）与蛋白拷贝数一致	链 0； UniProt 1–466 链 1； UniProt 1–466 链 2； UniProt 1–466 链 3； UniProt 1–466 链 4； UniProt 1–466 链 5； UniProt 1–466 链 6； UniProt 1–466 链 7； UniProt 1–466 链 8； UniProt 1–466 链 9； UniProt 1–466 链 A； UniProt 1–466 链 AA； UniProt 1–466 链 AB； UniProt 1–466 链 AC； UniProt 1–466 链 AD； UniProt 1–466 链 AE； UniProt 1–466 链 AF； UniProt 1–466 链 AG； UniProt 1–466 链 AH； UniProt 1–466 链 AI； UniProt 1–466 链 AJ； UniProt 1–466 链 AK； UniProt 1–466 链 AL； UniProt 1–466 链 AM； UniProt 1–466 链 AN； UniProt 1–466 链 AO； UniProt 1–466 链 AP； UniProt 1–466 链 B； UniProt 1–466 链 C； UniProt 1–466 链 D； UniProt 1–466 链 E； UniProt 1–466 链 F； UniProt 1–466 链 G； UniProt 1–466 链 H； UniProt 1–466 链 I； UniProt 1–466 链 J； UniProt 1–466 链 K； UniProt 1–466 链 L； UniProt 1–466 链 M； UniProt 1–466 链 N； UniProt 1–466 链 O； UniProt 1–466 链 P； UniProt 1–466 链 Q； UniProt 1–466 链 R； UniProt 1–466 链 S； UniProt 1–466 链 T； UniProt 1–466 链 U； UniProt 1–466 链 V； UniProt 1–466 链 W； UniProt 1–466 链 X； UniProt 1–466 链 Y； UniProt 1–466 链 Z； UniProt 1–466 链 a； UniProt 1–466 链 b； UniProt 1–466 链 c； UniProt 1–466 链 d； UniProt 1–466 链 e； UniProt 1–466 链 f； UniProt 1–466 链 g； UniProt 1–466 链 h； UniProt 1–466 链 i； UniProt 1–466 链 j； UniProt 1–466 链 k； UniProt 1–466 链 l； UniProt 1–466 链 m； UniProt 1–466 链 n； UniProt 1–466 链 o； UniProt 1–466 链 p； UniProt 1–466 链 q； UniProt 1–466 链 r； UniProt 1–466 链 s； UniProt 1–466 链 t； UniProt 1–466 链 u； UniProt 1–466 链 v； UniProt 1–466 链 w； UniProt 1–466 链 x； UniProt 1–466 链 y； UniProt 1–466 链 z； UniProt 1–466	未记录	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8RVE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GK4 HUMAN VIMENTIN COIL 2B FRAGMENT (CYS2) 提交 2001-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 327–410（84 aa）片段：CYS2, RESIDUES 328-411 链 B 327–410（84 aa）片段：CYS2, RESIDUES 328-411	未记录	ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.17M NA ACETATE, 25.5% PEG8000, 0.1M CACODYLATE, PH6.5, pH 6.50	分辨率 2.30 Å R-free 0.262
1GK4 HUMAN VIMENTIN COIL 2B FRAGMENT (CYS2) 提交 2001-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 327–410（84 aa）片段：CYS2, RESIDUES 328-411 链 D 327–410（84 aa）片段：CYS2, RESIDUES 328-411	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.17M NA ACETATE, 25.5% PEG8000, 0.1M CACODYLATE, PH6.5, pH 6.50	分辨率 2.30 Å R-free 0.262
1GK4 HUMAN VIMENTIN COIL 2B FRAGMENT (CYS2) 提交 2001-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 327–410（84 aa）片段：CYS2, RESIDUES 328-411 链 F 327–410（84 aa）片段：CYS2, RESIDUES 328-411	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.17M NA ACETATE, 25.5% PEG8000, 0.1M CACODYLATE, PH6.5, pH 6.50	分辨率 2.30 Å R-free 0.262
1GK6 Human vimentin coil 2B fragment linked to GCN4 leucine zipper (Z2B) 提交 2001-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 384–411（28 aa）片段：Z2B FUSION CONSTRUCT CONTAINING THE GCN4 LEUCINE ZIPPER LINKED TO VIMENTIN RESIDUES 385 - 412 链 B 384–411（28 aa）片段：Z2B FUSION CONSTRUCT CONTAINING THE GCN4 LEUCINE ZIPPER LINKED TO VIMENTIN RESIDUES 385 - 412	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；HANGING DROPS WITH 12.5MG/ML PROTEIN AND 0.55M (NH4)2HPO4, PH ADJUSTED TO 9.0 WITH NAOH, AS PRECIPITANT	分辨率 1.90 Å R-free 0.227
1GK7 HUMAN VIMENTIN COIL 1A FRAGMENT (1A) 提交 2001-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 101–137（37 aa）片段：1A, RESIDUES 102-138	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；2.0M AMMONIUM ACETATE, 10%(V/V) DIOXANE, 0.1M MES/NA, PH6.5, pH 6.50	分辨率 1.40 Å R-free 0.216
3G1E X-ray crystal structure of coil 1A of human vimentin 提交 2009-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 102–138（37 aa）片段：coil 1A 链 B 102–138（37 aa）片段：coil 1A	突变：Y117L 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：Y117L 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；298 K；20 % PEG, 33 % isopropanol, 0.1 M trisodium citrate, pH 5.6, vapour diffusion, temperature 298K	分辨率 1.83 Å R-free 0.295
3KLT Crystal structure of a vimentin fragment 提交 2009-11-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 263–334（72 aa）片段：UNP residues 263-334 链 B 263–334（72 aa）片段：UNP residues 263-334 链 C 263–334（72 aa）片段：UNP residues 263-334 链 D 263–334（72 aa）片段：UNP residues 263-334	未记录	P33 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL × 1 SM SAMARIUM (III) ION × 3 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 CA CALCIUM ION × 6 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1M Bis-Tris pH 6.5, 27% PEG monoethylether 550, 27mM CaCl2, 7.5% (v/v) glycerol, 10mM DTT , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.331
