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8tp5

H1 hemagglutinin (NC99) in complex with RBS-targeting Fab 1-1-1E04

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 172.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin HA1 chain

Influenza A virus (A/New Caledonia/20/1999(H1N1))

UniProt Q6WG00

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 12 其他聚合物 3 PDB 声明：12-meric（12） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 18–339 链 B； UniProt 344–514 链 C； UniProt 18–339 链 D； UniProt 344–514 链 G； UniProt 18–339 链 I； UniProt 344–514 未记录 Heavy chain of Fab 1-1-1E04 × 3 Light chain of Fab 1-1-1E04 × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8TP5 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5C0R Crystal Structure of a Generation 3 Influenza Hemagglutinin Stabilized Stem Complexed with the Broadly Neutralizing Antibody C179 提交 2015-06-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 18–49（32 aa） 片段：UNP Q6WG00 residues 18-49, 328-402, 436-517, UNP P04578 residues 546-577, 628-654 and UNP D9IEJ2 residues 458-485
链 A 328–402（75 aa） 片段：UNP Q6WG00 residues 18-49, 328-402, 436-517, UNP P04578 residues 546-577, 628-654 and UNP D9IEJ2 residues 458-485
链 A 436–517（82 aa） 片段：UNP Q6WG00 residues 18-49, 328-402, 436-517, UNP P04578 residues 546-577, 628-654 and UNP D9IEJ2 residues 458-485
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；15% (w/v) PEG 1500, 5% (v/v) MPD, 200 mM ammonium chloride, 100 mM Tris, pH 8.5
分辨率 3.19 Å R-free 0.251
5C0S Crystal structure of a generation 4 influenza hemagglutinin stabilized stem in complex with the broadly neutralizing antibody CR6261 提交 2015-06-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 18–49（32 aa） 片段：UNP Q6WG00 residues 18-49, 328-402, 436-517, UNP P04578 residues 546-577, 628-654 and UNP D9IEJ2 residues 458-485
链 A 328–402（75 aa） 片段：UNP Q6WG00 residues 18-49, 328-402, 436-517, UNP P04578 residues 546-577, 628-654 and UNP D9IEJ2 residues 458-485
链 A 436–517（82 aa） 片段：UNP Q6WG00 residues 18-49, 328-402, 436-517, UNP P04578 residues 546-577, 628-654 and UNP D9IEJ2 residues 458-485
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；7% (w/v) PEG 4000, 4.5% (v/v) isopropanol, 100 mM imidazole, pH 6.5
分辨率 4.30 Å R-free 0.310
7MFG Cryo-EM structure of the VRC310 clinical trial, vaccine-elicited, human antibody 310-030-1D06 Fab in complex with an H1 NC99 HA trimer 提交 2021-04-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 18–343（326 aa）
链 C 18–343（326 aa）
链 G 18–343（326 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.87 Å
8D21 Cryo-EM structure of the VRC321 clinical trial, vaccine-elicited, human antibody 1B06 in complex with a stabilized NC99 HA trimer 提交 2022-05-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 18–343（326 aa）
链 D 18–343（326 aa）
链 I 18–343（326 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；PBS
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.96 Å
8TP3 H1 hemagglutinin (NC99) in complex with RBS-targeting Fab 1-1-1F05 提交 2023-08-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–343（343 aa）
链 B 344–565（222 aa）
链 C 1–343（343 aa）
链 D 344–565（222 aa）
链 G 1–343（343 aa）
链 I 344–565（222 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8TPA H1 hemagglutinin (NC99) in complex with medial-junction-targeting Fab 2-2-1G06 提交 2023-08-04 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 A 1–343（343 aa）
链 B 344–565（222 aa）
链 C 1–343（343 aa）
链 F 344–565（222 aa）
链 G 1–343（343 aa）
链 K 344–565（222 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9B2M Hemagglutinin H1 New Caledonia 1999 in complex with monoclonal antibody Fab 43_S0008 提交 2024-03-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–339（339 aa）
链 B 340–565（226 aa）
链 C 1–339（339 aa）
链 D 340–565（226 aa）
链 G 1–339（339 aa）
链 I 340–565（226 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；TBS
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
9CJY CryoEM structure of NC99 hemagglutinin trimer in complex with Fab BB798E 3-C07 提交 2024-07-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 A 18–343（326 aa）
链 B 344–519（176 aa）
链 C 18–343（326 aa）
链 D 344–519（176 aa）
链 E 18–343（326 aa）
链 F 344–519（176 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9CJZ CryoEM structure of NC99 hemagglutinin trimer in complex with Fab T009 3-E04 提交 2024-07-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 A 18–343（326 aa）
链 B 344–519（176 aa）
链 C 18–343（326 aa）
链 D 344–519（176 aa）
链 E 18–343（326 aa）
链 F 344–519（176 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q6WG00_9INFA
Isoform —
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–322； UniProt 18–339 作者链 C； PDB构建体 1–322； UniProt 18–339 作者链 G； PDB构建体 1–322； UniProt 18–339 作者链 B； PDB构建体 1–171； UniProt 344–514 作者链 D； PDB构建体 1–171； UniProt 344–514 作者链 I； PDB构建体 1–171； UniProt 344–514

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8tp5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8tp5
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8tp5
沉积日期 deposition_date2023-08-04
结构标题 titleH1 hemagglutinin (NC99) in complex with RBS-targeting Fab 1-1-1E04
关键词 keywordsinfluenza, hemagglutinin, monoclonal antibody, immune complex, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-Immune System complex; VIRAL PROTEIN/Immune System
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier51.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron51.14 Å
零角强度 I(0) i0948833000.00
分子量 molecular_weight248540.0 kDa
排除体积 excluded_volume307940 ų
包络体积 envelope_volume417500 ų
水化壳体积 shell_volume72461 ų
包络直径 envelope_diameter170.9 Å
壳层 Rg shell_rg49.02 Å
包络 Rg envelope_rg51.06 Å
形状 Rg shape_rg51.10 Å
总 Rg total_rg51.18 Å
总原子数 total_atoms17508
残基数 n_residues2115
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax172.3 Å
Rg (实空间) rg_real51.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.67 Å
I(0) (实空间) i0_real9.4880e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7720e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal51.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal948600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8614
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary61.1 Å
偏度 Skewness skewness0.340
峰度 Kurtosis kurtosis-0.494
角度范围 angular_range— – 0.1550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha78850000.0000
实空间数据点数 n_real_points32
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.903; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.947; Smooth: 0.538
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)