8to2

Bottom cylinder of high-resolution phycobilisome quenched by OCP (local refinement)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phycobiliprotein ApcE

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 29	Orange carotenoid-binding protein × 1 （P74102） Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core × 2 （Q02925） Allophycocyanin alpha chain × 10 （Q01951） Allophycocyanin beta chain × 11 （Q01952） Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG × 1 （P73093） Allophycocyanin subunit alpha-B × 1 （P72870） Allophycocyanin subunit beta-18 × 1 （P74551） Translation initiation factor IF-2 × 1 （A0A6P1VGS4） PHYCOCYANOBILIN × 24 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	APCE_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–896； UniProt 1–896

Orange carotenoid-binding protein

物种未注明

UniProt P74102

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 29	Phycobiliprotein ApcE × 1 （Q55544） Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core × 2 （Q02925） Allophycocyanin alpha chain × 10 （Q01951） Allophycocyanin beta chain × 11 （Q01952） Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG × 1 （P73093） Allophycocyanin subunit alpha-B × 1 （P72870） Allophycocyanin subunit beta-18 × 1 （P74551） Translation initiation factor IF-2 × 1 （A0A6P1VGS4） PHYCOCYANOBILIN × 24 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OCP_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–317； UniProt 1–317

Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

物种未注明

UniProt Q02925

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 29	Phycobiliprotein ApcE × 1 （Q55544） Orange carotenoid-binding protein × 1 （P74102） Allophycocyanin alpha chain × 10 （Q01951） Allophycocyanin beta chain × 11 （Q01952） Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG × 1 （P73093） Allophycocyanin subunit alpha-B × 1 （P72870） Allophycocyanin subunit beta-18 × 1 （P74551） Translation initiation factor IF-2 × 1 （A0A6P1VGS4） PHYCOCYANOBILIN × 24 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PYC1_SYNY4
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–67； UniProt 1–67 作者链 c； PDB构建体 1–67； UniProt 1–67

Allophycocyanin alpha chain

物种未注明

UniProt Q01951

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 29	Phycobiliprotein ApcE × 1 （Q55544） Orange carotenoid-binding protein × 1 （P74102） Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core × 2 （Q02925） Allophycocyanin beta chain × 11 （Q01952） Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG × 1 （P73093） Allophycocyanin subunit alpha-B × 1 （P72870） Allophycocyanin subunit beta-18 × 1 （P74551） Translation initiation factor IF-2 × 1 （A0A6P1VGS4） PHYCOCYANOBILIN × 24 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHAA_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 F； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 H； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 J； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 L； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 N； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 f； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 h； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 j； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 l； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161

Allophycocyanin beta chain

物种未注明

UniProt Q01952

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 29	Phycobiliprotein ApcE × 1 （Q55544） Orange carotenoid-binding protein × 1 （P74102） Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core × 2 （Q02925） Allophycocyanin alpha chain × 10 （Q01951） Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG × 1 （P73093） Allophycocyanin subunit alpha-B × 1 （P72870） Allophycocyanin subunit beta-18 × 1 （P74551） Translation initiation factor IF-2 × 1 （A0A6P1VGS4） PHYCOCYANOBILIN × 24 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	APCB_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 G； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 I； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 K； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 M； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 O； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 e； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 g； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 i； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 k； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 m； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161

Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG

物种未注明

UniProt P73093

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 29	Phycobiliprotein ApcE × 1 （Q55544） Orange carotenoid-binding protein × 1 （P74102） Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core × 2 （Q02925） Allophycocyanin alpha chain × 10 （Q01951） Allophycocyanin beta chain × 11 （Q01952） Allophycocyanin subunit alpha-B × 1 （P72870） Allophycocyanin subunit beta-18 × 1 （P74551） Translation initiation factor IF-2 × 1 （A0A6P1VGS4） PHYCOCYANOBILIN × 24 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PYG_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249

Allophycocyanin subunit alpha-B

物种未注明

UniProt P72870

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 29	Phycobiliprotein ApcE × 1 （Q55544） Orange carotenoid-binding protein × 1 （P74102） Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core × 2 （Q02925） Allophycocyanin alpha chain × 10 （Q01951） Allophycocyanin beta chain × 11 （Q01952） Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG × 1 （P73093） Allophycocyanin subunit beta-18 × 1 （P74551） Translation initiation factor IF-2 × 1 （A0A6P1VGS4） PHYCOCYANOBILIN × 24 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	APCD_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 d； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161

