8u5g

Crystal structure of the co-expressed SDS22:PP1:I3 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 79.8 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit

Homo sapiens

UniProt P62136

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 7–300 未记录 Protein phosphatase 1 regulatory subunit 7 × 1 (Q15435) E3 ubiquitin-protein ligase PPP1R11 × 1 (O60927) FE FE (III) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 10 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.2;289 K;1.8 M sodium phosphate monobasic monohydrate, potassium phosphate dibasic pH 8.2 分辨率 3.20 Å R-free 0.240

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 45 个其他 PDB 条目、88 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PP1A_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–299; UniProt 7–300

Protein phosphatase 1 regulatory subunit 7

Homo sapiens

UniProt Q15435

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 56–360 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit × 1 (P62136) E3 ubiquitin-protein ligase PPP1R11 × 1 (O60927) FE FE (III) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 10 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.2;289 K;1.8 M sodium phosphate monobasic monohydrate, potassium phosphate dibasic pH 8.2 分辨率 3.20 Å R-free 0.240

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PP1R7_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 6–310; UniProt 56–360

E3 ubiquitin-protein ligase PPP1R11

Homo sapiens

UniProt O60927

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 27–68 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit × 1 (P62136) Protein phosphatase 1 regulatory subunit 7 × 1 (Q15435) FE FE (III) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 10 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.2;289 K;1.8 M sodium phosphate monobasic monohydrate, potassium phosphate dibasic pH 8.2 分辨率 3.20 Å R-free 0.240

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PP1RB_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 5–46; UniProt 27–68

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8u5g

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8u5g
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8u5g
沉积日期 deposition_date2023-09-12
结构标题 titleCrystal structure of the co-expressed SDS22:PP1:I3 complex
关键词 keywordsPhosphatase, inhibitor, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.72
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.77
零角强度 I(0) i081178500.00
分子量 molecular_weight69622.0 kDa
排除体积 excluded_volume86809 ų
包络体积 envelope_volume101720 ų
水化壳体积 shell_volume33163 ų
包络直径 envelope_diameter82.7
壳层 Rg shell_rg33.19
包络 Rg envelope_rg25.00
形状 Rg shape_rg24.77
总 Rg total_rg25.67
总原子数 total_atoms4873
残基数 n_residues602
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax79.8
Rg (实空间) rg_real25.61
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.42
I(0) (实空间) i0_real8.1180e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.65
I(0) (倒空间) i0_reciprocal81180000.0000
解质量估计 total_estimate0.7122
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.9
偏度 Skewness skewness0.207
峰度 Kurtosis kurtosis-0.482
角度范围 angular_range— – 0.3100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha23670000.0000
实空间数据点数 n_real_points63
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.927; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.164; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.990

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)