8tv5

Structure of the EphA2 LBDCRD bound to FabS1CE_L1 in a 2:1 (EphA2 to Fab) ratio

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 173.6 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tv5
沉积日期 deposition_date	2023-08-17
结构标题 title	Structure of the EphA2 LBDCRD bound to FabS1CE_L1 in a 2:1 (EphA2 to Fab) ratio
关键词 keywords	;Cell signalling, antibody, agonist, high affinity, clustering, activation, SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.58 Å
零角强度 I(0) i0	190230000.00
分子量 molecular_weight	110000.0 kDa
排除体积 excluded_volume	136280 Å³
包络体积 envelope_volume	198760 Å³
水化壳体积 shell_volume	40309 Å³
包络直径 envelope_diameter	184.7 Å
壳层 Rg shell_rg	42.58 Å
包络 Rg envelope_rg	48.22 Å
形状 Rg shape_rg	47.51 Å
总 Rg total_rg	47.58 Å
总原子数 total_atoms	7736
残基数 n_residues	1034
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	173.6 Å
Rg (实空间) rg_real	47.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.74 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9020e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6920e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	190000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7425
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.680
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.074
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9464000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.534; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.529; Smooth: 0.520

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	S1CE variant of Fab_L1 heavy chain
分子量 formula_weight	25326.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7736

EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTISSSYIHWVRQAPGKGLEWVASISSYYGSTSYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARSHYSVWWGWHSVSYYAAFDYWGQGTLVTVFNQIKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	S1CE variant of Fab_L1 light chain
分子量 formula_weight	22858.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQGSAPFTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVSWYVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTQGTTSVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Ephrin type-A receptor 2
分子量 formula_weight	33952.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.10.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,C

AAQGKEVVLLDFAAAGGELGWLTHPYGKGWDLMQNIMNDMPIYMYSVCNVMSGDQDNWLRTNWVYRGEAERIFIELKFTVRDCNSFPGGASSCKETFNLYYAESDLDYGTNFQKRLFTKIDTIAPDEITVSSDFEARHVKLNVEERSVGPLTRKGFYLAFQDIGACVALLSVRVYYKKCPELLQGLAHFPETIAGSDAPSLATVAGTCVDHAVVPPGGEEPRMHCAVDGEWLVPIGQCLCQAGYEKVEDACQACSPGFFKFEASESPCLECPEHTLPSPEGATSCECEEGFFRAPQDPASMPCTLVPR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	92.879 Å
晶胞边长 b length_b	72.888 Å
晶胞边长 c length_c	241.962 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.04 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	4.600 Å
最低分辨率 resolution_low	120.960 Å
R 因子 r_factor	0.2683
R_work r_work	0.2651
R_free r_free	0.2982

fit	/app/data/saxs_computation/tv/8tv5/8tv5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tv/8tv5/8tv5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tv/8tv5/8tv5.dat

Structure of the EphA2 LBDCRD bound to FabS1CE_L1 in a 2:1 (EphA2 to Fab) ratio

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)