SAXSdb — 8tqd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit

Homo sapiens

UniProt P19838

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 40–245	未记录	JMR 1-(2-bromo-4-chlorophenyl)-N-{(3S)-1-[(E)-iminomethyl]pyrrolidin-3-yl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1 M Citrate pH5.0, 20%w/v PEG 6000	分辨率 2.02 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8TQD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1MDI HIGH RESOLUTION SOLUTION NMR STRUCTURE OF MIXED DISULFIDE INTERMEDIATE BETWEEN MUTANT HUMAN THIOREDOXIN AND A 13 RESIDUE PEPTIDE COMPRISING ITS TARGET SITE IN HUMAN NFKB 提交 1995-02-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 53–65（13 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1MDJ HIGH RESOLUTION SOLUTION NMR STRUCTURE OF MIXED DISULFIDE INTERMEDIATE BETWEEN HUMAN THIOREDOXIN (C35A, C62A, C69A, C73A) MUTANT AND A 13 RESIDUE PEPTIDE COMPRISING ITS TARGET SITE IN HUMAN NFKB (RESIDUES 56-68 OF THE P50 SUBUNIT OF NFKB) 提交 1995-02-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 53–65（13 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1MDK HIGH RESOLUTION SOLUTION NMR STRUCTURE OF MIXED DISULFIDE INTERMEDIATE BETWEEN HUMAN THIOREDOXIN (C35A, C62A, C69A, C73A) MUTANT AND A 13 RESIDUE PEPTIDE COMPRISING ITS TARGET SITE IN HUMAN NFKB (RESIDUES 56-68 OF THE P50 SUBUNIT OF NFKB) 提交 1995-02-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 53–65（13 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1NFI I-KAPPA-B-ALPHA/NF-KAPPA-B COMPLEX 提交 1998-08-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 248–354（107 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；pH 5.0	分辨率 2.70 Å R-free 0.265
1NFI I-KAPPA-B-ALPHA/NF-KAPPA-B COMPLEX 提交 1998-08-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 248–354（107 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；pH 5.0	分辨率 2.70 Å R-free 0.265
1SVC NFKB P50 HOMODIMER BOUND TO DNA 提交 1995-11-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 P 2–366（365 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.60 Å R-free 0.286
2DBF Solution structure of the Death domain in human Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit 提交 2005-12-15	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 806–893（88 aa）片段：DEATH DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 AMBIENT NMR样品组成 1mM protein; 20mM d-tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2O61 Crystal Structure of NFkB, IRF7, IRF3 bound to the interferon-b enhancer 提交 2006-12-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 40–352（313 aa）片段：RHR region	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；100 mM HEPES, pH 7.0, 15% (w/v) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.80 Å R-free 0.278
3GUT Crystal structure of a higher-order complex of p50:RelA bound to the HIV-1 LTR 提交 2009-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 B 41–352（312 aa）片段：UNP residues 41-352 链 D 41–352（312 aa）片段：UNP residues 41-352	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；289 K；50mM BTP pH 6.3, 50mM CaCl2, 7% w/v PEG 3000, 1mM Spermine, 10mM DTT, 8% v/v Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 3.59 Å R-free 0.301
3GUT Crystal structure of a higher-order complex of p50:RelA bound to the HIV-1 LTR 提交 2009-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 F 41–352（312 aa）片段：UNP residues 41-352 链 H 41–352（312 aa）片段：UNP residues 41-352	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；289 K；50mM BTP pH 6.3, 50mM CaCl2, 7% w/v PEG 3000, 1mM Spermine, 10mM DTT, 8% v/v Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 3.59 Å R-free 0.301
7LEQ Structure of importin a2 bound to p50 NLS 提交 2021-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 355–368（14 aa）片段：Nuclear localization signal motif, residues 355-368	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.6M sodium citrate, 100 Hepes pH 6.0	分辨率 2.24 Å R-free 0.219
7LET Structure of importin a2 bound to the p50- and p65-NLSs 提交 2021-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 355–368（14 aa）片段：Nuclear localization signal motif, residues 355-368	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；0.6 Na Citrate, 100 mM HEPES pH 6	分辨率 2.40 Å R-free 0.241
7LF4 Structure of importin a3 bound to the p50- and p65-NLSs 提交 2021-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 355–368（14 aa）片段：Nuclear localization signal motif, residues 355-368	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% PEG 3350	分辨率 2.85 Å R-free 0.238
7LF4 Structure of importin a3 bound to the p50- and p65-NLSs 提交 2021-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 355–368（14 aa）片段：Nuclear localization signal motif, residues 355-368	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% PEG 3350	分辨率 2.85 Å R-free 0.238
7LFC Structure of importin a3 bound to p50 NLS 提交 2021-01-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 355–368（14 aa）片段：Nuclear localization signal motif, residues 355-368	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2M potassium thiocyanate, 20% PEG3350, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.220
7RG4 Importin alpha2 in complex with p50 NLS 提交 2021-07-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 151–190（40 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.7 M sodium citrate, 0.01M DTT, 0.1M sodium HEPES pH 7	分辨率 2.60 Å R-free 0.243

共 13 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NFKB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–207； UniProt 40–245

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tqd
沉积日期 deposition_date	2023-08-07
结构标题 title	NF-Kappa-B1 Bound with a Covalent Inhibitor
关键词 keywords	Transcription factor, DNA binding protein, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.23 Å
零角强度 I(0) i0	9504810.00
分子量 molecular_weight	22548.0 kDa
排除体积 excluded_volume	28197 Å³
包络体积 envelope_volume	33505 Å³
水化壳体积 shell_volume	16431 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.8 Å
壳层 Rg shell_rg	23.19 Å
包络 Rg envelope_rg	17.66 Å
形状 Rg shape_rg	17.18 Å
总 Rg total_rg	18.36 Å
总原子数 total_atoms	1577
残基数 n_residues	200
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	73.1 Å
Rg (实空间) rg_real	18.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.5050e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4370e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9505000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7102
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	4
主峰位置 r_peak_primary	23.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.204
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.372
角度范围 angular_range	— – 0.4300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2133000.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.460; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.851; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit
分子量 formula_weight	22738.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1713

GDGPYLQILEQPKQRGFRFRYVCEGPSHGGLPGASSEKNKKSYPQVKICNYVGPAKVIVQLVTNGKNIHLHAHSLVGKHCEDGICTVTAGPKDMVVGFANLGILHVTKKKVFETLEARMTEACIRGYNPGLLVHPDLAYLQAEGGGDRQLGDREKELIRQAALQQTKEMDLSVVRLMFTAFLPDSTGSFTRRLEPVVSDAIYDSKAP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1-(2-bromo-4-chlorophenyl)-N-{(3S)-1-[(E)-iminomethyl]pyrrolidin-3-yl}methanesulfonamide
分子量 formula_weight	380.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	99

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	57.210 Å
晶胞边长 b length_b	57.210 Å
晶胞边长 c length_c	71.850 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	3

空间群 space_group	P 31
空间群编号 int_tables_number	144
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.020 Å
最低分辨率 resolution_low	49.550 Å
R 因子 r_factor	0.1837
R_work r_work	0.1816
R_free r_free	0.2266

fit	/app/data/saxs_computation/tq/8tqd/8tqd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tq/8tqd/8tqd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tq/8tqd/8tqd.dat

NF-Kappa-B1 Bound with a Covalent Inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction