SAXSdb — 8tfu

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Recombination protein bet

Escherichia phage Lambda

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 182–261	突变：GSHM	Plasmid-derived single-stranded DNA-binding protein × 1 （P28044）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；0.48 M sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.2 M potassium phosphate dibasic	分辨率 1.48 Å R-free 0.220
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 182–261	突变：GSHM	Plasmid-derived single-stranded DNA-binding protein × 1 （P28044）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；0.48 M sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.2 M potassium phosphate dibasic	分辨率 1.48 Å R-free 0.220

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8TFU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6M9K Crystal structure of lambda exonuclease in complex with the Red beta C-terminal domain 提交 2018-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 194–260（67 aa）链 E 194–260（67 aa）链 F 194–260（67 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；298 K；PEG3350, LISO4, BIS-TRIS	分辨率 2.30 Å R-free 0.254
7UJL Bacteriophage Lambda Red-Beta N-terminal domain helical assembly in complex with dsDNA 提交 2022-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：180-meric	链 A 1–177（177 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-177)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample loading volume ranged between 2 and 3 microlitres. Samples were blotted for 5 seconds prior to vitrification.	分辨率 3.30 Å
7UJL Bacteriophage Lambda Red-Beta N-terminal domain helical assembly in complex with dsDNA 提交 2022-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–177（177 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-177)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample loading volume ranged between 2 and 3 microlitres. Samples were blotted for 5 seconds prior to vitrification.	分辨率 3.30 Å
8TG7 Structure of Red beta C-terminal domain in complex with SSB C-terminal peptide, Form 2 提交 2023-07-12	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 182–261（80 aa）	突变：N-terminal GSHM	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.6；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.6	分辨率 1.77 Å R-free 0.234
8TG7 Structure of Red beta C-terminal domain in complex with SSB C-terminal peptide, Form 2 提交 2023-07-12	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 182–261（80 aa）	突变：N-terminal GSHM	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.6；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.6	分辨率 1.77 Å R-free 0.234
8TG8 Structure of Red beta C-terminal domain in complex with SSB C-terminal peptide, Form 3 提交 2023-07-12	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 182–261（80 aa）	突变：N-terminal GSHM	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.6；298 K；1.2 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M Tris pH 8.6	分辨率 1.58 Å R-free 0.232
8TGC Structure of Red beta C-terminal domain in complex with SSB C-terminal peptide, Form 4 提交 2023-07-12	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 182–261（80 aa）	突变：N-TERMINAL GSHM	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；2.4 M ammonium phosphate dibasic, 0.1M Tris pH 8.5	分辨率 1.48 Å R-free 0.259
8TGC Structure of Red beta C-terminal domain in complex with SSB C-terminal peptide, Form 4 提交 2023-07-12	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 182–261（80 aa）	突变：N-TERMINAL GSHM	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；2.4 M ammonium phosphate dibasic, 0.1M Tris pH 8.5	分辨率 1.48 Å R-free 0.259

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VBET_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–84； UniProt 182–261 作者链 B； PDB构建体 5–84； UniProt 182–261

Plasmid-derived single-stranded DNA-binding protein

物种未注明

UniProt P28044

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 166–175	片段：C-terminal peptide	Recombination protein bet × 1 （P03698）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；0.48 M sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.2 M potassium phosphate dibasic	分辨率 1.48 Å R-free 0.220
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 166–175	片段：C-terminal peptide	Recombination protein bet × 1 （P03698）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；0.48 M sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.2 M potassium phosphate dibasic	分辨率 1.48 Å R-free 0.220

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8TFU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8TG7 Structure of Red beta C-terminal domain in complex with SSB C-terminal peptide, Form 2 提交 2023-07-12	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 166–175（10 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.6；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.6	分辨率 1.77 Å R-free 0.234
8TG7 Structure of Red beta C-terminal domain in complex with SSB C-terminal peptide, Form 2 提交 2023-07-12	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 166–175（10 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.6；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.6	分辨率 1.77 Å R-free 0.234
8TGC Structure of Red beta C-terminal domain in complex with SSB C-terminal peptide, Form 4 提交 2023-07-12	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 166–175（10 aa）片段：C-terminal peptide	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；2.4 M ammonium phosphate dibasic, 0.1M Tris pH 8.5	分辨率 1.48 Å R-free 0.259
8TGC Structure of Red beta C-terminal domain in complex with SSB C-terminal peptide, Form 4 提交 2023-07-12	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 166–175（10 aa）片段：C-terminal peptide	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；2.4 M ammonium phosphate dibasic, 0.1M Tris pH 8.5	分辨率 1.48 Å R-free 0.259

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SSB7_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–10； UniProt 166–175 作者链 D； PDB构建体 1–10； UniProt 166–175

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tfu
沉积日期 deposition_date	2023-07-11
结构标题 title	Structure of Red beta C-terminal domain in complex with SSB C-terminal peptide, Form 1
关键词 keywords	;Recombination, Recombineering, Single Strand Annealing, Single-stranded DNA binding protein, genome engineering, DNA BINDING PROTEIN ;; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.33 Å
零角强度 I(0) i0	6049370.00
分子量 molecular_weight	17894.0 kDa
排除体积 excluded_volume	22394 Å³
包络体积 envelope_volume	27279 Å³
水化壳体积 shell_volume	13929 Å³
包络直径 envelope_diameter	59.8 Å
壳层 Rg shell_rg	22.37 Å
包络 Rg envelope_rg	17.51 Å
形状 Rg shape_rg	17.31 Å
总 Rg total_rg	18.29 Å
总原子数 total_atoms	1258
残基数 n_residues	159
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.3 Å
Rg (实空间) rg_real	18.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.0490e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.9290e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6049000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8737
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.336
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.409
角度范围 angular_range	— – 0.4350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1460000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.792; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.991

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Recombination protein bet
分子量 formula_weight	9428.6 kDa
突变 mutation	GSHM
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1407

GSHMTAYTAERQPERDITPVNDETMQEINTLLIALDKTWDDDLLPLCSQIFRRDIRASSELTQAEAVKALGFLKQKAAEQKVAA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage Lambda
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Plasmid-derived single-stranded DNA-binding protein
分子量 formula_weight	1300.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

WMDFDDDIPF

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	149

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	37.810 Å
晶胞边长 b length_b	68.252 Å
晶胞边长 c length_c	70.888 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.482 Å
最低分辨率 resolution_low	34.149 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1815
R_free r_free	0.2202

fit	/app/data/saxs_computation/tf/8tfu/8tfu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tf/8tfu/8tfu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tf/8tfu/8tfu.dat

Structure of Red beta C-terminal domain in complex with SSB C-terminal peptide, Form 1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Recombination protein bet

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Plasmid-derived single-stranded DNA-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)