8tfa

;Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1 (DIPP1/NUDT3) in complex with myo-5-PP-IP4, produced upon myo-(2OH)-IP5 phosphorylation by TvIPK ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 48.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tfa
沉积日期 deposition_date	2023-07-09
结构标题 title	;Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1 (DIPP1/NUDT3) in complex with myo-5-PP-IP4, produced upon myo-(2OH)-IP5 phosphorylation by TvIPK ;
关键词 keywords	inositol phosphate, inositol, phosphatase, NUT3, DIPP1, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.05 Å
零角强度 I(0) i0	5946400.00
分子量 molecular_weight	16317.0 kDa
排除体积 excluded_volume	19856 Å³
包络体积 envelope_volume	22355 Å³
水化壳体积 shell_volume	13256 Å³
包络直径 envelope_diameter	47.7 Å
壳层 Rg shell_rg	20.13 Å
包络 Rg envelope_rg	14.39 Å
形状 Rg shape_rg	14.07 Å
总 Rg total_rg	15.10 Å
总原子数 total_atoms	1136
残基数 n_residues	135
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	48.3 Å
Rg (实空间) rg_real	15.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.9460e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.7930e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5946000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8897
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.120
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.408
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1231000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.859; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.990

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1
分子量 formula_weight	17115.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.52,3.6.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1365

MMKLKSNQTRTYDGDGYKKRAACLCFRSESEEEVLLVSSSRHPDRWIVPGGGMEPEEEPSVAAVREVCEEAGVKGTLGRLVGIFENQERKHRTYVYVLIVTEVLEDWEDSVNIGRKREWFKIEDAIKVLQYHKPVQASYFETLRQGYS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	(1r,2R,3S,4r,5R,6S)-4-hydroxy-2,3,5,6-tetrakis(phosphonooxy)cyclohexyl trihydrogen diphosphate
分子量 formula_weight	660.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	FLUORIDE ION
分子量 formula_weight	19.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	183

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	45.304 Å
晶胞边长 b length_b	59.640 Å
晶胞边长 c length_c	62.698 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.400 Å
最低分辨率 resolution_low	36.100 Å
R 因子 r_factor	0.1545
R_work r_work	0.1537
R_free r_free	0.1686

fit	/app/data/saxs_computation/tf/8tfa/8tfa.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tf/8tfa/8tfa.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tf/8tfa/8tfa.dat