3KLT Crystal structure of a vimentin fragment 提交 2009-11-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 263–334（72 aa）片段：UNP residues 263-334 链 B 263–334（72 aa）片段：UNP residues 263-334	未记录	P33 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL × 1 SM SAMARIUM (III) ION × 2 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1M Bis-Tris pH 6.5, 27% PEG monoethylether 550, 27mM CaCl2, 7.5% (v/v) glycerol, 10mM DTT , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.331
3KLT Crystal structure of a vimentin fragment 提交 2009-11-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 263–334（72 aa）片段：UNP residues 263-334 链 D 263–334（72 aa）片段：UNP residues 263-334	未记录	SM SAMARIUM (III) ION × 1 CA CALCIUM ION × 4 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1M Bis-Tris pH 6.5, 27% PEG monoethylether 550, 27mM CaCl2, 7.5% (v/v) glycerol, 10mM DTT , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.331
3S4R Crystal structure of vimentin coil1A/1B fragment with a stabilizing mutation 提交 2011-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 99–189（91 aa）片段：coil 1A/1B fragment (UNP residues 99-189) 链 B 99–189（91 aa）片段：coil 1A/1B fragment (UNP residues 99-189)	突变：Y117L 突变：Y117L	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；0.1M Na cacodylate, MPD 20%, Mg acetate 0.45M, pH 6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；0.1M MES, MPD 35%, 0.35M Li2SO4, pH 6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.315
3SSU Crystal structure of vimentin coil1A/1B fragment 提交 2011-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 99–189（91 aa）片段：UNP residues 99-189 链 B 99–189（91 aa）片段：UNP residues 99-189	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.04M calcium acetate, 0.1M MES pH 6, isopropanol 6%, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；0.06M calcium acetate, 0.1M MES pH 5.5, isopropanol 6%, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.272
3SWK Crystal structure of vimentin coil1B fragment 提交 2011-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 153–238（86 aa）片段：coil 1B fragment (UNP residues 153-238) 链 B 153–238（86 aa）片段：coil 1B fragment (UNP residues 153-238)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；298 K；protein in 10 mM Tris pH 8, 38 mM NaCl + PEG 3350 25% w/v, 0.2M ammonium acetate, BIS-TRIS 0.1M pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.272
3TRT Crystal structure of stabilised vimentin coil2 fragment 提交 2011-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 261–335（75 aa）片段：first half of vimentin coil2, UNP residues 261-335 链 B 261–335（75 aa）片段：first half of vimentin coil2, UNP residues 261-335	突变：L265C, L269(MSE), C328(MSE) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：L265C, L269(MSE), C328(MSE) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 3 NH4 AMMONIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；2M ammonium sulphate, 0.1M Tris pH8.5 + protein in 10 mM Tris pH 8, 38 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.298
3UF1 Crystal Structure of Vimentin (fragment 144-251) from Homo sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium Target HR4796B 提交 2011-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 144–251（108 aa）片段：residues 144-255 链 B 144–251（108 aa）片段：residues 144-255	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5). Reservoir solution:NH4SO4 0.15M, TRISHCL 0.1M, PEG3350 18%, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP,	分辨率 2.81 Å R-free 0.284
3UF1 Crystal Structure of Vimentin (fragment 144-251) from Homo sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium Target HR4796B 提交 2011-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 144–251（108 aa）片段：residues 144-255 链 D 144–251（108 aa）片段：residues 144-255	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5). Reservoir solution:NH4SO4 0.15M, TRISHCL 0.1M, PEG3350 18%, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP,	分辨率 2.81 Å R-free 0.284
4MCY Immune Receptor 提交 2013-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 66–78（13 aa）片段：UNP residues 66-78	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；294 K；26% PEG 3350, 0.2M Potassium Nitrate, 0.1M Bis-Tris-Propane pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.30 Å R-free 0.225