Allophycocyanin subunit beta-18

物种未注明

UniProt P74551

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 29	Phycobiliprotein ApcE × 1 （Q55544） Orange carotenoid-binding protein × 1 （P74102） Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core × 2 （Q02925） Allophycocyanin alpha chain × 10 （Q01951） Allophycocyanin beta chain × 11 （Q01952） Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG × 1 （P73093） Allophycocyanin subunit alpha-B × 1 （P72870） Translation initiation factor IF-2 × 1 （A0A6P1VGS4） PHYCOCYANOBILIN × 24 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	APCF_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 o； PDB构建体 1–169； UniProt 1–169

Translation initiation factor IF-2

物种未注明

UniProt A0A6P1VGS4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 29	Phycobiliprotein ApcE × 1 （Q55544） Orange carotenoid-binding protein × 1 （P74102） Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core × 2 （Q02925） Allophycocyanin alpha chain × 10 （Q01951） Allophycocyanin beta chain × 11 （Q01952） Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG × 1 （P73093） Allophycocyanin subunit alpha-B × 1 （P72870） Allophycocyanin subunit beta-18 × 1 （P74551） PHYCOCYANOBILIN × 24 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A6P1VGS4_9SYNC
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 p； PDB构建体 1–121； UniProt 1–121

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8to2
沉积日期 deposition_date	2023-08-02
结构标题 title	Bottom cylinder of high-resolution phycobilisome quenched by OCP (local refinement)
关键词 keywords	Complex, light harvesting, pigment, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8to2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8to2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8to2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	49.51 Å
Rg（电子密度）	48.72 Å
总 Rg	49.10 Å
原子数	74379
残基数	4737
排除体积	664410 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8to2__assembly_1__model_1`	29-meric （29）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phycobiliprotein ApcE
分子量 formula_weight	100412.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	74379

MSVKASGGSSLARPQLYQTVPVSAISQAEQQDRFLEGSELNELTAYFQSGALRLEIAETLTQNADLIVSRAANRIFTGGSPLSYLEKPVERQPALVGASSDSRNGSVTYAESNGSGGLFGGLRSVFSSTGPIPPGFRPINIARYGPSNMQKSLRDMSWFLRYTTYAIVAGDPNIIVVNTRGLKEVIENACSIDATIVAIQEMRAASADYFRNNAQAKEIVLQYFDILLSEFKAPTPANKVRQGPSNDIQGLELPQSYFNAAAKRQKYAMKPGLSALEKNAVIKAAYRQIFERDITKAYSQSISYLESQVRNGDISMKEFVRRLAKSPLYRKQFFEPFINSRALELAFRHILGRGPSSREEVQKYFSIVSSGGLPALVDALVDSQEYADYFGEETVPYLRGLGVEAQECRNWGMQQDLFSYSAPFRKVPQFITTFAQYDRPLPDQHVYGSGNDPLEIQFGAIFPKETRNPSKRPAPFNKDTKRILIHRGPAVNNQVGNPSAVGEFPGSLGAKVFRLNGGLPGAKVGKNTGTSVKFGESSTQALIRAAYRQVFGRDLYEGQRLSVAEIQLENGDISVREFIKRLAKSELFLKLYWAPHYVCKAIEYMHRRLLGRPTYGRQEMNQYFDIASKQGFYAVVEAMIDSKEYSDAFGEDTVPYERYLTPGGLQMRSARVGSLREDIGQRVDKEVTPRFVELGQVSAIRTEPEIAYRSNQGVTRQRQQTKVFKLVSTYDKVAVKNAIRAAYRQVFERDLEPYIINSEFTALESKLSNNEINVKEFIEGLGTSELYMKEFYAPYPNTKVIEMGTKHFLGRAPLNQKEIQQYNQILASQGLKAFIGAMVNGMEYLQTFGEDTVPYRRFPTLPAANFPNTERLYNKLTKQDKELVVPSFTPVVKVGG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Orange carotenoid-binding protein
分子量 formula_weight	34684.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MPFTIDSARGIFPNTLAADVVPATIARFSQLNAEDQLALIWFAYLEMGKTLTIAAPGAASMQLAENALKEIQAMGPLQQTQAMCDLANRADTPLCRTYASWSPNIKLGFWYRLGELMEQGFVAPIPAGYQLSANANAVLATIQGLESGQQITVLRNAVVDMGFTAGKDGKRIAEPVVPPQDTASRTKVSIEGVTNATVLNYMDNLNANDFDTLIELFTSDGALQPPFQRPIVGKENVLRFFREECQNLKLIPERGVTEPAEDGFTQIKVTGKVQTPWFGGNVGMNIAWRFLLNPEGKIFFVAIDLLASPKELLNFAR

