SAXSdb — 8s2m

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Immunity Protein TriX

Xenorhabdus bovienii SS-2004

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–134	未记录	Complete genome segment 11/17 × 1 （D3UXR3）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.1 M Sodium malonate dibasic monohydrate, 0.1 M HEPES pH 7.0, 0,5 % v/v Jeffamine ED-2003	分辨率 1.28 Å R-free 0.185

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8S2M	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8S2N Xenorhabdus bovienii Rhs toxin TreTu complex with TrxA and TriTu immunity protein 提交 2024-02-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–134（134 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.02 M Sodium chloride, 0.02 M Sodium acetate pH 4.0, 33 % v/v PEG 200	分辨率 2.11 Å R-free 0.232
9GCO Xenorhabdus bovienii Thioredoxin complex with Rhs toxin TreX and immunity protein TriX 提交 2024-08-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–134（134 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 44 % v/v PEG 400	分辨率 2.00 Å R-free 0.223
9GCO Xenorhabdus bovienii Thioredoxin complex with Rhs toxin TreX and immunity protein TriX 提交 2024-08-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 1–134（134 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 44 % v/v PEG 400	分辨率 2.00 Å R-free 0.223

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D3UXR2_XENBS
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–134； UniProt 1–134

Complete genome segment 11/17

Xenorhabdus bovienii SS-2004

UniProt D3UXR3

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1380–1518	未记录	Immunity Protein TriX × 1 （D3UXR2）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.1 M Sodium malonate dibasic monohydrate, 0.1 M HEPES pH 7.0, 0,5 % v/v Jeffamine ED-2003	分辨率 1.28 Å R-free 0.185

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8S2M	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8S2N Xenorhabdus bovienii Rhs toxin TreTu complex with TrxA and TriTu immunity protein 提交 2024-02-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1380–1518（139 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.02 M Sodium chloride, 0.02 M Sodium acetate pH 4.0, 33 % v/v PEG 200	分辨率 2.11 Å R-free 0.232
9GCO Xenorhabdus bovienii Thioredoxin complex with Rhs toxin TreX and immunity protein TriX 提交 2024-08-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1380–1518（139 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 44 % v/v PEG 400	分辨率 2.00 Å R-free 0.223
9GCO Xenorhabdus bovienii Thioredoxin complex with Rhs toxin TreX and immunity protein TriX 提交 2024-08-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1380–1518（139 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 44 % v/v PEG 400	分辨率 2.00 Å R-free 0.223

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D3UXR3_XENBS
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–140； UniProt 1380–1518

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8s2m
沉积日期 deposition_date	2024-02-18
结构标题 title	Xenorhabdus bovienii Rhs C-terminal toxin TreX complex with TriX immunity protein
关键词 keywords	ADP-ribosyltransferase, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.40 Å
零角强度 I(0) i0	15618900.00
分子量 molecular_weight	29421.0 kDa
排除体积 excluded_volume	36609 Å³
包络体积 envelope_volume	41753 Å³
水化壳体积 shell_volume	18964 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.7 Å
壳层 Rg shell_rg	24.74 Å
包络 Rg envelope_rg	18.78 Å
形状 Rg shape_rg	18.40 Å
总 Rg total_rg	19.32 Å
总原子数 total_atoms	2070
残基数 n_residues	260
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	65.7 Å
Rg (实空间) rg_real	19.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5620e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9460e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15620000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8590
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.346
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.186
角度范围 angular_range	— – 0.4150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5388000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.743; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.949

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Immunity Protein TriX
分子量 formula_weight	16638.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2401

MTDVDKRKIKIILNGEMEEAELHMITSPNRHCCLKIFHNNNQLAESNDTDYFSCFADLRNQLKNIIFLCKGAKINVYPSAMSRDMSDGIVAYETTLGQPGLPENQVHIFDFEDKYVDITPEEQRKFHSQWFESLVDHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Xenorhabdus bovienii SS-2004
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	406818
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Complete genome segment 11/17
分子量 formula_weight	15317.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAGGIGNKGDYIITYRGDTRSFTEIFDKGFETLGPSKDLYKHALDNRAPPSDFVSTTIDPTKTISFATKYGQKSGYMYTMKTNHGIDVNKALGARSPFAAEAEIAMPGGVRAEDILGARAVNADGEMWDYTILNPKRYGK

来源 Source

来源生物 organism	Xenorhabdus bovienii SS-2004
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	406818
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	282

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	77.995 Å
晶胞边长 b length_b	93.855 Å
晶胞边长 c length_c	39.903 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.280 Å
最低分辨率 resolution_low	40.210 Å
R 因子 r_factor	0.1711
R_work r_work	0.1707
R_free r_free	0.1849

fit	/app/data/saxs_computation/s2/8s2m/8s2m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/s2/8s2m/8s2m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/s2/8s2m/8s2m.dat

Xenorhabdus bovienii Rhs C-terminal toxin TreX complex with TriX immunity protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Immunity Protein TriX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Complete genome segment 11/17

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)