8slo

Plasmodium falciparum M1 aminopeptidase bound to selective inhibitor MIPS2673

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 93.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8slo
沉积日期 deposition_date	2023-04-24
结构标题 title	Plasmodium falciparum M1 aminopeptidase bound to selective inhibitor MIPS2673
关键词 keywords	;Plasmodium falciparum, malaria, metallo-exopeptidase, M1 aminopeptidase, aminopeptidase, HYDROLASE, HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex ;; HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.41 Å
零角强度 I(0) i0	160633000.00
分子量 molecular_weight	103430.0 kDa
排除体积 excluded_volume	130400 Å³
包络体积 envelope_volume	155130 Å³
水化壳体积 shell_volume	43891 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.7 Å
壳层 Rg shell_rg	37.03 Å
包络 Rg envelope_rg	28.55 Å
形状 Rg shape_rg	28.41 Å
总 Rg total_rg	29.18 Å
总原子数 total_atoms	7293
残基数 n_residues	889
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.4 Å
Rg (实空间) rg_real	29.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6060e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2070e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	160600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8865
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.272
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.259
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	46190000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.860; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.954

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	M1 family aminopeptidase
分子量 formula_weight	127095.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.11.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8772

MKLTKGCAYKYIIFTVLILANILYDNKKRCMIKKNLRISSCGIISRLLKSNSNYNSFNKNYNFTSAISELQFSNFWNLDILQKDIFSNIHNNKNKPQSYIIHKRLMSEKGDNNNNNHQNNNGNDNKKRLGSVVNNEENTCSDKRMKPFEEGHGITQVDKMNNNSDHLQQNGVMNLNSNNVENNNNNNSVVVKKNEPKIHYRKDYKPSGFIINQVTLNINIHDQETIVRSVLDMDISKHNVGEDLVFDGVGLKINEISINNKKLVEGEEYTYDNEFLTIFSKFVPKSKFAFSSEVIIHPETNYALTGLYKSKNIIVSQCEATGFRRITFFIDRPDMMAKYDVTVTADKEKYPVLLSNGDKVNEFEIPGGRHGARFNDPPLKPCYLFAVVAGDLKHLSATYITKYTKKKVELYVFSEEKYVSKLQWALECLKKSMAFDEDYFGLEYDLSRLNLVAVSDFNVGAMENKGLNIFNANSLLASKKNSIDFSYARILTVVGHEYFHQYTGNRVTLRDWFQLTLKEGLTVHRENLFSEEMTKTVTTRLSHVDLLRSVQFLEDSSPLSHPIRPESYVSMENFYTTTVYDKGSEVMRMYLTILGEEYYKKGFDIYIKKNDGNTATCEDFNYAMEQAYKMKKADNSANLNQYLLWFSQSGTPHVSFKYNYDAEKKQYSIHVNQYTKPDENQKEKKPLFIPISVGLINPENGKEMISQTTLELTKESDTFVFNNIAVKPIPSLFRGFSAPVYIEDQLTDEERILLLKYDSDAFVRYNSCTNIYMKQILMNYNEFLKAKNEKLESFQLTPVNAQFIDAIKYLLEDPHADAGFKSYIVSLPQDRYIINFVSNLDTDVLADTKEYIYKQIGDKLNDVYYKMFKSLEAKADDLTYFNDESHVDFDQMNMRTLRNTLLSLLSKAQYPNILNEIIEHSKSPYPSNWLTSLSVSAYFDKYFELYDKTYKLSKDDELLLQEWLKTVSRSDRKDIYEILKKLENEVLKDSKNPNDIRAVYLPFTNNLRRFHDISGKGYKLIAEVITKTDKFNPMVATQLCEPFKLWNKLDTKRQELMLNEMNTMLQEPQISNNLKEYLLRLTNKLHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum
通用名 common_name	malaria parasite P. falciparum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5833
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-hydroxy-N-[(1R)-2-(hydroxyamino)-2-oxo-1-(3',4',5'-trifluoro[1,1'-biphenyl]-4-yl)ethyl]-2-methylpropanamide
分子量 formula_weight	382.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1295

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	76.398 Å
晶胞边长 b length_b	108.526 Å
晶胞边长 c length_c	117.548 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	46.580 Å
R 因子 r_factor	0.1727
R_work r_work	0.1712
R_free r_free	0.2017

fit	/app/data/saxs_computation/sl/8slo/8slo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sl/8slo/8slo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sl/8slo/8slo.dat