← 返回搜索
8t1r

Crystal structure of human CPSF73 catalytic segment in complex with compound 2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 82.5 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3

Homo sapiens

UniProt Q9UKF6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–459 未记录 XZC 3-[7,7-bis(oxidanyl)-8-oxa-7-boranuidabicyclo[4.3.0]nona-1,3,5-trien-5-yl]-~{N}-[3-(3-methoxyphenyl)phenyl]propanamide × 1 FE FE (III) ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；18-30% (w/v) PEG3350, 200-250 mM ammonium sulfate and 0.1 M Bis-Tris pH 6.3-6.7 分辨率 2.20 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8T1R Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2I7T Structure of human CPSF-73 提交 2006-08-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–459（459 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；100mM MOPS (pH 6.5), 16% PEG 3350, 300mM sodium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
分辨率 2.10 Å R-free 0.276
2I7V Structure of Human CPSF-73 提交 2006-08-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–459（459 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；100mM MOPS (pH 6.5), 300mM sodium sulfate, 16% PEG 3350, 0.5mM Zinc Chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
分辨率 2.10 Å R-free 0.252
6M8Q Cleavage and Polyadenylation Specificity Factor Subunit 3 (CPSF3) in complex with NVP-LTM531 提交 2018-08-22 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–459（459 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 JBG N-{3,5-dichloro-2-hydroxy-4-[2-(4-methylpiperazin-1-yl)ethoxy]benzene-1-carbonyl}-L-phenylalanine × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294 K；Reservoir solution: 100 mM Tris HCl pH 7.0; 0.4 M NaH2PO4; 1.466 K2HPO; 0.2 M NaCl 10 mg/mL Protein solution: CPSF3 protein in; 20 mM Hepes pH 7.7; 150 mM NaCl; 5 % glycerol; 1 mM DTT; 0.5 mM NVP-LTM531 Co-crystallization Protocol: 50 nL of protein mixed with 50 nL of reservoir solution. Crystals grew within 1 day with tetragonal bipyramidal habitus and reached a maximum size of 50 micrometers after 3 days. Cryo-protection Protocol: supplemented reservoir solution with 10 and 20% glycerol, respectively, and subsequently added both solution within 5 min. Crystals incubate for another 5 min before harvesting.
分辨率 2.49 Å R-free 0.221
6M8Q Cleavage and Polyadenylation Specificity Factor Subunit 3 (CPSF3) in complex with NVP-LTM531 提交 2018-08-22 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–459（459 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 JBG N-{3,5-dichloro-2-hydroxy-4-[2-(4-methylpiperazin-1-yl)ethoxy]benzene-1-carbonyl}-L-phenylalanine × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294 K；Reservoir solution: 100 mM Tris HCl pH 7.0; 0.4 M NaH2PO4; 1.466 K2HPO; 0.2 M NaCl 10 mg/mL Protein solution: CPSF3 protein in; 20 mM Hepes pH 7.7; 150 mM NaCl; 5 % glycerol; 1 mM DTT; 0.5 mM NVP-LTM531 Co-crystallization Protocol: 50 nL of protein mixed with 50 nL of reservoir solution. Crystals grew within 1 day with tetragonal bipyramidal habitus and reached a maximum size of 50 micrometers after 3 days. Cryo-protection Protocol: supplemented reservoir solution with 10 and 20% glycerol, respectively, and subsequently added both solution within 5 min. Crystals incubate for another 5 min before harvesting.
分辨率 2.49 Å R-free 0.221
6V4X Cryo-EM structure of an active human histone pre-mRNA 3'-end processing machinery at 3.2 Angstrom resolution 提交 2019-12-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 H 1–684（684 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8T1Q Crystal structure of human CPSF73 catalytic segment in complex with compound 1 提交 2023-06-02 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–459（459 aa）
未记录 XYX 3-[7,7-bis(oxidanyl)-8-oxa-7-boranuidabicyclo[4.3.0]nona-1,3,5-trien-5-yl]-~{N}-[3-(4-ethanoylphenyl)phenyl]propanamide × 1 CL CHLORIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 FE FE (III) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；18-30% (w/v) PEG3350, 200-250 mM ammonium sulfate and 0.1 M Bis-Tris pH 6.3-6.7
分辨率 1.70 Å R-free 0.215
9NB1 CRYO-EM STRUCTURE OF human U7 SNRNP WITH MUTANT LSM11 that disrupts contacts with CPSF73 提交 2025-02-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 H 1–684（684 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.85 Å
9NGO CRYO-EM STRUCTURE OF HUMAN U7 SNRNP WITH METHYLATED noncleavable H2A* SUBSTRATE PRE-MRNA (FOCUS MAP) 提交 2025-02-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 1–684（684 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.01 Å
9NH5 CRYO-EM STRUCTURE OF HUMAN U7 SNRNP WITH METHYLATED noncleavable H2A* SUBSTRATE PRE-MRNA (core region) 提交 2025-02-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 H 1–684（684 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.82 Å
9NH6 CRYO-EM STRUCTURE OF HUMAN U7 SNRNP WITH METHYLATED noncleavable H2A* SUBSTRATE PRE-MRNA (COMPOSITE MAP) 提交 2025-02-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 H 1–684（684 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.82 Å

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CPSF3_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 21–479； UniProt 1–459

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8t1r

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8t1r
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8t1r
沉积日期 deposition_date2023-06-02
结构标题 titleCrystal structure of human CPSF73 catalytic segment in complex with compound 2
关键词 keywordsnuclease, complex, HYDROLASE, HYDROLASE-INHIBITOR complex; HYDROLASE/INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.44 Å
零角强度 I(0) i040060500.00
分子量 molecular_weight49118.0 kDa
排除体积 excluded_volume61466 ų
包络体积 envelope_volume71162 ų
水化壳体积 shell_volume26284 ų
包络直径 envelope_diameter85.9 Å
壳层 Rg shell_rg29.71 Å
包络 Rg envelope_rg22.90 Å
形状 Rg shape_rg22.45 Å
总 Rg total_rg23.24 Å
总原子数 total_atoms3445
残基数 n_residues426
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax82.5 Å
Rg (实空间) rg_real23.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real4.0060e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.7310e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal40060000.0000
解质量估计 total_estimate0.8505
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.9 Å
偏度 Skewness skewness0.407
峰度 Kurtosis kurtosis-0.116
角度范围 angular_range— – 0.3400 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha10880000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.704; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.963
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)