SAXSdb — 8tlk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cell division cycle-associated protein 7

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 232–371	未记录	DNA (32-MER) × 2 ZN ZINC ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris pH6.0, 25%PEG3350	分辨率 2.99 Å R-free 0.302
2	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 232–371	未记录	DNA (32-MER) × 2 ZN ZINC ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris pH6.0, 25%PEG3350	分辨率 2.99 Å R-free 0.302

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8TLK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8YV8 Cryo-EM structure of CDCA7 bound to nucleosome including hemimethylated CpG site in Widom601 positioning sequence. 提交 2024-03-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 K 264–371（108 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDCA7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–144； UniProt 232–371 作者链 B； PDB构建体 5–144； UniProt 232–371

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tlk
沉积日期 deposition_date	2023-07-26
结构标题 title	CDCA7 (Human) Binds Non-B-form 32-mer DNA oligo Containing a 5mC
关键词 keywords	PROTEIN-DNA COMPLEX, DNA BINDING PROTEIN, zinc fingers, chromatin architecture, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.23 Å
零角强度 I(0) i0	57824800.00
分子量 molecular_weight	43698.0 kDa
排除体积 excluded_volume	47773 Å³
包络体积 envelope_volume	79722 Å³
水化壳体积 shell_volume	23557 Å³
包络直径 envelope_diameter	119.2 Å
壳层 Rg shell_rg	33.83 Å
包络 Rg envelope_rg	31.88 Å
形状 Rg shape_rg	31.13 Å
总 Rg total_rg	31.63 Å
总原子数 total_atoms	2947
残基数 n_residues	268
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	112.0 Å
Rg (实空间) rg_real	33.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.19 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.7820e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.8510e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	57820000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8007
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	44.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.347
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.296
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2603000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.813; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.791; Smooth: 0.182

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cell division cycle-associated protein 7
分子量 formula_weight	16418.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3020

GPLGSVTLPHIIRPVEEITEEELENVCSNSREKIYNRSLGSTCHQCRQKTIDTKTNCRNPDCWGVRGQFCGPCLRNRYGEEVRDALLDPNWHCPPCRGICNCSFCRQRDGRCATGVLVYLAKYHGFGNVHAYLKSLKQEFEMQA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA (32-MER)
分子量 formula_weight	9864.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	X,C

CGACGCCCTGTCGCTGAGAAGCGTTTGCGTCG

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	65

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	173.479 Å
晶胞边长 b length_b	31.538 Å
晶胞边长 c length_c	94.566 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.18 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.990 Å
最低分辨率 resolution_low	43.060 Å
R 因子 r_factor	0.2454
R_work r_work	0.2426
R_free r_free	0.3018

fit	/app/data/saxs_computation/tl/8tlk/8tlk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tl/8tlk/8tlk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tl/8tlk/8tlk.dat

CDCA7 (Human) Binds Non-B-form 32-mer DNA oligo Containing a 5mC

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cell division cycle-associated protein 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)