4MCZ Immune Receptor 提交 2013-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 59–71（13 aa）片段：Residues 59-71	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；294 K；26% PEG 3350, 0.2M Potassium Nitrate, 0.1M Bis-Tris-Propane, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.41 Å R-free 0.231
4MD0 Immune Receptor 提交 2013-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 59–71（13 aa）片段：Residues 59-71	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；294 K；24% PEG 3350, 0.2M Potassium Nitrate, 0.1M Bis-Tris-Propane pH 7.3 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.19 Å R-free 0.208
4MD5 Immune Receptor 提交 2013-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 66–78（13 aa）片段：Residues 66-78	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；294 K；26% PEG 3350, 0.2M Potassium Nitrate, 0.1M Bis-Tris-Propane pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.65 Å R-free 0.186
4MDI Immune Receptor 提交 2013-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 66–78（13 aa）片段：Residues 66-78	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；294 K；25% PEG 3350, 0.2M Potassium Nitrate, 0.1M Bis-Tris-Propane pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.00 Å R-free 0.203
4MDJ Immune Receptor 提交 2013-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 66–78（13 aa）片段：Residues 66-78	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；294 K；25% PEG 3350, 0.2M Potassium Nitrate, 0.1M Bis-Tris-Propane pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.70 Å R-free 0.188
4YPC Trimeric crystal structure of vimentin coil1B fragment 提交 2015-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：Trimeric	链 A 161–243（83 aa）片段：coil 1B fragment, UNP residues 161-243	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；298 K；protein in 10 mM Tris pH 8, 38 mM NaCl mixed in ratio 1:1 with 1M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5	分辨率 1.44 Å R-free 0.276
4YV3 Trimeric crystal structure of vimentin coil1B fragment 提交 2015-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 161–238（78 aa）链 B 161–238（78 aa）链 C 161–238（78 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；10mg/ml protein in 10mM Tris-HCl pH 8, 38 mM NaCl mixed in v/v ratio 1:1 with ammonium sulphate 2.2M, sodium thiocyanate 0.2 M	分辨率 2.00 Å R-free 0.296
5WHF Crystal structure of vimentin coil 1B packed in a high-order filamentous form 提交 2017-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 153–238（86 aa）片段：UNP residues 153-238 链 B 153–238（86 aa）片段：UNP residues 153-238 链 C 153–238（86 aa）片段：UNP residues 153-238 链 D 153–238（86 aa）片段：UNP residues 153-238 链 E 153–238（86 aa）片段：UNP residues 153-238 链 F 153–238（86 aa）片段：UNP residues 153-238 链 G 153–238（86 aa）片段：UNP residues 153-238 链 H 153–238（86 aa）片段：UNP residues 153-238	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 0.2 M magnesium acetate tetrahydrate and 10% PEG 8000	分辨率 2.25 Å R-free 0.282
6YXK Crystal structure of ACPA 3F3 in complex with cit-vimentin 59-74 提交 2020-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 59–74（16 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20mM Tris pH 7.5, 20mM NaCl, 0.2M ammonium chloride pH 6.3, (20%) w/v PEG 3350)	分辨率 2.00 Å R-free 0.253
8TRQ T cell recognition of citrullinated vimentin peptide presented by HLA-DR4 提交 2023-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 59–71（13 aa）片段：UNP residues 59-71 with modified residue citrulline (CIR) at position 64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% w/v PEG3350, 0.2 M di-sodium malonate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, tri-glycine additive	分辨率 2.75 Å R-free 0.264
8TRR T cell recognition of citrullinated vimentin peptide presented by HLA-DR4 提交 2023-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 59–71（13 aa）片段：UNP residues 59-71 with modified residue citrulline (CIR) at position 64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 7 SO4 SULFATE ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% w/v PEG8000, 0.1 M Tris, pH 8.5, 0.2 M ammonium sulfate	分辨率 2.65 Å R-free 0.244
8TRR T cell recognition of citrullinated vimentin peptide presented by HLA-DR4 提交 2023-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 H 59–71（13 aa）片段：UNP residues 59-71 with modified residue citrulline (CIR) at position 64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% w/v PEG8000, 0.1 M Tris, pH 8.5, 0.2 M ammonium sulfate	分辨率 2.65 Å R-free 0.244

