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8sqn

CryoEM structure of Western equine encephalitis virus VLP in complex with the chimeric Du-D1-Mo-D2 MXRA8 receptor

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 198.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E1 envelope glycoprotein

Western equine encephalitis virus

UniProt Q1W679

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 798–1235 链 D； UniProt 321–735 链 F； UniProt 798–1235 链 H； UniProt 321–735 链 J； UniProt 798–1235 链 L； UniProt 321–735 链 N； UniProt 798–1235 链 P； UniProt 321–735 片段：UNP residues 798-1235 片段：UNP residues 321-735 DuD1MoD2 chimeric MXRA8 × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.89 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8SQN Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8DAN CryoEM structure of Western equine encephalitis virus VLP in complex with the avian MXRA8 receptor 提交 2022-06-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 798–1235（438 aa）
链 B 321–735（415 aa）
链 D 798–1235（438 aa）
链 E 321–735（415 aa）
链 G 798–1235（438 aa）
链 H 321–735（415 aa）
链 J 798–1235（438 aa）
链 K 321–735（415 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.74 Å
8DAQ CryoEM structure of Western equine encephalitis virus VLP 提交 2022-06-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 798–1235（438 aa）
链 B 321–735（415 aa）
链 C 798–1235（438 aa）
链 D 321–735（415 aa）
链 E 798–1235（438 aa）
链 F 321–735（415 aa）
链 G 798–1235（438 aa）
链 H 321–735（415 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.35 Å
9DQV Structure of western equine encephalitis virus CBA87 VLP in complex with human PCDH10 EC1 提交 2024-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric
链 B 320–722（403 aa）
链 E 320–722（403 aa）
链 H 320–722（403 aa）
链 K 320–722（403 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9DQX Structure of western equine encephalitis virus CBA87 VLP 提交 2024-09-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 A 798–1234（437 aa） 片段：UNP residues 798-1235
链 B 320–725（406 aa）
链 D 798–1234（437 aa） 片段：UNP residues 798-1235
链 E 320–725（406 aa）
链 G 798–1234（437 aa） 片段：UNP residues 798-1235
链 H 320–725（406 aa）
链 J 798–1234（437 aa） 片段：UNP residues 798-1235
链 K 320–725（406 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9E96 WEEV CBA87 VLP in complex with human PCDH10-EC1 提交 2024-11-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric
链 A 798–1236（439 aa）
链 B 330–737（408 aa）
链 F 798–1236（439 aa）
链 G 330–737（408 aa）
链 J 798–1236（439 aa）
链 K 330–737（408 aa）
链 N 798–1236（439 aa）
链 O 330–737（408 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.05 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q1W679_WEEV
Isoform —
PDB实体 2, 3
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–438； UniProt 798–1235 作者链 F； PDB构建体 1–438； UniProt 798–1235 作者链 J； PDB构建体 1–438； UniProt 798–1235 作者链 N； PDB构建体 1–438； UniProt 798–1235 作者链 D； PDB构建体 1–415； UniProt 321–735 作者链 H； PDB构建体 1–415； UniProt 321–735 作者链 L； PDB构建体 1–415； UniProt 321–735 作者链 P； PDB构建体 1–415； UniProt 321–735

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8sqn

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8sqn
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8sqn
沉积日期 deposition_date2023-05-04
结构标题 titleCryoEM structure of Western equine encephalitis virus VLP in complex with the chimeric Du-D1-Mo-D2 MXRA8 receptor
关键词 keywords;WEEV, MXRA8, Receptor, Alphavirus, Avian, VLP, Structural Genomics, PSI-2, Protein Structure Initiative, Center for Structural Genomics of Infectious Diseases, CSGID, VIRAL PROTEIN-SIGNALING PROTEIN complex ;; VIRAL PROTEIN/SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier59.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron59.03 Å
零角强度 I(0) i02349400000.00
分子量 molecular_weight405260.0 kDa
排除体积 excluded_volume506360 ų
包络体积 envelope_volume835700 ų
水化壳体积 shell_volume117290 ų
包络直径 envelope_diameter203.3 Å
壳层 Rg shell_rg62.16 Å
包络 Rg envelope_rg57.77 Å
形状 Rg shape_rg58.95 Å
总 Rg total_rg59.40 Å
总原子数 total_atoms56304
残基数 n_residues3677
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax198.4 Å
Rg (实空间) rg_real59.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.30 Å
I(0) (实空间) i0_real2.3490e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.5430e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal59.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2351000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8721
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary68.7 Å
偏度 Skewness skewness0.216
峰度 Kurtosis kurtosis-0.383
角度范围 angular_range— – 0.1300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha126800000.0000
实空间数据点数 n_real_points27
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.858; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.798
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)