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
分子量 formula_weight	7817.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,c

MRMFRITACVPSQTRIRTQRELQNTYFTKLVPYDNWFREQQRIMKMGGKIVKVELATGRPGTNAGLA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Allophycocyanin alpha chain
分子量 formula_weight	17429.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,F,H,J,L,N,f,h,j,l

MSIVTKSIVNADAEARYLSPGELDRIKAFVTGGAARLRIAETLTGSRETIVKQAGDRLFQKRPDIVSPGGNAYGEEMTATCLRDMDYYLRLVTYGVVSGDVTPIEEIGLVGVREMYRSLGTPIEAVAQSVREMKEVASGLMSSDDAAEASAYFDFVIGKMS

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Allophycocyanin beta chain
分子量 formula_weight	17231.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	11

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,G,I,K,M,O,e,g,i,k,m

MQDAITAVINSADVQGKYLDGAAMDKLKSYFASGELRVRAASVISANAATIVKEAVAKSLLYSDVTRPGGNMYTTRRYAACIRDLDYYLRYATYAMLAGDASILDERVLNGLKETYNSLGVPISSTVQAIQAIKEVTASLVGADAGKEMGVYLDYICSGLS

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG
分子量 formula_weight	28938.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MALPLLNYAPKSQNVRVEGYEIGSEEKPVVFTTENILSSSDMDNLIEAAYRQIFFHAFKWDREKVLESQLRNGQITVRDFVRGLLLSNTFRNSFYEKNSNYRFVEHCVQKILGRDVYSEREKIAWSIVVATKGYQGLIDDLLNSDEYLNNFGYDTVPYQRRRNLPGREAGELPFNIKSPRYDAYHRRQLGFPQIVWQNEVRRFIPQEKKLTAGNPMNFLGMARSINPAANTIPKVSAQNINIEASVPRR

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Allophycocyanin subunit alpha-B
分子量 formula_weight	17940.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d

MSVVSQVILQADDQLRYPTSGELKGIQAFLTTGAQRIRIAETLAENEKKIVDQAQKQLFKKHPEYRAPGGNAYGQRQYNQCLRDYGWYLRLVTYGVLAGNKEPIETTGLIGVKEMYNSLNVPVPGMVDAVTVLKDAALGLLSAEDANETAPYFDYIIQFMS

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Allophycocyanin subunit beta-18
分子量 formula_weight	18911.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	o

MRDAVTTLIKNYDLTGRYLDRNAMDELKAYFESGSARIAAAAMINANSATIVKRAAAQLFEEIPELIRPSGNAYTTRRFSACLRDMDYYLRYASYALIAADNNVLDERVLQGLRETYNSLGVPIGPTVRGIQIMKEMIEAMAEDSSLNSTDFIASPFDHMTRELSELSV

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Translation initiation factor IF-2
分子量 formula_weight	12928.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	p

MLKKLFGAKKEFYVQLDESQAPAQVEEADVAIVKSEVAPVEKPAPTTSKKTSIKKKSATKAAAPVETPASAPVAPAPKAKVDPSQVAFASGDPIPQNVARRTPGPSLNRFKEMARQVKVKR

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	PHYCOCYANOBILIN
分子量 formula_weight	588.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	beta,beta-carotene-4,4'-dione
分子量 formula_weight	564.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	153576

Bottom cylinder of high-resolution phycobilisome quenched by OCP (local refinement)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phycobiliprotein ApcE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Orange carotenoid-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Allophycocyanin alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Allophycocyanin beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Allophycocyanin subunit alpha-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Allophycocyanin subunit beta-18

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Translation initiation factor IF-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8to2__assembly_1__model_1

8to2__assembly_1__model_1 | I(q)

8to2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment