8sd2

Crystal structure of the A/Puerto Rico/8/1934 (H1N1) influenza virus hemagglutinin in complex with small molecule fusion inhibitor compound 4

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin HA1 chain

Influenza A virus (strain A/Puerto Rico/8/1934 H1N1)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 6 其他聚合物 3	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 NITRATE ION × 3 (S~6~S)-N-{3-chloro-4-[(2S)-2-phenylmorpholine-4-carbonyl]phenyl}-5,7-dihydro-6H-pyrrolo[3,4-b]pyridine-6-sulfonimidoyl fluoride × 3 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HEMA_I34A1
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–327； UniProt 18–343 作者链 B； PDB构建体 1–176； UniProt 344–519

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8sd2
沉积日期 deposition_date	2023-04-06
结构标题 title	Crystal structure of the A/Puerto Rico/8/1934 (H1N1) influenza virus hemagglutinin in complex with small molecule fusion inhibitor compound 4
关键词 keywords	influenza virus, fusion inhibitor, ANTIVIRAL PROTEIN; ANTIVIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8sd2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8sd2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8sd2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.82 Å
Rg（电子密度）	41.02 Å
总 Rg	41.08 Å
原子数	11631
残基数	1479
排除体积	204070 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8sd2__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Hemagglutinin HA1 chain
分子量 formula_weight	36707.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3918

GDTICIGYHANNSTDTVDTVLEKNVTVTHSVNLLEDSHNGKLCRLKGIAPLQLGKCNIAGWLLGNPECDPLLPVRSWSYIVETPNSENGICYPGDFIDYEELREQLSSVSSFERFEIFPKESSWPNHNTNGVTAACSHEGKSSFYRNLLWLTEKEGSYPKLKNSYVNKKGKEVLVLWGIHHPPNSKEQQNLYQNENAYVSVVTSNYNRRFTPEIAERPKVRDQAGRMNYYWTLLKPGDTIIFEANGNLIAPMYAFALSRGFGSGIITSNASMHECNTKCQTPLGAINSSLPYQNIHPVTIGECPKYVRSAKLRMVTGLRNIPSIQSR

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus (strain A/Puerto Rico/8/1934 H1N1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	211044
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Hemagglutinin HA2 chain
分子量 formula_weight	20138.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GLFGAIAGFIEGGWTGMIDGWYGYHHQNEQGSGYAADQKSTQNAINGITNKVNTVIEKMNIQFTAVGKEFNKLEKRMENLNKKVDDGFLDIWTYNAELLVLLENERTLDFHDSNVKNLYEKVKSQLKNNAKEIGNGCFEFYHKCDNECMESVRNGTYDYPKYSEESKLNREKVDGV

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus (strain A/Puerto Rico/8/1934 H1N1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	211044
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	NITRATE ION
分子量 formula_weight	62.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	(S~6~S)-N-{3-chloro-4-[(2S)-2-phenylmorpholine-4-carbonyl]phenyl}-5,7-dihydro-6H-pyrrolo[3,4-b]pyridine-6-sulfonimidoyl fluoride
分子量 formula_weight	501.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	41

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晶胞边长 a length_a	166.638 Å
晶胞边长 b length_b	166.638 Å
晶胞边长 c length_c	166.638 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	I 21 3
空间群编号 int_tables_number	199
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.810 Å
最低分辨率 resolution_low	44.580 Å
R 因子 r_factor	0.2195
R_work r_work	0.2167
R_free r_free	0.2613

Crystal structure of the A/Puerto Rico/8/1934 (H1N1) influenza virus hemagglutinin in complex with small molecule fusion inhibitor compound 4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin HA1 chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8sd2__assembly_1__model_1

8sd2__assembly_1__model_1 | I(q)

8sd2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the A/Puerto Rico/8/1934 (H1N1) influenza virus hemagglutinin in complex with small molecule fusion inhibitor compound 4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin HA1 chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8sd2__assembly_1__model_1

8sd2__assembly_1__model_1 | I(q)

8sd2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)