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UniProt名称	VIME_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 0； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 1； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 2； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 3； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 4； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 5； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 6； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 7； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 8； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 9； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 A； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 AA； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 AB； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 AC； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 AD； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 AE； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 AF； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 AG； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 AH； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 AI； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 AJ； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 AK； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 AL； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 AM； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 AN； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 AO； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 AP； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 B； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 C； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 D； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 E； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 F； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 G； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 H； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 I； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 J； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 K； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 L； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 M； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 N； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 O； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 P； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 Q； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 R； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 S； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 T； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 U； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 V； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 W； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 X； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 Y； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 Z； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 a； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 b； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 c； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 d； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 e； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 f； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 g； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 h； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 i； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 j； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 k； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 l； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 m； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 n； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 o； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 p； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 q； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 r； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 s； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 t； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 u； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 v； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 w； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 x； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 y； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466 作者链 z； PDB构建体 1–466； UniProt 1–466

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

条目编号 entry_id	8rve
沉积日期 deposition_date	2024-02-01
结构标题 title	Vimentin intermediate filament
关键词 keywords	vimentin, intermediate filament, cytoskeleton, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	97.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	99.40 Å
零角强度 I(0) i0	21520000000.00
分子量 molecular_weight	767860.0 kDa
排除体积 excluded_volume	754630 Å³
包络体积 envelope_volume	2220400 Å³
水化壳体积 shell_volume	211540 Å³
包络直径 envelope_diameter	333.2 Å
壳层 Rg shell_rg	77.49 Å
包络 Rg envelope_rg	94.17 Å
形状 Rg shape_rg	99.39 Å
总 Rg total_rg	99.22 Å
总原子数 total_atoms	54788
残基数 n_residues	13697
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

最大尺寸 Dmax dmax	290.2 Å
Rg (实空间) rg_real	94.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0840e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.3970e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	91.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21070000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8710
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	90.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.566
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.392
角度范围 angular_range	— – 0.0800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.7218
最高正则化参数 α highest_alpha	21850000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	17
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.800; Stabil: 0.967; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.045

分辨率 resolution	7.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	236920

描述 description	Vimentin
分子量 formula_weight	53722.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	78

Vimentin intermediate filament

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vimentin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	;0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,A,AA,AB,AC,AD,AE,AF,AG,AH,AI,AJ,AK,AL,AM,AN,AO,AP,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l,m,n,o,p,q,r,s,t,u,v,w,x,y,z ;
原子数 atom_count	54788

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/rv/8rve/8rve.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rv/8rve/8rve.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rv/8rve/8rve.dat